Người nuôi tôm hiện rất khó chọn mua được giống tốt giữa vô vàn thương hiệu. Thậm chí khi chọn thương hiệu được đánh giá cao, họ vẫn có thể gặp phải đàn giống chất lượng kém, mang mầm bệnh, gây dịch khiến tôm chết hàng loạt sau 2-3 tuần thả nuôi.
Tôm giống do Việt Nam sản xuất hiện có chất lượng rất thấp, cần có nhiều nghiên cứu đột phá để hoàn thiện quy trình gia hóa tôm sú và tôm thẻ chân trắng kháng bệnh, tốc độ tăng trưởng nhanh, tỷ lệ sống cao... Tuy nhiên, phải chờ ít nhất 3-5 năm nữa để các nghiên cứu này cho kết quả tốt.
Viện Nghiên cứu nuôi trồng thủy sản II đã nghiên cứu gia hóa (thuần hóa, làm thay đổi mức độ di truyền tính trạng vật nuôi, tạo ra những tính trạng tốt nhất) tôm sú từ năm 2008, nhưng kết quả chưa được như mong đợi do khả năng thành thục sinh dục của tôm bố mẹ gia hóa không cao, kích thước cá thể và sản lượng trứng chỉ bằng 50% so với tôm bố mẹ tự nhiên. Về tôm thẻ chân trắng, Viện Nghiên cứu nuôi trồng thủy sản III đã tạo được đàn tôm bố mẹ (F1) có nguồn gốc Hawaii và tạo đàn giống chất lượng cao F1-V3-VN bằng cách nuôi thuần hóa và cho lai chéo giữa các cặp bố mẹ này. Tôm giống F1-V3-VN có số lượng trứng, tỷ lệ nở và thụ tinh cao hơn tôm bố mẹ nguyên thủy nhập từ Hawaii; không mang các mầm bệnh phổ biến hiện nay và giá thành chỉ bằng 50% sản phẩm cùng loại nhập từ Thái Lan, bằng 30% so với tôm giống được sản xuất từ tôm bố mẹ Hawaii nhập khẩu. Tuy nhiên, quy trình này vẫn cần được tiếp tục hoàn thiện bởi vẫn còn gần 11% số ao nuôi xuất hiện dịch bệnh.
Trong hoàn cảnh Việt Nam chưa chủ động được về giống, để đảm bảo nguồn giống chất lượng cao cho người nuôi, cần có chính sách chấn chỉnh tình trạng lưu hành, sử dụng tôm bố mẹ, tôm giống không rõ nguồn gốc, chưa qua kiểm nghiệm, khảo nghiệm; thường xuyên kiểm tra các cơ sở sản xuất tôm giống và kiểm tra chất lượng tôm giống. Ngoài ra, cần có cơ chế truy xuất nguồn gốc tôm bố mẹ nhập khẩu để ngăn chặn sản phẩm chất lượng kém, ngăn chặn nguồn tôm bố mẹ và tôm giống nhập lậu.