Thực tế, trong thời gian qua, do sự phát triển các ngành du lịch và đóng tàu thuyền nên đã làm mất đi một phần diện tích sản xuất giống, nuôi tôm hùm, nhuyễn thể, thậm chí còn gây ra ô nhiễm môi trường. Sự cố rò rỉ dầu, tràn dầu của các tàu thuyền, tai nạn đắm tàu thuyền đưa vào biển nhiều hóa chất độc hại làm ảnh hưởng đến hoạt động sản xuất giống thủy sản. Trong tương lai, các ngành kinh tế này càng phát triển thì mức độ ảnh hưởng của nó đối với ngành thủy sản nói chung và sản xuất giống nói riêng sẽ càng lớn.
Tác động tiêu cực do hoạt động khai thác khoáng sản, hoạt động của ngành nông nghiệp
Tạo ra các loại chất thải rắn, các loại hóa chất trừ sâu... đã gây tổn hại đến môi trường, nguồn nước phục vụ cho sản xuất giống và làm mất diện tích vùng có điều kiện thuận lợi phát triển giống thủy sản.
Các loại chất thải gây ô nhiễm từ hoạt động của phát triển công nghiệp và đô thị hóa bao gồm
Nước thải sinh hoạt, nước thải công nghiệp sẽ tác động trực tiếp đến môi trường và gây ảnh hưởng tiêu cực đến nuôi trồng thủy sản. Một số vùng quy hoạch giống có thể bị thu hẹp hoặc biến mất do tác động tiêu cực của hoạt động công nghiệp và đô thị hóa.