Năm 2016, toàn tỉnh có 15.848ha diện tích mặt nước được đưa vào nuôi trồng thủy sản. Trong đó nuôi mặn lợ là 6.348ha và nuôi nước ngọt là 9.500ha. Tổng sản lượng thủy sản ước đạt 83.367 tấn. Thời gian qua, các địa phương đã chủ động xác định đối tượng nuôi chủ lực dựa trên điều kiện của từng địa bàn. Nhiều mô hình nuôi thủy sản đã và đang mang lại hiệu quả kinh tế cao như nuôi ngao, nuôi tôm thẻ chân trắng, cá bống bớp…
Tuy nhiên, do tác động bởi mưa bão hay nắng nóng kéo dài các năm qua đã gây khó khăn cho phát triển nuôi thủy sản. Trong năm 2016, cơn bão số 1 đổ bộ vào tỉnh ta đã gây thiệt hại 69 cơ sở sản xuất giống thủy sản, 529 chòi canh phục vụ nuôi thủy sản bị tốc mái, bị đổ. Hơn 7.000ha nuôi thủy sản bị ngập, sạt lở bờ, 79 lồng nuôi thủy sản bị vỡ lồng, rách lưới. Những ngày gần đây, thời tiết diễn biến phức tạp, nắng, mưa thất thường, nhiệt độ ngày và đêm chênh lệch lớn, khiến thủy sản không kịp thích nghi, gây ảnh hưởng đến sức đề kháng, sức khỏe của thủy sản.
Bên cạnh đó, do tác động từ hoạt động của con người như chất thải sinh hoạt từ các vùng dân cư ven biển, chất thải từ sản xuất nông nghiệp… thải trực tiếp ra môi trường làm ô nhiễm nguồn nước, khiến dịch bệnh trên thủy sản gia tăng. Ngoài ra, hoạt động nuôi thủy sản còn đối mặt với áp lực về kết cấu hạ tầng phục vụ nuôi thủy sản chưa đồng bộ, nhất là hệ thống thủy lợi, điện và giao thông.
Tại nhiều vùng nuôi, nhất là vùng nuôi thủy sản mặn lợ chuyển đổi từ đất làm muối; hệ thống thủy lợi chưa được xây dựng tách biệt hoặc mới tách biệt một phần với hệ thống thủy lợi phục vụ sản xuất nông nghiệp và muối. Cơ sở hạ tầng sản xuất của nhiều vùng nuôi thủy sản nước ngọt cũng còn mang tính tự phát, khó kiểm soát. Các cơ sở sản xuất giống thủy sản đã được quan tâm đầu tư nhưng vì đã được sử dụng lâu ngày nên xuống cấp, hạn chế năng lực sản xuất, cung cấp giống chất lượng cao. Hơn nữa, giống một số đối tượng như tôm thẻ chân trắng, cá song, cá vược… chưa sản xuất được trong tỉnh hoặc có loại đã sản xuất được nhưng số lượng chưa đáp ứng được nhu cầu của người nuôi thủy sản trên địa bàn tỉnh.
Bên cạnh đó, nhu cầu tiêu thụ các sản phẩm thủy sản của người dân ngày càng tăng song giữa người sản xuất, người tiêu thụ sản phẩm thủy sản vẫn còn khoảng cách, thiếu thông tin. Người chăn nuôi phải bán sản phẩm giá thấp trong khi người tiêu thụ lại phải mua với giá cao hơn, chênh lệch này người buôn bán hưởng lợi lớn hơn người sản xuất. Ngoài ra, giá nguyên, nhiên liệu, máy móc phục vụ hoạt động sản xuất, giá thức ăn thủy sản có xu hướng tăng.
Để tháo gỡ những bất cập trong nuôi thủy sản, Sở NN và PTNT, các cơ quan chức năng và các cơ sở nuôi thủy sản đang tìm kiếm những biện pháp, chính sách đầu tư phát triển, củng cố cơ sở hạ tầng các vùng nuôi; nghiên cứu đề xuất đầu tư, cải tạo nâng cấp cơ sở hạ tầng thủy sản góp phần phát triển hiệu quả các mô hình chuyển đổi. Kêu gọi, tạo điều kiện cho các thành phần kinh tế đầu tư vào nuôi thủy sản, nhất là đầu tư vào sản xuất giống và nuôi thủy sản theo hướng hàng hóa. Quản lý chặt chẽ quy hoạch các vùng nuôi đã được phê duyệt, đồng thời nghiên cứu điều chỉnh và bổ sung quy hoạch khi cần thiết cho phù hợp với điều kiện của địa phương. Đẩy mạnh phát triển nuôi thủy sản tập trung theo hướng trang trại, gia trại, vùng nuôi thủy sản tập trung. Đầu tư xây dựng hệ thống hạ tầng phục vụ nuôi thủy sản tại các vùng nuôi tập trung như vùng nuôi nhuyễn thể, vùng nuôi tôm sú, tôm thẻ chân trắng, vùng nuôi thủy sản nước ngọt… Xây dựng hạ tầng vùng sản xuất giống nhuyễn thể tập trung, hạ tầng vùng nuôi thủy sản tập trung tại các huyện Giao Thủy, Hải Hậu, Nghĩa Hưng.
Các đơn vị chức năng trong ngành cần phải phối hợp chặt chẽ với các ngành chức năng, các địa phương làm tốt công tác quản lý chất lượng con giống, đặc biệt là đối với những con giống được nhập về tỉnh. Sở NN và PTNT khuyến khích, tạo điều kiện hình thành các liên doanh sản xuất tập trung quy mô lớn, tập trung nguồn lực, đất đai để có thể xây dựng cơ sở sản xuất giống tiên tiến, hiện đại, ứng dụng công nghệ cao và an toàn sinh học. Các đơn vị trong ngành cần phối hợp để xây dựng kế hoạch phòng, chống dịch bệnh động vật thủy sản, đảm bảo các hoạt động phòng, chống dịch bệnh phải chủ động, tích cực, kịp thời và hiệu quả. Rà soát lại diện tích nuôi thủy sản, đảm bảo các điều kiện nuôi an toàn dịch bệnh cho các đối tượng nuôi. Hướng dẫn chỉ đạo các địa phương nuôi thủy sản theo khung thời vụ và cơ cấu đối tượng hợp lý theo từng vùng. Tạo điều kiện thuận lợi mời gọi các doanh nghiệp trong và ngoài tỉnh đầu tư xây dựng các mô hình sản xuất liên kết theo chuỗi, nâng cao giá trị sản phẩm thủy sản trong tỉnh. Tạo điều kiện hỗ trợ thành lập các hợp tác xã chuyên ngành trong nuôi thủy sản để tạo ra vùng nguyên liệu lớn, góp phần tạo thuận lợi cho chế biến và xuất khẩu sản phẩm. Tích cực nghiên cứu và ứng dụng những tiến bộ khoa học công nghệ vào sản xuất, đặc biệt là các đối tượng mới có giá trị kinh tế cao và phù hợp với địa phương góp phần đa dạng hóa đối tượng nuôi của tỉnh. Tuy nhiên việc đa dạng hóa các đối tượng nuôi phải đảm bảo thích nghi với điều kiện của địa phương, không làm mất cân bằng sinh thái môi trường xung quanh, gây ảnh hưởng đến sự sinh trưởng phát triển của các đối tượng nuôi khác. Tập trung phát triển nuôi thủy sản theo hướng bền vững, thích ứng với biến đổi khí hậu. Tăng cường xúc tiến thương mại, tìm kiếm thị trường tiêu thụ sản phẩm nuôi thủy sản. Từng bước xây dựng thương hiệu cho các sản phẩm thủy sản, tạo mối liên kết giữa “ba nhà”: sản xuất, chế biến và phân phối giúp tiêu thụ tốt các sản phẩm thủy sản trong tỉnh. Xây dựng thương hiệu sản phẩm thủy sản có chỉ dẫn địa lý cho sản phẩm đặc trưng. Thúc đẩy hình thành kênh phân phối hàng thủy sản nội địa từ người sản xuất, doanh nghiệp đến các chợ, các siêu thị thông qua hệ thống các chợ đầu mối, các trung tâm siêu thị bán lẻ