Điển hình là loại cá song, cá hồi, cá tầm, cá lăng, cá chầy đất, cá anh vũ, cá chiên, cá chạch sông, cá đối mục, cá còm, cá thát lát, cá lăng nha, cá chẽm, cá hồng Mỹ, cá bống bớp, cá chim vây vàng, cá chình hoa, tu hài, hàu Thái Bình Dương, cua biển, ốc hương, hải sâm, nghêu…
Hầu hết các công nghệ sản xuất giống và nuôi thương phẩm thuỷ sản đều nhanh chóng đ ược triển khai áp dụng vào sản xuất thông qua các dự án thuộc Chương trình Nông thôn-miền núi giai đoạn 2008-2012 và các chương trình, đề tài, dự án khác của Bộ Khoa học và Công nghệ, Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn và các địa phương trong cả nước.
Thông qua các chương trình, đề tài, dự án, đã có nhiều loài thủy sản có chất lượng, có khả năng kháng bệnh… được chọn tạo như giống cá Tra theo hướng sinh trưởng nhanh, làm tăng tỷ lệ phi lê, kháng bệnh gan-thận mủ và chuyển giao cá tra hậu bị chọn lọc có chất lượng di truyền tốt để tạo đàn cá bố mẹ cho các tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long. Đối với tôm sú, tôm chân trắng, tôm càng xanh đã thành công trong việc gia h óa tạo đàn tôm bố mẹ sạch bệnh, cũng như ứng dụng thành công công nghệ vi phẫu sản xuất tôm càng xanh toàn đực của Israel và đang triển khai ứng dụng tại Đồng bằng sông Cửu Long. Đã tạo ra giống cá rô phi chọn lọc NOVIT4 có tốc độ sinh trưởng vượt trội 45% so với các giống cá rô phi khác. Công nghệ sản xuất giống cá rô phi NOVIT4 đã được chuyển giao cho 58 tỉnh, thành phố trong cả nước. Công nghệ chuyển đổi giới tính tạo giống cá rô phi toàn đực dòng GIF, cá hồi vân toàn cái đang triển khai ứng dụng vào sản xuất mở rộng.
Một số kết quả nghiên cứu về tác nhân gây dịch bệnh, giải pháp phòng chống cho các đối tượng nuôi chủ lực cũng đã được nghiên cứu, áp dụng kịp thời, giảm thiểu thiệt hại cho nuôi trồng thuỷ sản như các bệnh dịch gây chết hàng loạt đối với tôm nuôi, cá tra. Ứng dụng công nghệ sinh học trong nuôi trồng thủy sản đã tạo ra một số công nghệ nuôi thương phẩm cá rô phi, cá tra, tôm sú cho năng suất cao, đảm bảo vệ sinh an toàn thực phẩm theo tiêu chuẩn VietGAP.
Các kết quả nghiên cứu về sản xuất thức ăn công nghiệp cho cá tra, tôm sú, tôm càng xanh, cá giò, cá chẽm, tôm hùm cũng đã thành công và đang áp dụng vào sản xuất. Đã thiết kế và sản xuất dây chuyền thiết bị đồng bộ chế biến thức ăn trong nước phục vụ nuôi trồng thủy sản với giá thành chỉ bằng 50 – 60% dây chuyền cùng loại của nước ngoài, c hất lượng thức ăn viên sản xuất đạt chất lượng cao, đảm bảo cạnh tranh trên thị trường.
Trong hoạt động khai thác, chế biến và bảo vệ nguồn lợi thủy sản đã thiết kế và chế tạo thành công một số loại vỏ tàu composite, máy móc, thiết bị thu lưới, bắn câu, hệ thống phơi, sấy phục vụ trên tàu khai thác thủy sản; áp dụng thành công công nghệ khai thác cá ngừ đại dương giống phục vụ nghiên cứu nuôi cá ngừ đại dương xuất khẩu; tạo ra công nghệ chế biến một số sản phẩm mới có giá trị gia tăng từ thịt cá, vỏ đầu tôm và các phụ phẩm cá tra như surimi, thịt cá xông khói, bao bột, chitin, chitosan, dầu mỡ cá tra, collagen, đạm thuỷ phân …/.