Năm 2012, toàn tỉnh có gần 2.000ha diện tích cá tra nuôi, sản lượng hơn 386.000 tấn. Để đáp ứng diện tích nuôi cá tra trong tỉnh và các tỉnh ĐBSCL, trên địa bàn tỉnh có 1.174 cơ sở sản xuất và cung ứng giống. Trong đó có 87 cơ sở sản xuất cá tra bột và 1.087 cơ sở ương, cung cấp khoảng 60-70% cá giống cho các tỉnh ĐBSCL. Theo kế hoạch, đến cuối năm toàn tỉnh sẽ cung cấp 2,4 tỷ con cá tra giống.
Hiện nay, trình độ kỹ thuật của cán bộ, người sản xuất giống ương và nuôi cá được nâng cao, kinh nghiệm ngày càng nhiều, có khả năng nắm bắt nhanh các kỹ thuật nuôi thủy sản theo hướng hiện đại, tạo nguồn nguyên liệu tại chỗ dồi dào, thu hút được nhiều nhà đầu tư trong và ngoài tỉnh tham gia. Tuy nhiên, chất lượng cá bố mẹ chưa có sự đồng nhất và nhu cầu con giống ngày càng cao, một số trại sản xuất giống vẫn còn sử dụng đàn cá bố mẹ kém chất lượng, sử dụng cá bố mẹ cho sinh sản nhiều lần trong năm cũng dẫn đến cá giống có chất lượng thấp.
Được sự hỗ trợ theo Quyết định 3648 của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn năm 2009 về phê duyệt Dự án chuyển giao công nghệ sản xuất giống cá tra chất lượng di truyền cao về tính trạng tăng trưởng cho các tỉnh ĐBSCL, tỉnh Đồng Tháp được phân bổ 85.600 con cá hậu bị để chuyển giao cho 40 cơ sở sản xuất giống, góp phần cải thiện chất lượng con giống.
Năm 2013, tỉnh tiếp tục phối hợp với Viện nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản II phân bổ tiếp đàn cá bố mẹ có chất lượng tốt, nhằm tạo ra đàn cá giống có chất lượng và giá trị kinh tế cao. Quy hoạch vùng về sản xuất giống sạch và chất lượng theo tiêu chuẩn; thực hiện việc công bố tiêu chuẩn về chất lượng, đánh giá phân loại các cơ sở sản xuất giống cá tra, công bố các cơ sở sản xuất giống đạt tiêu chuẩn và không đạt tiêu chuẩn trên các phương tiện thông tin đại chúng. Ngành nông nghiệp khuyến cáo các cơ sở ương nên mua cá bột từ các cơ sở sản xuất giống đã được các cơ quan quản lý cấp chứng nhận và đăng ký chất lượng, hạn chế việc lưu hành và sử dụng giống cá tra không rõ nguồn gốc.