Số lượng giống sản xuất trong tỉnh năm 2015 của các đối tượng chủ lực như: tôm biển khoảng 1 tỷ tôm post, đáp ứng khoảng 20% nhu cầu nghề nuôi; phần lớn phải di nhập từ ngoài tỉnh. Tôm sú, tôm chân trắng là các đối tượng nuôi chủ lực của tỉnh, quy trình sản xuất đã ổn định, đáp ứng nhu cầu sản xuất giống chất lượng cao phục vụ nghề nuôi của tỉnh.
Theo quy hoạch, tỉnh có 3 khu sản xuất giống tập trung nằm tách biệt với vùng nuôi tại xã Thới Thuận, Thừa Đức (huyện Bình Đại) và xã Thạnh Hải (huyện Thạnh Phú). Tuy nhiên, đến nay, chỉ mới đầu tư khu sản xuất giống thủy sản tập trung tại xã Thới Thuận, 2 khu quy hoạch còn lại chưa được đầu tư hạ tầng, do đó còn nhiều trại sản xuất giống nằm ngay trong vùng nuôi, nguy cơ lây nhiễm chéo giữa sản xuất giống và nuôi rất cao.
Để đáp ứng nhu cầu giống, tỉnh phấn đấu năm 2016 giống tôm sú và giống tôm chân trắng đạt 30% nhu cầu giống nuôi thương phẩm. Đến năm 2020, giống tôm sú đạt 80% nhu cầu giống nuôi thương phẩm; đạt 90% nhu cầu giống nuôi thương phẩm.
Trước mắt, ngành Thủy sản tập trung đầu tư nghiên cứu các thiết bị công nghệ, các quy trình nuôi, quy trình sản xuất giống tiên tiến; nghiên cứu và chuyển giao khoa học kỹ thuật mới về nuôi và sản xuất giống thủy sản, đặc biệt là các đối tượng thích ứng với biến đổi khí hậu; đẩy mạnh sản xuất giống thủy sản, nâng cao số lượng và chất lượng giống thủy sản trong tỉnh, quản lý tốt giống thủy sản nhập tỉnh đảm bảo cung cấp con giống có chất lượng tốt cho nghề nuôi; thực hiện tốt công tác thông tin dự báo về môi trường và thị trường, công tác đầu tư kết cấu hạ tầng trong nuôi và sản xuất giống thủy sản, phấn đấu thực hiện đầu tư đạt kế hoạch đề ra; hoàn chỉnh quy hoạch đối tượng nuôi chủ lực; ứng dụng khoa học và công nghệ trong phát triển giống thủy sản; đầu tư xây dựng kết cấu hạ tầng phục vụ sản xuất giống thủy sản; triển khai có hiệu quả các cơ chế, chính sách phát triển thủy sản.
