Hệ thống sông ngòi trên địa bàn tỉnh rất phong phú, đa dạng với mật độ bình quân 0,8 km/km2 và phân bố tương đối đồng đều. Trong phạm vi tỉnh có sông Srêpôk (thuộc hệ thống Sông Mê Kông) với chiều dài trên 125km, tổng diện tích lưu vực chiếm khoảng 4.200 km2; sông Krông Hin có chiều dài 130km với diện tích lưu vực 1.840 km2 và sông Krông H’Năng có chiều dài 80km với diện tích lưu vực 1.040 km2.
Để quản lý, bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy sản trên địa bàn tỉnh, đồng thời triển khai thực hiện Chỉ thị số 01/1998/CT-TTg ngày 02/01/1998 của Thủ tướng Chính phủ và Quyết định số 188/QĐ-TTg ngày 13/02/2012 của Thủ tướng Chính phủ, UBND tỉnh Đắk Lắk đã ban hành Quyết định số 05/2011/QĐ-UBND ngày 21/01/2011 về việc quy định về một số khu vực, hình thức, ngư cụ, đối tượng thủy sản cấm khai thác và kích thước tối thiểu của các loài thủy sản được phép khai thác trong các vùng nước tự nhiên trên địa bàn tỉnh và ban hành Quyết định số 2473/QĐ-UBND ngày 29/10/2012 UBND về việc thành lập Ban Chỉ đạo cấp tỉnh và Tổ Thường trực giúp việc Ban Chỉ đạo thực hiện Chỉ thị số 01/1998/CT-TTg và Quyết định số 188/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ.
Trên địa bàn tỉnh, những người dân sống bằng nghề khai thác thủy sản quanh các thủy vực sông, hồ đa phần là những người dân nghèo, có thu nhập thấp, nên một số người dân đã sử dụng những phương pháp khai thác gây xâm hại nguồn lợi nhằm khai thác triệt để nguồn lợi thủy sản trên các thủy vực. Việc đánh bắt thủy sản bằng các ngư cụ cấm, ngư cụ hủy diệt vẫn còn xảy ra ở một số địa phương trong tỉnh; chính điều này đã làm cho nguồn lợi thủy sản suy giảm.
Do đó từ năm 2010 đến nay, bên cạnh công tác kiểm tra, giám sát và xử lý vi phạm trong các hoạt động khai thác, Chi cục Thủy sản đã tham mưu cho Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tỉnh tiến hành thả cá bổ sung nguồn lợi xuống các thủy vực bằng nguồn ngân sách của tỉnh nhằm bổ sung, tái tạo một số loài thủy sản bản địa đã suy giảm, đồng thời đa dạng các loài thủy sản và giúp cho cộng đồng sống bằng nghề đánh bắt, khai thác thủy sản tăng thêm thu nhập, cải thiện đời sống hàng ngày của người dân góp phần trong công tác giảm nghèo, đảm bảo an ninh chính trị trên địa bàn tỉnh.
Các loài thủy sản đã được thả bổ sung ở các thủy vực chủ yếu là một số loài cá bản địa và cá truyền thống như: cá thát lát, cá trắm cỏ, cá chép, cá mè, cá trôi, cá rô phi… Tổng số lượng các loài cá thả bổ sung cho các thủy vực trong 04 năm (từ năm 2010 đến năm 2013) trên 380.000 con.
Qua công tác thả cá bổ sung, tái tạo nguồn lợi thủy sản, Chi cục Thủy sản đã tuyên truyền đến người dân một số quy định của pháp luật về lĩnh vực thủy sản để người dân hiểu và nghiêm túc thực hiện nhằm bảo vệ nguồn lợi thủy sản trên địa bàn tỉnh Đắk Lắk nói riêng và cả nước nói chung.
Sau 04 năm triển khai thực hiện Chương trình thả cá bổ sung nguồn lợi thủy sản của tỉnh, Chi cục Thủy sản Đắk Lắk đã tổ chức điều tra, thống kê sơ bộ ở một số thủy vực và phản hồi trực tiếp của người dân. Kết quả cho thấy sản lượng đánh bắt các thủy vực đã tăng lên đáng kể, góp phần nâng cao thu nhập hàng ngày của người dân sống bằng nghề khai thác thủy sản. Vì vậy, trong thời gian tới, cần tiếp tục thực hiện chương trình và mở rộng quy mô hơn nữa nhằm góp phần bảo vệ, phát triển nguồn lợi thủy sản, tạo sinh kế và nâng cao đời sống cho cho cộng đồng ngư dân.