Bún cá Nha Trang được hình thành từ những sợi bún tinh tươm, nước dùng trong và cá. Thế nhưng, cá trong tô bún có tới ba loại: chả cá chiên, chả cá hấp và nạc cá tươi. Chả cá được làm khá công phu, không phải chỉ duy nhất từ một loại cá, mà gồm nhiều loại cá phối trộn. Đó là các con cá mối, cá thu, cá nhồng, cá cờ..., đều là cá biển. Cá còn tươi sống được nạo lấy thịt rồi quết đều tay, càng quết lâu chừng nào, chả càng có độ dai không sao diễn tả được. Sau đó thêm gia vị cần thiết vào chả, rồi nắn thành miếng dẹp tròn cỡ chiếc dĩa loại lớn. Nếu đem hấp, miếng chả có màu trắng sữa. Còn đem chiên, miếng chả có màu vàng nâu bắt mắt nhờ có phết lòng đỏ trứng vịt đánh nhuyễn.
Bắc nồi nước dùng lên bếp lửa, thả củ hành nướng vào cho thơm, cho khóm vào cùng nước cốt gà hoặc nước luộc xương, đầu cá vào, ninh. Trong khi chờ nồi nước dùng sôi, bắc chảo xào hạt điều cho thấm, cho thơm. Nồi nước dùng sôi, cho hạt điều xào vào, nêm nếm vừa ăn, hớt bỏ bọt để nước dùng được trong. Vậy là hoàn tất phần nước dùng - một loại nước dùng “sạch” vì không sử dụng dầu mỡ, bột ngọt, bột nêm.
Bún Nha Trang thường sử dụng bún lá Ninh Hòa. Đây là loại bún làm khá công phu vì người ta phải vắt bún thành từng khoanh như chiếc lá rồi sắp lên những miếng lá chuối tươi xanh cắt tròn trịa. Dùng lá chuối lót nhằm mục đích hai vắt bún không dính vào nhau khi chồng lên. Loại bún này được “bắt” từng con giống như bún của đồng bào Khmer Nam bộ. Lấy từng con bún, xé rời, rải đều lòng tô đã sắp sẵn rau ghém, gồm: xà lách, rau thơm, bắp chuối xắt thật mảnh và giá sống. Sau đó cho vài miếng cà chua đỏ tươi xắt múi cau, cho chả chiên, chả hấp xắt hình bình hành vào, cho nạc cá nấu chín vào, thêm mấy chân hành lá, rồi chan nước dùng đầy tô. Sau đó rải một ít hành ngò làm mặt. Dọn ra bàn.
Tô bún trước mặt thực khách có lời mời gọi đầu tiên của những miếng chả cá dù hấp hay chiên cũng đều tỏa mùi thơm làm ngây ngất lòng người. Tuy nhiên, trước khi thưởng thức món đặc sản này, thực khách phải cho thêm một vài muỗng ớt. Ớt của tô bún cá Nha Trang không phải như các loại ớt cho các món ăn khác, vì nó được làm khá cầu kỳ. Ớt vừa chín có màu đỏ đẹp, cắt bỏ cuống, rửa sạch, để ráo, nấu sôi với chút muối và đường. Ớt vừa đủ chín, nhắc xuống, để nguội, cho vô cối xay nhuyễn, cho vào keo, vào chén nhỏ. Múc muỗng ớt cho vào tô bún, nặn chanh, dùng đũa trộn đều trước khi thưởng thức. Bún sợi mềm mát mịn trong răng hòa cùng rau ghém giòn khướu, thơm nồng mùi đất đai quê nhà. Nhưng cái mùi thơm của cá biển qua chế biến mới hấp dẫn làm sao. Nó càng lôi cuốn hơn vì ngọt thịt, rất đậm đà vị biển, lại nữa chả cá chiên sừn sựt khi nhai, chả cá hấp mềm mềm dai dai khi cắn, còn nạc cá lại “tơi” ra trong vòm họng khi hai hàm răng bạn hoạt động. Tất cả là một sự hòa thanh, hòa vị tuyệt vời cho một hợp tấu ẩm thực khó tả. Nhưng độc đáo hơn là nước chấm. Nước chấm dù chỉ là nước mắm nhưng được pha chế theo một bí truyền nào đó, vừa hơi sánh đặc, lạ lẫm với đủ bốn vị chua, ngọt, mặn và cay. Chấm chả cá chiên, chả cá hấp hoặc nạc cá rồi cho vào miệng, bạn sẽ được hân thưởng vị ngọt mặn của nó hòa cùng vị cay của ớt. Nếu ớt được làm từ ớt hiểm sẽ cho vị cay nồng gắt lẫn mùi thơm đặc trưng của nó. Còn là ớt sừng trâu thì có vị cay nồng nhẹ. Đặc biệt, ớt kiểng sẽ cho ta mùi thơm của bơ.
Thưởng thức bún cá còn là dịp bạn được húp những muỗng nước dùng trong, có vị ngọt tự nhiên của cá tươi, vị chua của cà chua chín. Nước dùng không đục, không có mùi tanh, nên càng húp càng nghe thống khoái cái dạ dày! Cho nên đến Nha Trang bất cứ ai cũng “ngẩn ngơ” khi thưởng thức món ăn bình dân phổ biến này.