Hơn 30 năm qua, nghề nuôi tôm công nghiệp toàn cầu phát triển nhanh chóng, hằng năm mang lại thu nhập hàng tỷ đô la. Hơn một nửa sản lượng tôm toàn cầu hiện nay từ các trang trại nuôi. Số liệu thống kê gần đây cho thấy trong năm 2008, sản lượng tôm nuôi là 3.399.105 tấn, chiếm 52% tổng sản lượng tôm toàn cầu (6.519.671 tấn). Tuy nhiên, người nuôi tôm đã bị thiệt hại đáng kể về kinh tế trong hơn một thập kỷ qua, chủ yếu là các bệnh do virus đã cản trở ngành công nghiệp nuôi tôm phát triển. Ở châu Á, bệnh virus đốm trắng (WSSV), đầu vàng (YHV) và bệnh virus Taura (TSV) dẫn đến thiệt hại về kinh tế và hiện đang lan rộng khắp khu vực này. Tương tự, ở Tây bán cầu, cả hai bệnh WSSV và TSV đã gây thiệt hại nghiêm trọng cho trang trại nuôi tôm. Ở Ecuador, bệnh đốm trắng làm giảm 53% sản lượng tôm từ 1998-2000. Các bệnh này xuất hiện do nhập khẩu tôm bố mẹ, tôm giống và các sản phẩm chế biến từ tôm. Một khi mầm bệnh mới xuất hiện ở một nước, sự lây nhiễm là không thể tránh khỏi.
An toàn sinh học đang được áp dụng trong nuôi tôm, có thể được định nghĩa là việc thực hành phòng trừ các tác nhân gây bệnh tại các cơ sở nuôi tôm bố mẹ, các trại giống và các trang trại nuôi hoặc từ toàn bộ khu vực hoặc quốc gia với mục đích phòng bệnh (Lightner 2003). Lightner (2003) cho rằng cách loại trừ tác nhân gây bệnh từ tôm giống và tôm bố mẹ là chứng nhận kiểm dịch và tôm sạch bệnh (SPF), hạn chế nhập khẩu tôm sống và đông lạnh. Loại trừ các con đường gây nhiễm từ các nguồn bên ngoài và ngăn ngừa lây nhiễm chéo nhằm loại trừ tác nhân gây bệnh từ các trại giống và các trang trại.
Ứng dụng an toàn sinh học trong nuôi tôm là kiểm soát tôm nuôi và loại trừ mầm bệnh thông qua thả giống tôm sạch bệnh và kiểm soát nguồn nước ở trang trại. Bên cạnh đó, việc kiểm soát nguồn nước được thực hiện thông qua lựa chọn địa điểm nuôi, thiết kế trang trại và quản lý nước thông qua áp dụng nuôi tôm không thay nước và sử dụng các thiết bị xử lý nước loại bỏ các vật truyền bệnh từ nguồn nước (Browdy et al. 2001). Horowitz và Horowitz (2003) cho rằng các biện pháp phòng ngừa vật lý, hóa học, sinh học phải được thực hiện nhằm chống lại dịch bệnh bùng phát. Các biện pháp vật lý được thực hiện nhằm mục đích ngăn chặn sự xâm nhập của các vật mang mầm bệnh ở trang trại bao gồm các yếu tố vật lý, xử lý nước và kiểm dịch. Các biện pháp hóa học được thực hiện để xử lý dụng cụ, thiết bị trước khi vào cơ sở nuôi.
Chlorine và ozone thường được sử dụng để xử lý nước cấp. Iodine và chlorine được sử dụng để xử lý các vật mang mầm bệnh khác như dụng cụ, giày dép và quần áo. Các biện pháp sinh học bao gồm việc sử dụng tôm giống sạch bệnh (SPF). Do tôm không đáp ứng miễn dịch đặc hiệu, nên các chất miễn dịch như β - glucan 1-3, lipopolysaccharides và peptidoglycans được sử dụng để tăng sức đề kháng và phòng bệnh trên tôm.
Bệnh đốm trắng (WSSV) và bệnh hoại tử cơ quan tạo máu và cơ quan lập biểu mô (IHHNV) được phát hiện ở châu Mỹ do việc nhập khẩu tôm sống hoặc tôm đông lạnh từ châu Á (FAO, 2003; Tang et al, 2003). Cả hai bệnh WSSV và IHHNV đã được chứng minh trên tôm he tự nhiên ở châu Mỹ (Motte et al. 2003) và châu Á (Fegan và Clifford 2001). Trong thập kỷ qua, sự xuất hiện bệnh WSSV ở châu Á và lây lan vào châu Mỹ và bệnh TSV ở châu Mỹ và lây lan vào châu Á, ngành công nghiệp nuôi tôm đã bắt đầu áp dụng một loạt các biện pháp và các chương trình an toàn sinh học nhằm phòng chống lại các bệnh trên tôm. Ở một số vùng nuôi tôm, việc áp dụng các nguyên lý an toàn sinh học đã giúp các trang trại ở các khu vực này giảm thiệt hại do dịch bệnh và cải thiện sản xuất (Fegan và Clifford, 2001).
Khi bệnh xuất hiện trong ao nuôi tôm, biện pháp an toàn sinh học có hiệu quả là giảm thiểu thiệt hại do bệnh gây ra và ngăn chặn lây lan sang ao khác. Lightner (2003) cho rằng để loại bỏ tác nhân gây bệnh trên tôm giống và tôm bố mẹ, các bể ương và ao nuôi nên giảm mật độ, khử trùng và nuôi vỗ tái thành thục với nguồn tôm bố mẹ sạch bệnh (SPF). Cần thiết giảm qui mô nuôi và treo ao nếu khử trùng (sử dụng vôi, chlorine hoặc phơi nắng) không thành công. Horowitz và Horowitz (2003) đề nghị cung cấp các điều kiện môi trường và sinh học tốt hơn đối với tôm bị nhiễm bệnh để tăng khả năng kháng bệnh bao gồm các bước sau đây: a) Các biện pháp vật lý (kiểm soát nhiệt độ, tăng cường sục khí, chế độ cho ăn phù hợp, loại bỏ bùn và chất hữu cơ, xử lý nước thải) để cải thiện môi trường; b) Các biện pháp hóa học bao gồm kiểm soát pH và độ mặn, giảm ammonia và nitrit và sử dụng kháng sinh; và c) Các biện pháp sinh học chủ yếu là việc sử dụng các chế phẩm vi sinh.
Nguyên tắc quan trọng nhất trong an toàn sinh học là kiểm soát tôm bố mẹ, chỉ sử dụng tôm bố mẹ tự nhiên hay tôm bố mẹ được thuần hóa, nuôi trong điều kiện được kiểm soát và là một nội dung trong chương trình giám sát dịch bệnh (Lightner, 2003). Như vậy, biện pháp an toàn sinh học của cơ sở nuôi tôm bao gồm: phòng bệnh, giám sát dịch bệnh, quản lý có hiệu quả dịch bệnh, làm sạch và khử trùng giữa chu kỳ sản xuất và các biện pháp phòng bệnh chung.