Để chủ động nguồn giống phục vụ sản xuất, Chi cục Thủy sản đã đầu tư hệ thống ao nuôi, sản xuất các loại giống cá chất lượng cao cung ứng cho thủy sản.
Từ năm 2005 - 2011, tỉnh đã tập trung chỉ đạo, tổ chức thực hiện nhiệm vụ phát triển thủy sản; kiện toàn bộ máy, tăng cường cán bộ quản lý Nhà nước trong lĩnh vực thủy sản; ban hành các cơ chế, chính sách khuyến khích phát triển như: Hỗ trợ sản xuất về giống, hỗ trợ hạ tầng, hỗ trợ thực hiện các mô hình khuyến ngư, có chính sách về tín dụng, chính sách cho thuê mặt đất, mặt nước để nuôi trồng thủy sản… Theo đó tỉnh đã huy động vốn xây dựng trại sản xuất giống thuỷ sản cấp I tại khu Đầm Dài huyện Lâm Thao; bố trí nhân lực gồm các cán bộ kỹ thuật, cán bộ quản lý đủ khả năng sản xuất, chuyển giao các loại giống thông thường, cũng như giống đặc chủng. Chuyển nhiệm vụ , chức năng của cơ quan quản lý từ Trung tâm thành Chi cục Thuỷ sản để đảm trách nhiệm vụ sản xuất, cung ứng dịch vụ kết hợp với quản lý nhà nước trên lĩnh vực thuỷ sản. Từ đó công tác quản lý nhà nước từng bước được nâng lên thông qua các hoạt động chỉ đạo phát triển sản xuất, chuyển giao tiến bộ kỹ thuật, thông tin tuyên truyền, quản lý giống, bảo vệ nguồn lợi thủy sản. Các chính sách hỗ trợ phát triển thủy sản đã tạo động lực thúc đẩy các địa phương phát triển sản xuất nuôi trồng thủy sản, dồn điền đổi thửa tạo nên những vùng sản xuất quy mô tập trung, chuyển đổi diện tích trồng trọt kém hiệu quả sang nuôi thủy sản, từng bước ứng dụng tiến bộ kỹ thuật và mở rộng diện tích nuôi các giống mới có năng suất, giá trị cao. Tổng kinh phí của tỉnh hỗ trợ cho phát triển thủy sản từ năm 2005 - 2011 là 6,471 tỷ đồng. Trong đó hỗ trợ phát triển hạ tầng là 3,871 tỷ đồng; hỗ trợ giống 2,1 tỷ đồng; tái tạo và bảo vệ nguồn lợi 0,5 tỷ đồng. Đến năm 2010 dư nợ cho vay phát triển thủy sản đạt 117,5 tỷ đồng, chiếm 6,1% tổng dư nợ cho vay các chương trình nông nghiệp trọng điểm, so với năm 2005 tăng 59,3 tỷ đồng, tốc độ trung bình hàng năm là 23,4%.
Kết quả, giai đoạn 2005 -2010, phát triển thủy sản của tỉnh có bước tăng trưởng khá, giá trị sản xuất thủy sản tăng bình quân 7,6%/năm; cơ cấu giá trị sản xuất thủy sản trong tổng giá trị sản xuất nông lâm nghiệp, thủy sản tăng từ 4,94% năm 2005 lên 5,4% năm 2011 góp phần quan trọng chuyển dịch cơ cấu kinh tế nông nghiệp và bước đầu khai thác có hiệu quả tiềm năng diện tích mặt nước trên địa bàn tỉnh. Các chỉ tiêu về diện tích, năng suất, sản lượng thủy sản tăng dần theo các năm. Diện tích nuôi thủy sản giống mới được mở rộng theo hướng gắn với chuyển giao tiến bộ kỹ thuật vào nuôi trồng thủy sản, từng bước thay đổi tập quán canh tác của người dân. Năm 2011 diện tích nuôi trồng thủy sản đạt 9.870 ha, tăng 2.339 ha so với năm 2005; năng suất đạt 1,96 tấn/ha, tăng 0,56% tấn/ha; tổng sản lượng thủy sản đạt 21,78 ngàn tấn tăng 8,01 ngàn tấn, trong đó sản lượng nuôi trên 20 ngàn tấn. Đến năm 2010 toàn tỉnh có 194 trang trại thủy sản với diện tích 1.400 ha, tăng 56 trang trại so với năm 2005. Nhiều địa phương vốn là đất đồng chiêm trũng, trước đây gieo cấy rất khó khăn, nhờ phát triển sản xuất thuỷ sản đã biến thành tiềm năng. Trong tiến trình xây dựng nông thôn mới khi lập phương án chuyển đổi mô hình phát triển sản xuất, tạo chuyển dịch kinh tế cho thu nhập cao, thuỷ sản là một hướng được rất nhiều địa phương lựa chọn. Hiện nay trên địa bàn tỉnh có 1 trại giống thủy sản cấp I, còn 8 cơ sở sản xuất và 579 hộ ương nuôi giống thủy sản, cơ bản đáp ứng đủ số lượng con giống phục vụ nuôi thủy sản trên địa bàn; đã xuất hiện một số hộ nuôi các loại thủy sản đặc sản như: Nuôi cá lăng ở Vụ Quang, Ngọc Quan (Đoan Hùng), Minh Nông (Việt Trì), Tứ Xã (Lâm Thao); nuôi ba ba ở Trưng Vương, Dữu Lâu (Việt Trì), Vân Du, Tây Cốc (Đoan Hùng), Thượng Nông, Hồng Đà (Tam Nông), Đào Xá, Hoàng Xá (Thanh Thủy); nuôi cá chiên ở Hữu Đô (Đoan Hùng), Sông Lô, Bạch Hạc (Việt Trì). Nhiều hộ phát triển nuôi cá trắm đen mang lại thu nhập từ 150-200 triệu đồng/ ha… Trại giống cấp I của Chi cục Thuỷ sản đã cho sinh sản nhân tạo một số loài thủy sản quý hiếm có nguy cơ tuyệt chủng như cá lăng chấm, cá anh vũ; bổ sung một số giống cá mới vào cơ cấu giống thủy sản của tỉnh như: Cá chép lai V1, rô phi đơn tính, cá vược, cá rô đồng đầu vuông.
Tuy nhiên, trong quá trình phát triển sản xuất thủy sản thời gian qua ở nhiều địa phương cũng đã bộc lộ một số hạn chế: Trước hết là công tác quản lý Nhà nước về sản xuất, cung ứng giống thủy sản. Theo số liệu tổng hợp, mỗi năm tỉnh ta cần khoảng gần 100 triệu con cá giống phục vụ cho nhu cầu nuôi. Thực tế trong số này Trại giống cấp I mới đáp ứng được khoảng 10%, còn lại vẫn phải nhập ngoài và do các cơ sở sản xuất tư nhân cung ứng. Hiện nay, sau nhiều năm hoạt động Chi cục Thuỷ sản mới liên kết được với một số cơ sở, còn lại vẫn để tư nhân tự lo. Việc này về quản lý kinh tế không có gì đáng băn khoăn, song quản lý chất lượng giống là điều cần suy nghĩ. Thực tế trong quá trình nuôi thả , rất nhiều trường hợp giống kém chất lượng, giống mang mầm bệnh làm thiệt hại cho người sản xuất vẫn chưa được kiểm soát, ngăn chặn. Một vấn đề nữa là sản xuất thuỷ sản chủ yếu vẫn nhỏ lẻ, do hộ, nhóm hộ thực hiện, ít thu hút được các doanh nghiệp kinh tế đầu tư phát triển thủy sản. Từ chỗ tập quán nuôi thủy sản của người dân còn lạc hậu, quy mô sản xuất nhỏ lẻ dẫn tới năng suất, sản lượng, hiệu quả kinh tế chưa cao. Qua tổng hợp của các địa phương cho thấy, các hộ đầu tư chuyên canh nuôi cá thông thường kết hợp với đặc sản đạt hiệu quả vài trăm triệu đồng, còn các hộ nuôi thả tự nhiên chỉ thu hoạch trên dưới 100 triệu đồng/ha. Mức thu dưới 150 triệu đồng/ha với thuỷ sản là thấp, trong khi đầu tư thuỷ sản rất lớn. Nguyên nhân do cơ sở hạ tầng phục vụ sản xuất, ương nuôi giống, phát triển nuôi thâm canh, nghiên cứu khoa học, dịch vụ phục vụ phát triển thủy sản còn yếu và thiếu đồng bộ; hoạt động khai thác tự nhiên trên các hệ thống sông, suối và các hồ đầm tự nhiên bằng các công cụ mang tính hủy diệt còn phổ biến; đội ngũ làm công tác quản lý nhà nước ngành thủy sản còn thiếu và hạn chế về chuyên môn…
Để tiếp tục đưa thuỷ sản thành ngành kinh tế mũi nhọn, thời gian tới ngoài vấn đề duy trì chính sách khuyến khích phát triển như hiện nay, cần tập trung củng cố và phát triển Chi cục thuỷ sản theo hướng vừa tăng năng lực sản xuất và cung ứng các dịch vụ kỹ thuật vừa tăng cường vai trò quản lý nhà nước về phát triển thuỷ sản. Cần tiếp tục đầu tư nâng cấp khu vực trại giống, bố trí cán bộ đủ trình độ tiếp nhận, chuyển giao các tiến bộ kỹ thuật về nhân, ươm, gây nuôi, phòng trị bệnh… thủy sản phù hợp với địa bàn. Từng bước xây dựng Trại thủy sản cấp I đủ tầm làm đầu mối cung ứng dịch vụ, một số loại giống đáp ứng cho yêu cầu nuôi thả . Đối với công tác quản lý, toàn tỉnh cần sớm rà soát, thiết lập lại mạng lưới chăn nuôi thủy sản thống nhất quy hoạch chung; xây dựng quy chế quản lý hệ thống sản xuất , tiêu thụ các loại giống thủy sản đảm bảo không để các loại giống kém, giống không đủ tiêu chuẩn đưa vào sản xuất.