Ngay sau khi TT55 có hiệu lực, văn bản này đã tác động lớn đến hoạt động XK của DN thủy sản trong suốt hơn 2 năm qua. Chính vì mức độ ảnh hưởng này mà TT55 đã nhận được nhiều phản ứng và ý kiến trái chiều của cộng đồng DN. Từ năm 2011 đến nay, VASEP đã tổng hợp ý kiến DN và đã gửi 10 công văn kiến nghị liên quan đến Bộ NN và PTNT, kiến nghị sửa đổi TT55 cho phù hợp với Luật ATTP, với các quy định & thông lệ quốc tế, giảm giá thành cho DN để nâng sức cạnh tranh của DN thủy sản.
Với những kiến nghị có cơ sở của cộng đồng DN và một số cơ quan Nhà nước có liên quan, Cục NAFIQAD - cơ quan được Bộ NN và PTNT giao soạn thảo thông tư sửa đổi TT55 - đã tiếp thu xây dựng theo cách tiếp cận đầy đủ của Luật ATTP và các quy định, thông lệ quốc tế. Sau 2 lần sửa đổi dự thảo, đến nay, Bộ NN và PTNT đã chính thức ban hành TT48. Về cơ bản, Thông tư này đã sửa đổi một số quy định cho phù hợp đồng thời nới lỏng một số nút thắt cho DN, tạo điều kiện thuận lợi hơn cho hoạt động XK thủy sản. VASEP và DN thủy sản đánh giá cao sự tiếp thu và điều chỉnh của cục NAFIQAD và Bộ NN và PTNT qua TT48.
Trong đó, TT48 đã thống nhất phạm vi, đối tượng điều chỉnh của Thông tư là các nhà máy chế biến thủy sản để XK và các lô hàng XK vào các nước có yêu cầu chứng thư; và việc XK thủy sản vào các nước có yêu cầu Chứng thư (thuộc phạm vi, đối tượng của Thông tư) không phải là ”tự nguyện”, nên không cần phải ”đăng ký tự nguyện” (dự thảo 1) theo đúng như kiến nghị của VASEP tại Công văn số 151/2013/CV-VASEP ngày 12/7/2013 gửi NAFIQAD góp ý về việc sửa đổi TT55. Cách tiếp cận cũng đã có hướng điều chỉnh thay đổi so với TT55, không lấy mẫu kiểm nghiệm bắt buộc làm điều kiện để cấp Chứng thư cho các lô hàng XK. Các DN loại ‘A” và “B” đã được xem xét kế thừa cho vào danh sách ưu tiên ở TT48. Các hoạt động của CQ thẩm quyền trong kiểm tra/kiểm nghiệm, thanh tra, cấp/thu hồi giấy chứng nhận trong phạm vi quy định (Điều 1) của TT48 đã được nhất quán trong toàn bộ Thông tư là việc của CQ thẩm quyền Nhà nước thực hiện theo các quy định của Luật ATTP, bao gồm cả Điều 42 và 48.
Mặc dù vậy, một số kiến nghị và đặc biệt 3 kiến nghị quan trọng mà VASEP đã nghiên cứu, tổng hợp và kiến nghị trong thời gian qua đã chưa được Bộ NNPTNT tiếp thu, điều chỉnh tại TT48 là: (1) thay đổi cách tiếp cận, lấy kiểm soát điều kiện sản xuất là điều kiện chính để XK thủy sản, trong đó cần giữ nguyên mức đánh lỗi ở từng hạng mục/chỉ tiêu trong Bảng đánh giá ĐKSX (checklist) đang áp dụng ở TT55 cho tất cả các mặt hàng (đông lạnh, đồ hộp, hàng khô ....), (2) tỷ lệ lấy mẫu thẩm tra sản phẩm sản xuất từ cơ sở trong danh sách ưu tiên (Phụ lục X) là quá lớn so với nguyên tắc thẩm tra và so với quy định các nước (EU, Mỹ, Canada, Thái Lan..) đang áp dụng, và (3) việc thu phí và lệ phí của TT48 (nội dung tại Điều 9) và ràng buộc trách nhiệm này cho Chủ cơ sở/chủ hàng (Điều 37 & 38) là chưa thể hiện rõ quan điểm và quy định của Điều 48-Luật ATTP cũng như chính Phạm vi quy định của TT48 (Điều 48-Luật ATTP, khoản 1: chi phí lấy mẫu và kiểm nghiệm thực phẩm để kiểm tra, thanh tra ATTP do cơ quan quyết định việc kiểm tra, thanh tra chi trả).
Chỉ còn hơn 1 tháng nữa, thông tư mới sẽ có hiệu lực vào ngày 26/12/2013. Đây cũng là ngày đánh dấu đúng tròn 2 năm kể từ ngày VASEP gửi công văn kiến nghị đầu tiên (CV 192/2011, ngày 27/12/2011) tới Bộ NNPTNT về sửa đổi TT55. Cộng đồng DN thủy sản đang trông chờ vào việc tổ chức hướng dẫn thực hiện TT48 của Bộ NNPTNT trước ngày Thông tư có hiệu lực cũng như sự tiếp tục lắng nghe, tiếp thu từ cơ quan thẩm quyền được Bộ NNPTNT giao nhiệm vụ quan trọng này.