Khu vực quy hoạch phát triển cảng biển Nghi Sơn đang có nhiều lồng cá tự phát án ngữ. Hiện tại lượng tàu hàng ra vào chưa nhiều nên các phương tiện có thể luồn lách để vào cảng. Nhưng về lâu dài, điều này sẽ cản trở tuyến hàng hải và phát triển hệ thống cảng biển nơi đây.
Riêng xã đảo Nghi Sơn hiện có hơn 1.700 lồng cá, chủ yếu phân bổ trên khu vực Vụng Ngọc. Những lồng cá ngày càng tiến gần đến khu vực băng chuyền của Nhà máy Xi măng Nghi Sơn.
Nhiều loài cá có giá trị kinh tế cao, như cá mú, cá giò, cá hồng Mỹ, cá chim vàng anh... được nuôi đại trà tại đây.
Nhiều gia đình lấy hoạt động nuôi cá lồng làm nghề chính.
Thuộc khu vực cảng chuyên dụng của Nhà máy Nhiệt điện Nghi Sơn 1, nhưng nhiều hộ dân xã Hải Hà vẫn phát triển các bè nuôi trồng thủy sản. Trong các tháng đầu năm, UBND xã Hải Hà đã kiểm đếm sơ bộ, ghi nhận nơi đây có hơn 30 bè nuôi cá và hàu của người dân địa phương.
So với những năm trước, năm 2021 số lồng bè nuôi trồng thủy sản của xã Hải Hà không những không giảm mà tăng thêm 6 cụm lồng. Chủ nhân của các lồng bè này là hơn 30 hộ gia đình thuộc hai thôn Hà Tây, Hà Phú và rải rác ở các thôn khác trong xã.
Tại phường Hải Thanh, nhiều lồng cá đặt chắn ngang cửa sông Kênh Than - nơi tiếp giáp với Vịnh Nghi Sơn.
Nhiều lồng cá của người dân phường Hải Thanh còn được đặt sang sát bờ bên phía phường Bình Minh. Nơi đây có nguồn nước khá ô nhiễm.
Đã nhiều lần vào mùa lũ lụt, nước mưa trong đất liền về nhiều gây ngọt hóa, nhiều loài cá nuôi ở đây đã chết.
Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Thanh Hóa đã nhiều lần khuyến cáo người dân ở đây không nên nuôi cá trong khu vực vịnh Nghi Sơn do “vướng” quy hoạch phát triển cảng biển. Thay vào đó, nên phát triển các lồng cá ra gần khu vực đảo Mê theo quy hoạch để bảo đảm không ô nhiễm nguồn nước cũng như vướng luồng hàng hải của các tàu hàng. Tuy nhiên, do ra xa phải đầu tư lớn hơn nên những hộ nuôi cá lồng vẫn chưa triển khai nuôi theo quy hoạch.