Hiện nay, trên dọc các sông Mã, sông Chu, sông Luồng, sông Lò, sông Cầu Chày, sông Âm có 1.800 ô lồng nuôi cá của 1.000 hộ nuôi tại các huyện Bá Thước, Quan Hóa, Cẩm Thủy, Thọ Xuân... Phần lớn lồng nuôi được làm bằng vật liệu sẵn có tại địa phương, như: tre, nứa, luồng, mỗi ô lồng diện tích khoảng 3,5m x 2,3m x 1,5m, được bao bọc khung lưới chắc chắn. Đối tượng nuôi chính là cá trắm cỏ, cá lăng... Đa phần các hộ nuôi đều theo kinh nghiệm, không theo quy trình kỹ thuật nuôi cá lồng và cũng chưa có đơn vị nào chuyển giao tiến bộ khoa học - kỹ thuật về nuôi cá lồng.
Do đó, việc nuôi cá lồng thương phẩm trên sông chưa thực sự phát huy hiệu quả kinh tế. Đối với nuôi cá lồng trên hồ thủy lợi, thủy điện, đã phát triển được 193 lồng nuôi; trong đó, huyện Thường Xuân với 97 lồng nuôi trên hồ Cửa Đạt; huyện Thạch Thành có 61 lồng tại các hồ Giếng Ấm, Đồng Phú, Tây Trác. Loại lồng nuôi chủ yếu là lồng lưới, khung sắt với dung tích khoảng 100m3; một số hộ nuôi quảng canh đầu tư lồng tre truyền thống với dung tích khoảng 4m3.
Các hộ nuôi theo hình thức thâm canh, đầu tư thức ăn công nghiệp, với các đối tượng nuôi chủ yếu là cá trắm cỏ, chép, rô phi, vược... Nuôi cá lồng trên sông và hồ chứa có ưu thế là nước sạch, hàm lượng ôxy lớn nên cá lớn nhanh, ít bị bệnh, chất lượng thịt ngon. Việc nuôi cá lồng còn cung cấp sản phẩm tại chỗ, cải thiện đời sống cho đồng bào các dân tộc sinh sống trên khu vực các huyện miền núi của tỉnh, giải quyết việc làm cho người dân, góp phần xóa đói, giảm nghèo...
Để phát triển nghề nuôi cá lồng trên sông hồ, Trường Đại học Hồng Đức đã xây dựng mô hình nuôi cá trắm cỏ, cá bống và cá chép V1 tại hồ Cửa Đạt (Thường Xuân), hồ Đồng Bể (Triệu Sơn) và Tây Trác (Thạch Thành) để chuyển giao, nhân rộng mô hình cho các địa phương. Tuy nhiên, nghề nuôi cá lồng trên các sông hồ ở các địa phương miền núi của tỉnh vẫn chưa tương xứng với tiềm năng. Nghề nuôi cá lồng trên sông, hồ đang bộc lộ những nguy cơ phát triển thiếu bền vững.
Qua tìm hiểu thực tế nguyên nhân là do nguồn nước bị cạn kiệt vào mùa khô, chất lượng nguồn nước ngày càng bị ô nhiễm bởi các nhà máy chế biến lâm sản ven sông. Trong khi đa số các hồ chứa hiện nay vẫn chưa được sử dụng để phát huy lợi thế, tận dụng để phát triển nuôi trồng thủy sản. Việc nuôi cá lồng trên sông hồ vẫn còn nhỏ lẻ, chưa có sự đầu tư và định hướng khu vực nuôi phù hợp với thực tế ở các địa phương.
Ông Vũ Văn Hà, Phó Giám đốc Trung tâm Khuyến nông Thanh Hóa, cho biết: Trên địa bàn các huyện miền núi của tỉnh có tiềm năng lớn để phát triển nuôi cá lồng trên sông, hồ. Ngoài hệ thống sông suối, với hơn 1.140 ha hồ thủy lợi là cơ hội lớn để phát triển nghề nuôi cá lồng.
Tuy nhiên, để nghề nuôi cá lồng phát triển một cách hiệu quả, bền vững, cần có chính sách và quy hoạch vùng nuôi để phát triển bền vững. Khuyến khích và tạo điều kiện thuận lợi để hình thành các hình thức liên kết trong sản xuất, chế biến, tiêu thụ sản phẩm giữa các hộ nuôi và doanh nghiệp. Tổ chức tập huấn kỹ thuật, nâng cao kiến thức về nuôi cá lồng cho cán bộ kỹ thuật, cán bộ khuyến nông và các hộ nuôi cá lồng trên địa bàn các huyện miền núi. Đồng thời, xây dựng các mô hình nuôi cá lồng trên sông hồ để phổ biến chuyển giao kỹ thuật và nhân rộng cho người dân thực hiện.
Theo dõi chặt chẽ biến động của thời tiết và môi trường nước, khi phát hiện thủy sản nuôi có dấu hiệu bất thường hoặc bị chết rải rác cần hướng dẫn người nuôi các biện pháp xử lý kịp thời. Đối với các vùng nuôi thường xuyên chịu tác động của biến động môi trường vào thời điểm giao mùa, cần hướng dẫn chủ cơ sở nuôi có các giải pháp ứng phó phù hợp, di dời lồng bè đến vùng ít bị tác động bởi biến động môi trường bảo vệ thủy sản nuôi.
