Phát hiện nhanh EHP trên tôm thẻ bằng xét nghiệm RT-RPA

EHP (Enterocytozoon hepatopenaei) hay còn gọi là bệnh chậm lớn trên tôm do vi bào tử trùng gây ra.

Tôm thẻ chân trắng
EHP (Enterocytozoon hepatopenaei) là loại bệnh trên tôm gây ra bệnh chậm lớn trên tôm thẻ, kèm theo phân trắng trên tôm. Ảnh themarketherald.com.au

Chúng là một loại ký sinh trùng, phá hủy các tế bào biểu mô hình ống ở gan tụy, cản trở quá trình hấp thụ chất dinh dưỡng của tôm, dấu hiệu điển hình của bệnh là tôm sinh trưởng chậm, còi cọc, mềm vỏ và các triệu chứng phân trắng. Ở các nước châu Á như Ấn Độ, Thái Lan và Trung Quốc ghi nhận được bệnh EHP gây giảm 10% –20% sản lượng tôm hàng năm, dẫn đến thiệt hại đáng kể về kinh tế. EHP được báo cáo lần đầu tiên vào năm 2009 ở Thái Lan. 

Bệnh EHP không có triệu chứng hay bất cứ dấu hiệu lâm sàng cụ thể. Vì vậy việc xét nghiệm chuẩn đoán được xem làm phương pháp hiệu quả nhất. Có nhiều cách phát hiện EHP trên tôm thông qua xét nghiệp PCR truyền thống, qPCR (PCR định lượng) hoặc LAMP. Tất cả các loại xét nghiệm trên đều có một kỹ thuật chung là khuếch đại DNA từ mẫu bệnh và hiện nay được sử dụng rất phổ biến để xác định các loại bệnh do vi sinh vật gây ra. Tuy nhiên, các phương pháp này đòi hỏi kỹ thuật cao, thiết bị tiên tiến, chi phí xét nghiệm đắt đỏ và cần nhiều thời gian. Mặc dù phương pháp LAMP chỉ mất 45 phút cho phản ứng, nhưng nó vẫn yêu cầu một máy điều khiển nhiệt độ tiên tiến với độ chính xác cao. 

EHP
Bào tử EHP trong (A) phết tế bào HP đã nhuộm và (B) một phần mô HP đã nhuộm. Ảnh semanticscholar

Gần đây, kỹ thuật RPA (recombinase polymerase amplification) bản chất là khuếch đại acid nucleic (bao gồm cả ADN và ARN) dựa vào hoạt tính của enzyme tái tổ hợp (enzyme recombinase) và polymerase (enzyme tổng hợp chuỗi polyme hoặc axit nucleic), đã được ứng dụng và đánh giá là có tiềm năng lớn trong nghiên cứu chẩn đoán bệnh ký sinh trùng và virus. Điểm mấu chốt quan trọng của kỹ thuật RPA là việc sử sụng enzyme tái tổ hợp và phân tử SSB để thay thế cho bước biến tính (DNA khuôn mẫu được tách thành 2 sợi đơn) trong PCR truyền thống.Vì thế, RPA cho phép khuếch đại đẳng nhiệt (hay khuếch đại ở nhiệt độ cố định) ở 37-42ºC và thời gian để xác định mẫu chỉ khoảng 5-20 phút.  Phân tử SSB (Single stranded binding protein) bao gồm các phân tử protein giúp hai mạch đơn của DNA không bị dính vào nhau sau khi tách thành 2 sợi để các enzyme có thể hoạt động). 

Được biết một chu kỳ nhiệt của xét nghiệm PCR gồm 3 giai đoạn: giai đoạn biến tính, nhiệt độ được nâng lên đến 94ºC để mạch đôi DNA có thể tháo xoắn; giai đoạn tiếp theo là giai đoạn bắt cặp, nhiệt độ sẽ được hạ xuống khoảng 55 ºC - 65 ºC để các đoạn mồi sẽ tiến hành bắt cặp bổ sung ; và cuối cùng là giai đoạn kéo dài, nhiệt độ lúc này cần đạt 72 ºC để Tag enzyme hoạt động và gắn kết thành một mạch bổ sung hoàn chỉnh. Chu kỳ này lặp lại khoảng 25 - 40 lần tùy vào từng loại phản ứng.

Các nhà nghiên cứu đã cố gắng áp dụng công nghệ RPA để phát hiện bệnh EHP trên tôm và đã đơn giản hóa quy trình không cần đến máy đo nhiệt độ. Tuy nhiên, việc phân tích các sản phẩm khuếch đại bằng điện di trên gel chỉ cho phép thực hiện tại phòng thí nghiệm, khó ứng dụng tại các trại thực tế, và độ nhạy cũng bị hạn chế bởi các công cụ hình ảnh gel.

Nghiên cứu gần đây ứng dụng phương pháp đọc tín hiệu huỳnh quang và xét nghiệm RT-RPA (RPA thời gian thực) để phát hiện bệnh EHP ở tôm. Thử nghiệm sử dụng gen SWP để mã hóa protein thành bào tử của EHP. Gen này được chẩn đoán là phân tử tốt hơn so với gen SSU rARN. Các kết quả trong nghiên cứu trước đây cũng đã xác nhận tính đặc hiệu tốt của gen này đối với việc phát hiện EHP.

Xét nghiệm RT- RPA cho thấy độ nhạy tốt và có thể so sánh với phương pháp PCR lồng (nested PCR – phương pháp sử dụng sản phẩm của phản ứng PCR lần 1 sẽ làm khuôn cho phản ứng PCR lần 2. Độ nhạy và độ đặc hiệu của kỹ thuật được đánh giá rất cao) và tốt hơn nhiều so với xét nghiệm RPA sử dụng phân tích điện di trên gel. So sánh với xét nghiệm RPA sử dụng phân tích điện di trên gel, độ nhạy của RT- RPA đã được cải thiện gần 60 lần. Hơn nữa, kết quả RT- RPA của các mẫu cho kết quả tương đồng 100% với phương pháp PCR lồng, cho thấy độ tin cậy tốt.

Khi đầu dò huỳnh quang được sử dụng, kết quả có thể được xác nhận bằng hình ảnh hóa ngay sau 15 phút. Những máy quét ống huỳnh quang kích thước nhỏ, chạy bằng pin có thể sử dụng để làm tín hiệu cho xét nghiệm RT-RPA tại chỗ. Do ít phụ thuộc vào thiết bị và nguồn điện, RT- RPA có thể dễ dàng lắp ráp thành phòng thí nghiệm vali di động, thuận tiện mang theo.

RPA đã được áp dụng chuẩn đoán các mầm bệnh do virus, chẳng hạn như WSSV (bệnh đốm trắng trên tôm), IHHNV (bệnh hoại tử cơ quan tạo máu và cơ quan lập biểu mô trên tôm), và SHIV (Shrimp hemocyte iridescent virus - Virus mới phát hiện gây tỉ lệ chết cao trên tôm thẻ chân trắng).

Một thử nghiệm RT- RPA kết hợp đọc tín hiệu bằng đầu dò huỳnh quang có thể phát hiện nhanh chóng sự lây nhiễm EHP ở tôm. Nó có thể được áp dụng như một công cụ phát hiện tại chỗ hiệu quả và đáng tin cậy để giúp kiểm soát sự lây nhiễm EHP trong các trang trại nuôi tôm.

Tổng hợp
Đăng ngày 10/02/2022
Ngọc Diễm @ngoc-diem
Dịch bệnh

Nấm đồng tiền: Mối đe dọa đến sức khỏe tôm nuôi

Nấm đồng tiền hay còn gọi là nấm chân chó luôn là vấn đề thách thức đối với người nuôi tôm bởi loại này gây tổn thất không hề nhỏ cho ao tôm, khiến tôm dễ mắc phải nhiều bệnh và làm ảnh hưởng đến năng suất vụ nuôi.

Nấm đồng tiền
• 10:18 26/02/2024

Một số loài ký sinh trùng phổ biến ở tôm

Trong quá trình nuôi tôm luôn gặp phải các trường hợp tôm nhiễm bệnh mà chết dần. Trong đó, ký sinh trùng là một trong những nguyên nhân gây ra, đặc biệt là các loài nội ký sinh trùng. Cùng tìm hiểu qua đặc điểm của những loài ký sinh trùng dưới đây nhé!

Tôm
• 09:56 22/02/2024

Không nên chủ quan với các bệnh đường ruột trên tôm

Với sự phát triển của ngành nuôi trồng thủy sản, đặc biệt là về tôm, việc thấu hiểu về đường ruột tôm mở ra cánh cửa cho những tiến bộ trong y học thủy sản và ứng dụng những công nghệ, kỹ thuật hiện đại trong việc cải thiện sản xuất và chất lượng tôm nuôi.

Tôm thẻ
• 09:43 19/02/2024

Phòng bệnh trắng đuôi trên tôm càng xanh

Tôm càng xanh (Macrobrachium rosenbergii) là loài tôm nước ngọt được nuôi ở nhiều nước trên thế giới nhờ tốc độ tăng trưởng nhanh và có giá trị kinh tế cao.

Tôm càng xanh
• 10:42 21/01/2024

Bạc Liêu: Tiến độ xây dựng Khu nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao phát triển tôm

Tép Bạc đã phản ánh, năm 2023, tỉnh Bạc Liêu đứng đầu cả nước về sản lượng tôm nước lợ và kim ngạch xuất khẩu nhờ phát triển nuôi siêu thâm canh ứng dụng công nghệ cao. Bạn đọc muốn biết thêm tiến độ đầu tư xây dựng Khu nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao phát triển tôm nổi tiếng ở Bạc Liêu nên xin cung cấp thêm thông tin.

Khu nuôi tôm công nghệ cao
• 08:33 29/03/2024

Tập huấn ứng dụng công nghệ trong bảo quản cá ngừ đại dương

Chiều ngày 27.3, Hiệp hội Thủy sản Bình Định phối hợp với Liên hiệp các hội KHKT Bình Định và Chi cục Thủy sản ( Sở NN&PTNT) tổ chức tập huấn quy trình công nghệ khí nitơ nano trong bảo quản cá ngừ đại dương cho 50 ngư dân làm nghề câu cá ngừ trên địa bàn phường Tam Quan Bắc, TX Hoài Nhơn.

Cá ngừ
• 08:33 29/03/2024

Như thế nào để tôm được vận chuyển đúng cách?

Tôm cũng giống như các hàng hóa khác, phân loại theo nhu cầu của khách hàng mà được vận chuyển đến các nơi khác nhau, với hai giai đoạn cơ bản như tôm giống được vận chuyển từ các trại giống đến ao nuôi và tôm thương phẩm được vận chuyển đến các chợ đầu mối, nhà máy chế biến. Vậy cách nào để có thể vận chuyển chúng một cách an toàn, tiết kiệm mà vẫn hiệu quả nhất? Hãy cùng tìm hiểu dưới đây nhé!

Tôm đông lạnh
• 08:33 29/03/2024

Biện pháp hạ phèn hiệu quả nhanh chóng

Chắc chắn rằng việc ao nuôi bị nhiễm phèn không còn là điều quá xa lạ đối với những người nuôi trồng thủy sản. Phèn xuất hiện trong ao nuôi tôm sẽ gây ảnh hưởng nghiêm trọng đến hiệu suất và sản lượng của vụ nuôi.

Ao nuôi tôm bị nhiễm phèn
• 08:33 29/03/2024

Tôm đang trong ao bị thối đuôi: Nguyên nhân và cách điều trị

Tôm bị thối đuôi là một trong những bệnh nguy hiểm thường gặp ở tôm, đặc biệt là tôm sú và tôm thẻ chân trắng. Bệnh có thể gây ra tỷ lệ tử vong cao, ảnh hưởng đến năng suất và lợi nhuận của người nuôi.

Tôm thẻ thương phẩm
• 08:33 29/03/2024