Trước đây mỗi năm người dân có thể khai thác trong đầm ít nhất 200 tấn tôm, 150 tấn cá, 20 tấn cua, hàng trăm tấn rau câu; đặc biệt là các loài nhuyễn thể được xem như là đặc sản của Phú Yên như hàu, điệp và sò huyết. Tuy nhiên, nguồn lợi này ngày nay hầu như còn rất ít. Như sò huyết Ô Loan là một đặc sản rất nổi tiếng trong nước thì nhiều năm qua ít thấy xuất hiện vì lượng khai thác đã giảm đến 95% và có nguy cơ biến mất khỏi đầm…
Kết quả khảo sát của Trung tâm Nghiên cứu, quản lý và phát triển vùng duyên hải thuộc Đại học Huế cho thấy trong đầm Ô Loan có 159 loài cá, trong đó có 28 loài được xem là mang lại giá trị kinh tế và sản lượng khai thác khá cao, 5 loài có tên trong sách đỏ Việt Nam ở mức sẽ nguy cấp (VU- Vulnerable).
Người dân sống quanh đầm khai thác 9 loại nghề, trong đó các nghề trể, xiếc tuy bị cấm từ những năm 1980 nhưng họ vẫn lén lút hoạt động.
Ngoài ra, những năm gần đây xuất hiện thêm nghề mới, đó là nghề lưới 3 màn (3 kích thước mắc lưới) và nghề lờ du nhập từ Trung Quốc hoạt động theo kiểu tận thu tận diệt nên làm thiệt hại đến nguồn lợi thủy sản.
Bên cạnh đó, do không có quy hoạch nên nghề nuôi tôm sú trong đầm Ô Loan từ những năm 1990 phát triển ồ ạt kéo theo ô nhiễm.
Hiện nay, diện tích tuy có giảm nhưng có thời điểm lên đến trên 320ha, chiếm 25% diện tích mặt đầm. Đồng thời các hồ xây theo kiểu hồ hở (dùng san hô, đá để chèn làm bờ hồ nuôi tôm) nên các hóa chất cũng như thức ăn từ hồ thải ra không chỉ gây ô nhiễm môi trường sống các loài thủy sản mà dẫn đến hậu quả 90% số hộ bị lỗ hoặc mất trắng.
Theo Trung tâm Nghiên cứu, quản lý và phát triển vùng duyên hải, để khai thác hiệu quả kinh tế trong đầm Ô Loan, trước hết tỉnh Phú Yên cần lập lại trật tự mới trong hoạt động khai thác dựa vào cộng đồng.
Theo đó, tỉnh không cho người dân đánh bắt liên xã, mà thiết lập địa giới ngư trường theo từng xã và hoạt động khai thác dưới sự quản lý của chính quyền xã đó.
Tùy theo loại nghề, những hộ dân sẽ thành lập theo nhóm nghề cụ thể và được chính quyền xã cấp giấy chứng nhận quyền khai thác thủy sản. Mỗi nhóm nghề có Ban quản lý do ngư dân bầu ra; đồng thời đề ra bản nội quy được chính quyền xã chấp nhận. Qua đó, chính quyền từng xã thống kê, kiểm soát được số lượng ngư cụ cũng như hộ khai thác để vận động ngư dân không sử dụng các loại ngư cụ tác động đến nền đáy như giã cào, cào sò, lờ…
Trên thực tế từ năm 2000, nhân dân xã An Hiệp đã đứng ra thành lập Tổ quản lý đầm theo mô hình như trên và hoạt động khá hiệu quả như quản lý được số người và các loại nghề hoạt động trên đầm, không có hiện tượng khai thác bằng ngư cụ mang tính hủy diệt như lưới điện chẳng hạn. Tuy nhiên hoạt động của Tổ quản lý bị “phá vỡ” khi năm 2005 tỉnh Phú Yên cho phép ngư dân được phép khai thác thủy sản ở ngoài địa giới xã mình.
Đối với thảm thực vật ven đầm Ô Loan, ngoài việc không cho dân tự do khai thác 11,2ha đồng cỏ hến và cây giá còn sót lại, tỉnh cần trồng thử nghiệm cây đước xanh, đước đôi ở một số khu vực và có chính sách nhằm bảo vệ 160ha cỏ biển trong đầm hiện đang phát triển tốt.
Việc phát triển thảm thực vật là giải pháp quan trọng để khôi phục lại nguồn lợi sò huyết tự nhiên trong đầm hiện có nguy cơ biến mất. Hoạt động bảo vệ thảm thực vật và phục hồi nguồn lợi sò huyết cũng phải thực hiện bằng phương thức quản lý dựa vào cộng đồng trên cơ sở xác định ranh giới khu vực cần bảo vệ và không được phát triển mới các ao nuôi thủy sản trong khu vực này nhằm tạo điều kiện đảm bảo tái tạo nguồn lợi thủy sản trong tự nhiên…
Qua phỏng vấn 43 ngư dân chuyên sống bằng nghề khai thác quanh đầm thì có 86,7% ngư dân đề nghị quy hoạch lại vùng nuôi trong đầm và 71,4% đồng thuận chuyển đổi nuôi thủy sản theo phương thức thân thiện với môi trường. Đây là dấu hiệu tốt để chính quyền và người dân sống quanh đầm cùng thực hiện các giải pháp nuôi trồng thủy sản bền vững và thân thiện với môi trường.