Trước đây, cảng cá Vĩnh Lương do TP Nha Trang quản lý. Năm 2009, cảng được giao về tỉnh Khánh Hòa, trực tiếp quản lý là Sở NN-PTNT dưới mô hình ban quản lý. Điều đáng nói, cảng cá Vĩnh Lương là nơi tập trung nhiều tàu thuyền ra vào để bán cá. Không chỉ có tàu của tỉnh Khánh Hòa mà một số tàu cá các tỉnh Phú Yên, Bình Định cũng thường xuyên vào đây để bán hải sản đánh bắt được, vì thế, lượng hải sản qua cảng khá nhiều so với các cảng cá khác trên địa bàn. Theo thống kê, năm 2012 có gần 6.000 tấn hải sản thông qua cảng, trong đó chủ yếu là cá hố, cá tạp, mực… Sau khi thu mua, nhiều chủ nậu đã trực tiếp sơ chế hải sản ngay tại cảng, rồi mới đem đi chế biến. Trong quá trình sơ chế cá, một lượng lớn chất thải được các chủ nậu vô tư xả thẳng xuống chân cầu cảng hoặc nước thải theo những con mương nhỏ chảy thẳng xuống biển.
Theo quan sát của chúng tôi, tại cảng cá Vĩnh Lương hiện có hàng chục cơ sở sơ chế hải sản tại đây. Từ 2 giờ chiều trở đi, lúc tàu bè nhộn nhịp cập cảng, cũng là lúc người dân ồ ạt sơ chế hải sản, khiến cảng nhếch nhác. Nhiều hộ kinh doanh đá lạnh xử lý đá ngay trên mặt đất, trên vũng nước ô nhiễm, đen ngòm. Không chỉ có nước thải, rác thải tại cảng cá Vĩnh Lương cũng ngập tràn. Rác ngổn ngang từ trên bờ xuống tới biển, có nơi rác đóng thành từng ụ dài. Mùi hôi của nước thải, của cá, mực, cộng với mùi hôi từ bãi rác khiến không khí tại cảng cá Vĩnh Lương càng ngột ngạt hơn. Bà N., một hộ bán ốc nhỏ lẻ tại cảng cá Vĩnh Lương cho biết, bà đã buôn bán ở cảng từ ngày cảng mới hình thành. Theo bà, trong 10 năm trở lại đây, cảng cá Vĩnh Lương càng ô nhiễm nặng, do tàu bè đổ về đây tiêu thụ cá nhiều; các chủ nậu cũng sơ chế hàng nhiều hơn nhưng nước thải lại không được xử lý, tất cả đổ xuống biển, bốc mùi hôi thối. Nghiêm trọng hơn, nhiều hộ kinh doanh nhỏ lẻ, khi sơ chế cá, mực cũng lấy nước từ chân cầu cảng lên để dùng…