Từ đó, phát sinh các nguồn chất thải rắn, chất thải lỏng, khí thải gây ô nhiễm môi trường... cần được xử lý triệt để, nhằm phát triển bền vững nghề nuôi trồng thủy sản ở Đồng bằng sông Cửu Long
Theo thống kê, diện tích mặt nước nuôi trồng thủy sản khu vực Đồng bằng sông Cửu Long gia tăng nhanh chóng, cụ thể là: Năm 2000 diện tích 445.300ha, với tổng sản lượng nuôi trồng là 365.141 tấn, năm 2005 diện tích 685.800ha với tổng sản lượng là 983.384 tấn...Đến năm 2010, quy hoạch nuôi trồng thủy sản đạt 649.430ha -thủy sản nước mặn, nước lợ và 366.590 ha- thủy sản nước ngọt...Định hướng quy hoạch của Bộ Nông nghiệp và phát triển nông thôn, diện tích mặt nước nuôi trồng thủy sản đến năm 2020 là 812.000ha, gồm: Nuôi nước mặn lợ là 636.000ha, nuôi nước ngọt 176.000ha, sản lượng thủy sản đạt khoảng 3 triệu tấn. Dự kiến diện tích nuôi trồng thủy sản đến năm 2030 trên 730.000 ha, sản lượng đạt khoảng 3,7 triệu tấn...
Có thể thấy rằng, ngành nuôi trồng thủy sản phát triển mạnh, mang đến nhiều lợi ích kinh tế cho nông dân, nhiều hộ có thu nhập cao, đời sống vật chất, tinh thần được nâng lên. Tuy nhiên, bên cạnh những mặt tích cực vẫn còn tồn tại nhiều mặt tiêu cực, đó là sự phát triển mạnh mẽ trong nuôi trồng thủy sản lại kéo theo nhiều tác nhân gây biến động môi trường, với quy mô ngày càng lớn và hết sức đa dạng. Vì vậy, vấn đề bảo vệ môi trường trong nuôi trồng thủy sản ở Đồng bằng sông Cửu Long đang là vấn đề bức xúc, cần được tập trung giải quyết, xử lý triệt đề mới có thể đảm bảo sự phát triển bền vững của ngành nuôi trồng thủy sản.
Theo đó, môi trường đất, môi trường nước và các hệ sinh thái trong phát triển nuôi trồng thủy sản bị biến đổi gây suy thoái, ô nhiễm môi trường. Đồng bằng sông Cửu Long là vùng tập trung các loại đất phèn nên khi đào đắp ao, vuông nuôi thủy sản, đào kinh rạch cấp, thoát nước, vệ sinh ao nuôi sau mùa thu hoạch, đã làm cho tầng phèn tiềm ẩn bị tác dộng bởi quá trình oxy hóa, sẽ lan truyền phèn rất mãnh liệt, làm giảm độ pH môi trường nước, gây ô nhiễm môi trường và dịch bệnh tôm, cá trong nuôi trồng. Thêm vào đó là các nguồn thải ra sông, rạch đã tác động làm cho môi trường nước bị biến đổi, chất lượng nước trong các ao nuôi thủy sản gồm cá nước ngọt, nuôi tôm ven biển, nhất là trong các mô hình nuôi công nghiệp, đã có dấu hiệu ô nhiễm hữu cơ BOD, COD, nitơ, phốt pho... cao hơn tiêu chuẩn cho phép và xuất hiện các thành phần độc hại như H2S, NH3+ và chỉ số vi sinh Coliforms, cho thấy nguồn nước thải này cần phài xử lý triệt để trước khi thải ra sông, rạch....
Đồng bằng Sông Cửu Long hiện đang tồn tại nhiều hình thức nuôi tôm, như: nuôi quảng canh, quảng canh cải tiến, bán công nghiệp và công nghiệp, nuôi tôm kết hợp trồng lúa...Tuy nhiên, một trong những nguyên nhân chủ yếu của việc giàm năng suất là xuất phát từ việc phát triển nóng vội, không có quản lý và quy hoạch cụ thể, dẫn đến làm suy thoái môi trường, ảnh hưởng đến chất lượng nguồn nước, bệnh dịch phát sinh tràn lan không thể kiểm sóat được. Trong quy hoạch việc khoanh vùng nuôi, chọn mô hình nuôi chưa đủ cơ sở khoa học vững chắc nên dễ bị biến động và quy hoạch phụ thuộc quá nhiều vào điều kiện khách quan, thiếu tính khả thi.
Theo một chuyên gia nuôi tôm ở Sóc Trăng, để phát triển bền vững nghề nuôi tôm ở Đồng bằng sông Cửu Long , cần phài có các giải pháp thiết thực, đồng bộ, để khắc phục những khó khăn, tồn tại hiện nay, đó là: Vấn đề quy hoạch, cấp thoát nước, xử lý chất thải, nước thải, suy thoái môi trường, dịch bệnh và cơ chế chính sách.