Một trong những chiến lược chính để sản xuất bền vững và kiểm soát dịch bệnh trong nuôi tôm là hiểu rõ hơn về đặc điểm của hệ vi sinh vật cơ sở trong giai đoạn đầu đời. Bởi nó đặc biệt quan trọng trong việc thúc đẩy sự cân bằng hệ vi sinh vật đường ruột khỏe mạnh từ giai đoạn còn nhỏ. Một số nghiên cứu đã báo cáo rằng cộng đồng vi khuẩn và các loài vi khuẩn riêng lẻ có thể đóng một vai trò qua trọng trong sự phát triển của ấu trùng tôm, đặc biệt là sự phát triển miễn dịch đường ruột. 

Để ứng dụng prebiotics (có nguồn gốc từ các loại carbohydrate (carbs), chủ yếu là chất xơ) và probiotics (men vi sinh) một cách hiệu quả, cần có sự hiểu biết về cộng đồng sinh vật từ những giai đoạn đầu đời của tôm. Đặc biệt, trong giai đoạn nauplius, zoea, mysis và postlarvae hệ tiêu hóa của tôm chưa trưởng thành và đang dần dần hoàn thiện hơn. Sau giai đoạn nauplius, tôm sú bắt đầu ăn vi tảo hoặc thức ăn sống, cho phép vi khuẩn từ các nguồn bên ngoài bắt đầu xâm nhập và sinh sôi trong ruột. Do đó, giai đoạn đầu đời sẽ là giai đoạn quan trọng khi việc áp dụng các chất bổ sung vào thức ăn như probiotics có thể giúp hình thành hệ vi khuẩn đường ruột khỏe mạnh.

Nghiên cứu về hệ vi sinh vật trong giai đoạn đầu đời của tôm sú

Tôm sú được nuôi trong bể composite 200 lít và được cho ăn theo khẩu phần tùy theo giai đoạn sống của chúng. Giai đoạn Zoea được nuôi bằng vi tảo (Thalassiosira sp. và Chaetoceros sp.) đến khi chúng đạt đến giai đoạn mysis. Tôm giai đoạn Mysis được cho ăn bằng artemia và vi tảo. Khi đạt đến giai đoạn postlarval, tôm được cho ăn artemia sống kết hợp với thức ăn công nghiệp. Các mẫu tôm được thu thập khi chúng đạt đến các giai đoạn nauplius, zoea, mysis và postlarvae.

Kết quả nghiên cứu đã cung cấp bằng chứng về hệ vi sinh vật trong đường ruột tôm sú ở những giai đoạn đầu đời. Proteobacteria và Bacteroidetes được phát hiện là vi khuẩn bản địa ở tôm con. Vibrio là chi chiếm ưu thế nhất trong tất cả các giai đoạn của tôm và là vi khuẩn tồn tại qua quá trình biến thái của tôm. Ngoài ra, Planctomycetes cũng được xác định là một trong những ngành chiếm ưu thế trong giai đoạn đầu đời.