Hiện nay, tổng diện tích nuôi trồng thuỷ sản toàn huyện là 5.110ha, trong đó, diện tích nuôi nước ngọt 1.177ha; diện tích nuôi mặn lợ 3.933ha. Năm 2018, sản lượng nuôi trồng đạt 38.748 tấn; trong đó, nuôi mặn lợ đạt trên 33.740 tấn, nuôi nước ngọt đạt 5.347 tấn.
Đối với nuôi trồng thuỷ sản mặn lợ, với chủ trương đa dạng đối tượng và hình thức nuôi, thời gian qua, nhiều hộ dân mạnh dạn chuyển hướng sang nuôi cá song, cá vược, cá hồng mỹ, cá bống bớp trong vùng nuôi quảng canh kết hợp để nâng cao năng suất, hiệu quả. Các hộ nuôi tôm thẻ chân trắng ứng dụng kỹ thuật cao trong nuôi thâm canh, hạn chế dịch bệnh gắn với bảo vệ môi trường, mỗi năm nuôi từ 2-3 vụ, năng suất đạt từ 7-8 tấn/ha/vụ. Mô hình nuôi tôm công nghệ cao của ông Cao Văn Ba, xã Giao Phong đem lại giá trị cao, giá trị sản xuất bình quân trên 1ha đất nuôi trồng thủy sản đạt hơn 400 triệu đồng/năm. Thời gian qua, ông đã đi đầu trong việc ứng dụng công nghệ nuôi tôm thẻ chân trắng trong nhà kính, hạn chế rủi ro cho đàn tôm trong điều kiện thời tiết diễn biến bất thường, môi trường không ổn định, thuận tiện trong việc cải tạo vệ sinh phơi nền đáy, hạn chế mầm bệnh. Việc chủ động trong sản xuất, cung ứng con giống thủy sản cũng được huyện quan tâm, chỉ đạo. Đến nay, trên địa bàn huyện đã phát triển được hơn 100 trại, cơ sở sản xuất giống thuỷ sản, các loại giống cơ bản được sản xuất là: tôm sú, ngao, hàu, tu hài, cua biển, cá bống bớp, cá thủ song, cá hồng mỹ… với số lượng sản xuất hàng tỷ con giống/năm đã đáp ứng được nhu cầu giống trên địa bàn và cung ứng cho các địa phương trong và ngoài tỉnh. Năm 2018, các cơ sở sản xuất giống thủy sản trong huyện cung ứng ra thị trường trên 8.290 triệu con giống. Ngoài ra, trên địa bàn huyện cũng đã hình thành hệ thống các cơ sở cung ứng vật tư, thức ăn, thuốc thú y thuỷ sản đáp ứng nhu cầu sản xuất.
Lĩnh vực chế biến hải sản được duy trì và phát triển ở một số địa phương có nghề truyền thống, sản phẩm chủ yếu là nước mắm, mắm tôm, cá khô; tập trung ở các xã Giao Hải, Giao Châu, Giao Yến... Sản lượng nước mắm bình quân đạt 1,3 triệu lít/năm, mắm tôm đạt trên 100 tấn/năm, tôm cá khô đạt 300 tấn/năm. Trong đó, toàn huyện có 51 cơ sở thu mua, sơ chế, chế biến tiêu thụ sản phẩm. Làng Sa Châu, xã Giao Châu có nghề sản xuất nước mắm từ thời Vua Minh Mạng. Nước mắm Sa Châu có vị đặc trưng, độ đạm cao được làm từ nguyên liệu cá cơm, cá nục, tép tươi được đánh bắt tại vùng biển Giao Hải, Quất Lâm; được ướp bằng muối trắng sản xuất từ Bạch Long, ủ chượp từ 6 đến 20 tháng; sau đó, chắt lọc nước cốt phơi “6 nắng, 5 sương” trong ang sành. Tháng 10-2013, sản phẩm nước mắm của làng nghề Sa Châu, xã Giao Châu được Cục Sở hữu trí tuệ (Bộ Khoa học và Công nghệ) cấp chứng nhận nhãn hiệu tập thể “Nước mắm Giao Châu” với đầy đủ quy trình sản xuất, chỉ tiêu chất lượng. Để giữ vững và phát triển được thương hiệu “Nước mắm Giao Châu”, Hợp tác xã Sản xuất nấm và chế biến nông hải sản Giao Thủy đã phối hợp với Công ty Cổ phần Đầu tư thương mại và dịch vụ Tân Long hỗ trợ các gia đình làm nghề truyền thống phát triển sản xuất, bao tiêu sản phẩm đầu ra cho người làm nghề và xây dựng thương hiệu cho “Nước mắm Giao Châu”, góp phần làm cho sản phẩm toả sáng thương hiệu trên thị trường trong và ngoài nước. Đồng thời, sản phẩm mắm cá, mắm tôm nguyên chất nhãn hiệu mắm Giao Châu cung cấp trên thị trường đã được Chi cục Tiêu chuẩn đo lường chất lượng tỉnh kiểm định, chứng nhận đảm bảo đủ tiêu chuẩn chất lượng và an toàn vệ sinh thực phẩm.
Được sự quan tâm đầu tư của các ngành, các cấp, hệ thống thủy lợi, điện, đường phục vụ sản xuất nuôi trồng thủy sản trên địa bàn huyện đã và đang được hoàn thiện. Trong đó, đã hoàn thành các dự án phục vụ nuôi tôm ở các xã: Giao Phong, Bạch Long, Giao Thịnh, Giao Hải, vùng nuôi thuỷ sản tổng hợp Giao Long; dự án cải tạo hệ thống thủy lợi Cồn Ngạn. Hiện một số dự án đang được tích cực triển khai như: Dự án nuôi thuỷ sản tập trung tại xã Giao Phong, dự án sản xuất giống thuỷ sản tại xã Bạch Long. Cùng với việc tạo điều kiện hỗ trợ vay vốn, huyện vận động ngư dân đóng mới, nâng cấp tàu cá có công suất lớn. Đến nay toàn huyện đã có 862 tàu cá, trong đó có 356 tàu công suất từ 20CV trở lên, 7 tàu cá được đóng và đánh bắt xa bờ theo Nghị định 67 của Chính phủ; có 8 tổ hợp khai thác thủy sản tàu công suất trên 90CV, 25 tổ đội khai thác thủy sản. Năm 2018 sản lượng khai thác thủy sản đạt 13.674 tấn; trong đó, khai thác tôm các loại 1.187 tấn, cá các loại 6.734 tấn, hải sản khác 5.135 tấn.
Đồng chí Nguyễn Thành Mạnh, Chủ tịch UBND huyện Giao Thủy cho biết: Huyện đang tập trung các giải pháp tạo bước đột phá trong phát triển kinh tế biển, phấn đấu đến năm 2020, tổng diện tích nuôi trồng thủy sản: 5.145ha, trong đó có ít nhất 20ha chuyển đổi từ sản xuất muối hiệu quả thấp sang nuôi trồng thủy sản. Sản xuất thủy sản ven biển chiếm 86,4% giá trị sản xuất kinh tế biển, tốc độ tăng trưởng bình quân 6,6%/năm, sản lượng nuôi trồng và khai thác: 52.700 tấn trở lên, giá trị sản xuất từ 1.400 đến 1.500 tỷ đồng/năm. Trong đó, tiếp tục hoàn thiện kế hoạch và chiến lược phát triển giống thủy sản; chỉ đạo chặt chẽ việc chuyển đổi cơ cấu trong nuôi trồng thủy sản. Tăng cường công tác khuyến ngư, xây dựng mô hình nuôi thủy sản. Đẩy mạnh ứng dụng khoa học công nghệ, phát triển kỹ thuật tiên tiến trong khai thác, đánh bắt và nuôi trồng thủy, hải sản. Phấn đấu năm 2019, toàn huyện đạt 2.755 tấn tôm, 200 tấn cua biển, 26.965 tấn ngao, sản xuất 65 triệu con tôm giống, 8,5 tỷ con ngao giống, 9 triệu con giống bống bớp. Khai thác, nâng cao chất lượng và tiêu thụ sản phẩm sau đánh bắt. Phát huy nguồn lực tại chỗ và thu hút các thành phần kinh tế đầu tư khai thác, phát triển dịch vụ hậu cần nghề cá, chế biến, tiêu thụ sản phẩm thủy sản.