Điều tra ban đầu cho thấy nguyên nhân chủ yếu khiến cho tôm chết hàng loạt ở ĐBSCL là do sốc môi trường nước. Bởi tuy cũng xuất hiện các bệnh như đốm trắng, đầu vàng, hoại tử gan…, nhưng diện tích tôm nhiễm các bệnh này là khá thấp so với tổng diện tích đã bị thiệt hại. Chẳng hạn, ở Kiên Giang, có tới hơn 1.000 ha tôm đã bị thiệt hại, thì chỉ có 7 ha được xác định là do các bệnh ở tôm.
Lịch thời vụ của các tỉnh ĐBSCL cũng có vấn đề khi hầu hết các khung lịch mùa vụ thả giống nuôi tôm tại các địa phương đều sớm hơn so với khung lịch mùa vụ thả giống mà Tổng cục Thuỷ sản đã ban hành. Chẳng hạn ở Trà Vinh, là địa phương đang rất căng thẳng về tình trạng tôm chết hàng loạt, thì lịch thời vụ của tỉnh này đã sớm hơn so với với lịch thời vụ chung của Tổng cục Thủy sản từ 1-2 tháng.
Điều đáng nói là phần nhiều các hộ có ao tôm bị chết vẫn đang giấu bệnh, sử dụng các hóa chất không rõ nguồn gốc để tự xử lý và xả thải ra môi trường xung quanh. Một số hóa chất mà Bộ NN-PTNT đã cấm sử dụng trong nuôi trồng thủy sản như Cypermethrine, Deltamethine, vẫn được nhiều hộ nuôi tôm lén lút sử dụng để cải tạo ao nuôi. Thông tin từ nhiều cơ sở nuôi tôm, đặc biệt là các cơ sở nuôi nhỏ lẻ ở ĐBSCL, cho biết hiện nay có một số sản phẩm không có nhãn mác hoặc được giới thiệu là các sản phẩm có thành phần thảo dược dùng để diệt giáp xác trong quá trình cải tại ao nuôi đang được chào bán trực tiếp cho các cơ sở nuôi với giá rẻ.
Tuy nhiên, kết quả kiểm tra của Sở NN-PTNT một số địa phương cho thấy đây là các sản phẩm có chứa thành phần Cypermethrine, Deltamethine còn tồn đọng của một số công ty. Những công ty này cố tình cho người xuống các vùng nuôi tôm giới thiệu là sản phẩm có thảo dược nhằm đánh lừa người nuôi, qua đó tiêu thụ được sản phẩm chứa chất cấm còn tồn đọng.
Chất lượng tôm giống thả nuôi ở ĐBSCL cũng rất đáng lo ngại. Đa số các địa phương đều chưa chủ động được nguồn tôm giống mà nhập nhiều từ miền Trung (Khánh Hoà, Ninh Thuận và Bình Thuận). Theo báo cáo của Chi cục Thú y các tỉnh ven biển ĐBSCL, công tác kiểm dịch gặp không ít khó khăn do lượng tôm giống nhập lậu rất nhiều, không kiểm soát được chất lượng… Trong khi đó, vùng sản xuất tôm giống ở miền Trung vẫn có khá nhiều điều bất cập. Tại Khánh Hòa, đầu năm 2012 đã kiểm tra 100 cơ sở sản xuất tôm giống, thì có 50 cơ sở không đủ điều kiện vệ sinh thú y. Tại Bình Thuận, trong 98 cơ sở tôm giống được kiểm tra, có 41 cơ sở không đủ điều kiện vệ sinh thú y. Ninh Thuận đã phát hiện và xử phạt 18 trường hợp liên quan đến sử dụng thuốc thú y cấm sử dụng...
Một điều rất đáng lo ngại là một số doanh nghiệp ở miền Trung nhập khẩu tôm giống không rõ nguồn gốc hoặc đã có mầm mống dịch bệnh. Tháng 12/2011, Công ty Kiên Thường ở Khánh Hòa đã nhập 2.000 con tôm thẻ chân trắng có biểu hiện bệnh đen mang. Cũng trong tháng này, Cty Vân Tùy (Khánh Hòa) nhập khẩu một lô tôm thẻ chân trắng không chứng minh được nguồn gốc. Mặc dù toàn bộ số tôm nói trên đều đã bị phát hiện và tiêu hủy, nhưng nếu các cơ quan chức năng ở các địa phương không kiểm soát chặt chẽ, nguy cơ tôm giống kém chất lượng, có mầm bệnh, không rõ nguồn gốc… được nhập từ nước ngoài vào Việt Nam và phát tán đi các địa phương là khó tránh khỏi.
Trong khi đó, công tác dập dịch hiện nay ở các tỉnh ĐBSCL vẫn còn bộc lộ nhiều hạn chế. Trong đó, có nguyên nhân từ việc hóa chất Chlorine dùng để dập dịch không đạt hiệu quả cao, dù lượng hóa chất cung cấp cho các tỉnh nuôi tôm ĐBSCL năm nay đã về các tỉnh sớm hơn và số lượng cao hơn so với năm ngoái. Ông Nguyễn Huy Điền cho biết trước thực tế đó, Tổng cục Thủy sản đã đề nghị Bộ NN-PTNT chỉ đạo Cục Thú y xem xét lại chất lượng Chlorine mà Trung ương phân bổ, hỗ trợ cho địa phương dập dịch. Đồng thời có văn bản hướng dẫn quy trình sử dụng, phân bổ Chlorine dập dịch.
Về việc này, theo ông Nguyễn Văn Khởi, PGĐ Sở NN-PTNT Sóc Trăng, sự thiếu hiệu quả của việc dùng hóa chất Chlorine dập dịch bệnh tôm, có thể còn có nguyên nhân từ việc nguồn hóa chất có hạn. Bởi nếu sử dụng Chlorine với hàm lượng tối thiểu là 30 ppm (30 gram/m3), thì cứ 1.000 m3 nước phải dùng 30 kg hóa chất Chlorine. 1 ha ao tôm, chiều cao mực nước khoảng 1 mét, phải sử dụng tới 300 kg hóa chất này. Thành ra, khi diện tích tôm bệnh ở một tỉnh quá lớn, từ 1.000 ha trở lên, thì lượng hóa chất Chlorine mà Trung ương phân bổ rõ ràng không thể nào đáp ứng nổi.