Trước tình hình đó, ngày 2/8/2012, Bộ NN và PTNT đã ban hành Danh mục 12 loại bệnh thủy sản phải công bố dịch kèm theo Thông tư số 38/2012/TT-BNNPTNT và có hiệu lực từ ngày 16/9/2012.
Theo Thông tư, danh mục các bệnh thủy sản phải công bố dịch bao gồm: Bệnh đốm trắng ở tôm sú, tôm chân trắng, tôm hùm, cua biển; Hội chứng Taura ở tôm chân trắng; Bệnh đầu vàng ở tôm sú, tôm chân trắng; Bệnh hoại tử cơ ở tôm chân trắng; Bệnh hoại tử cơ quan tạo máu và cơ quan biểu mô ở tôm sú, tôm chân trắng; Bệnh xuất huyết mùa xuân ở cá chép, cá chép koi, cá vàng, cá trắm cỏ; Bệnh do KHV (Koi Herpesvirus) ở cá chép, cá chép koi; Bệnh hoại tử thần kinh ở cá song/ cá mú, cá vược/ cá chẽm; Hội chứng hoại tử gan tụy cấp tính ở tôm nuôi; Bệnh sữa ở tôm hùm; Bệnh gan thận mủ ở cá da trơn; và Bệnh do Perkinsus ở tu hài, hàu cửa sông, nghêu, ngao.
Bộ NN và PTNT cũng cảnh báo: để hạn chế sự lây lan của các loại dịch bệnh này, người nuôi thủy sản cần chú ý đến chất lượng môi trường nước, không thay đổi các yếu tố môi trường như độ mặn, pH, độ trong, NH3, NO3…Các địa phương có nuôi thủy sản khi xuất hiện các loại bệnh này cần phải công bố dịch ngay để khống chế và hạn chế lây lan ra diện rộng, ảnh hưởng đến chất lượng thủy sản XK.
Ở Việt Nam, Hội chứng hoại tử gan tụy cấp tính xuất hiện tại vùng ĐBSCL từ năm 2010 và đến năm 2011 bùng phát thành dịch trên diện rộng, tập trung ở các tỉnh Sóc Trăng, Bạc Liêu, Cà Mau và Bến Tre. Năm 2012, dịch bệnh bùng phát thêm ở các tỉnh Trà Vinh, Kiên Giang, Hải Phòng, Quảng Ninh, Thanh Hóa, Nghệ An, Quảng Ngãi, Bình Định, Khánh Hòa, Ninh Thuận và Bình Thuận.
Thời gian qua, dịch bệnh thủy sản vẫn thường xuyên xảy ra, gây thiệt hại nặng nề cho người nuôi. Điển hình nhất là dịch bệnh ở tôm - mặt hàng chiến lược có giá trị XK lớn nhưng lại là loài nuôi chứa đựng nhiều rủi ro nhất vì dịch bệnh luôn có thể bùng phát.
Việc dập dịch nhanh là điều kiện tốt để kiểm soát được vùng bị dịch. Việc khoanh vùng ổ dịch để áp dụng các biện pháp đặc biệt dập dịch tại vùng đó, không cho mầm bệnh phát tán đi nơi khác gây ổ dịch mới.
Tuy nhiên, vấn đề lớn nhất hiện nay là ở chỗ công tác phòng chống, kiểm soát, dập tắt dịch bệnh trong thủy sản chưa được đầu tư đúng mức hoặc hoạt động không hiệu quả.
Mỗi năm ngành thủy sản nước ta mất hàng nghìn tỷ đồng vì dịch bệnh. Thống kê của Tổng cục Thủy sản cho thấy, diện tích nuôi tôm nước lợ bị thiệt hại do môi trường, dịch bệnh năm 2011 vẫn ở mức cao với trên 80.000 ha. Tương tự, dịch bệnh cũng xảy ra với nhiều đối tượng nuôi khác như ngao, cá, tôm càng xanh, tôm hùm... ở các địa phương.
Đến thời điểm này, người nuôi tôm ở các tỉnh trong cả nước đã thả giống nuôi trên diện tích 622.750 ha, trong đó diện tích đã thu hoạch là 377.114 ha, sản lượng thu hoạch đạt 121.576 tấn. Diện tích nuôi tôm bị thiệt hại là 38.381 ha, trong đó tôm sú là 35.823 ha, còn lại là tôm chân trắng. Tình hình tôm chết ở ĐBSCL đã đến mức báo động đỏ, đe dọa nghiêm trọng đến việc thực hiện các chỉ tiêu kế hoạch nuôi, chế biến và XK tôm năm 2012 của ngành.