Theo quy hoạch của tỉnh đến năm 2025, tầm nhìn đến năm 2030 thì trên địa bàn TX Sông Cầu có khoảng 1.000ha với khoảng 32.900 lồng nuôi trồng thủy sản, trong đó ở vịnh Xuân Đài là 747ha, đầm Cù Mông là 253ha. Hiện trên địa bàn thị xã có hơn 82.300 lồng nuôi thủy sản (tăng gấp 2,5 lần so với quy hoạch).
Việc phát triển quá tải đã dẫn đến tình trạng ô nhiễm tại các vùng nuôi. Theo nghiên cứu của Trường đại học Nông lâm TP Hồ Chí Minh, riêng vịnh Xuân Đài mỗi ngày có khoảng 8 tấn chất thải từ nuôi trồng thủy sản thải ra môi trường.
Ngoài ra, một lượng lớn rác thải sinh hoạt của các hộ dân, nhà máy sản xuất ven vịnh cũng thải trực tiếp xuống vịnh. Một nguồn thải khác đó là chất thải từ các ao nuôi thủy sản, nhất là ao nuôi ốc hương ở ven vịnh Xuân Đài. Lượng chất thải này tích tụ nhiều năm sẽ ảnh hưởng xấu đến chất lượng nước vùng nuôi, gây ô nhiễm môi trường, làm thủy sản nuôi bị chết…
Tại hội thảo, các hộ nuôi tôm hùm đã đề nghị các ngành chức năng, các nhà khoa học nghiên cứu, có hướng xử lý nhằm giảm thiểu tình trạng ô nhiễm môi trường tại các vùng nuôi như hiện nay.
Theo đề xuất của Trường đại học Nông lâm TP Hồ Chí Minh, địa phương cần quy hoạch chi tiết vùng nuôi theo hướng cắt giảm diện tích nuôi, số lồng nuôi, phục hồi môi trường sinh thái tại các vùng nuôi, tăng cường quan trắc môi trường vùng nuôi.
Từ nay đến năm 2025, TX Sông Cầu cần duy trì khoảng 26.000 lồng nuôi thủy sản tại vịnh Xuân Đài, sau năm 2025 có thể tăng khoảng 10% nhưng cũng không quá 30.000 lồng. Ngoài ra, các đơn vị chức năng và địa phương cần hướng dẫn người nuôi về mật độ thả nuôi, khoảng cách lồng theo quy định…