Dự án “Điều tra tổng thể hiện trạng và biến động nguồn lợi hải sản” thuộc đề án 47 đã và đang được thực hiện (2011-2015) với mục tiêu đánh giá được tổng thể hiện trạng, biến động nguồn lợi hải sản và nghề cá ở biển Việt Nam một cách hệ thống làm cơ sở khoa học cho việc quy hoạch, quản lý, sử dụng hợp lý và dự báo ngư trường khai thác góp phần phát triển bền vững nguồn lợi và nghề cá. Trong giai đoạn 2011-2013, Dự án do Viện Nghiên cứu Hải sản đảm nhiệm đã thực hiện các chuyến điều tra đánh giá hiện trạng các nhóm nguồn lợi cá nổi lớn, cá nổi nhỏ và hải sản tầng đáy.
Về thành phần loài, tổng hợp kết quả từ các chuyến điều tra nguồn lợi hải sản ở biển Việt Nam bằng lưới rê, câu vàng, lưới kéo đáy và lưới kéo trung tầng trong giai đoạn 2011-2013 đã thống kê được 911 loài hải sản, thuộc 462 giống nằm trong 191 họ. Ngoài ra, 63 loài/nhóm loài chưa xác định được tên khoa học. Trong đó, nhóm cá đáy có số loài phong phú nhất (351 loài), sau đó đến cá rạn (244 loài) và cá nổi (168 loài). Kết quả điều tra cũng cho thấy mùa gió Đông Bắc có số lượng họ/giống/loài nhiều hơn ở mùa gió Tây Nam.
Về nguồn lợi cá nổi lớn, kết quả điều tra bằng lưới rê cho thấy, khu vực có năng suất khai thác cao ở mùa gió Đông Bắc nằm trong phạm vi 8º00-10º00N và 13º00-14º30N. Ở mùa gió Tây Nam, khu vực có năng suất cao dịch lên phía Bắc hoặc xuống phía Nam so với ở mùa gió Đông Bắc, chủ yếu là các khu vực từ 7º00-8º30N và 13º00 - 15º00N.
Trữ lượng nguồn lợi hải sản được tổng hợp từ các kết quả điều tra, đánh giá bằng các phương pháp diện tích, phương pháp thủy âm, phương pháp phân tích chủng quần ảo từ các nguồn số liệu điều tra độc lập nghề cá kết hợp với số liệu sinh học nghề cá. Tổng trữ lượng nguồn lợi hải sản biển Việt Nam ước tính trung bình khoảng 4,25 triệu tấn. Trong đó, trữ lượng cá nổi nhỏ ước tính trung bình khoảng 2,65 triệu tấn (chiếm 62,4% tổng trữ lượng); hải sản tầng đáy khoảng 487 ngàn tấn (chiếm 11,5%); giáp xác 79 ngàn tấn (chiếm 1,9%); cá rạn san hô (2,6 ngàn tấn, chiếm 0,1%); cá nổi lớn (1.031 ngàn tấn, chiếm 24,3%).
Tổng trữ lượng nguồn lợi thấp hơn so với kết quả đánh giá trữ lượng nguồn lợi hải sản giai đoạn 2000-2005. Nguồn lợi cá nổi nhỏ có sự biến động khá rõ giữa các vùng, với chiều hướng hơi tăng lên ở vùng vịnh Bắc Bộ, Trung Bộ và Đông Nam Bộ; Vùng biển Tây Nam Bộ, trữ lượng cá nổi nhỏ chỉ còn khoảng một nửa so với giai đoạn 2000-2005. Nguồn lợi cá nổi lớn tương đối ổn định với tổng trữ lượng ước tính tương đương với giai đoạn 2000-2005. Nguồn lợi hải sản tầng đáy cũng thấp hơn so với trước đây. Khả năng khai thác ước tính khoảng 1,75 triệu tấn (theo phương pháp của Shindo, 1973). Trong đó, khả năng khai thác của cá nổi nhỏ 1,06 triệu tấn; hải sản tầng đáy 244 ngàn tấn; giáp xác (tôm, cua) là 32 ngàn tấn; cá rạn san hô (tại 19 đảo) là 1,3 ngàn tấn và cá nổi lớn là 412 ngàn tấn.
Theo đánh giá của Viện nghiên cứu hải sản, xu thế giảm nguồn lợi hải sản đã đặt ra yêu cầu phải giảm áp lực khai thác thông qua giảm đội tàu khai thác tầng đáy, duy trì khai thác xa bờ, khoanh vùng hạn chế khai thác, khai thác theo mùa vụ. Do sự biến động thường xuyên về nguồn lợi, hàng năm cần tiến hành điều tra, tăng cường nghiên cứu sinh thái học và làm tốt công tác dự báo môi trường bên cạnh tăng cường năng lực điều tra.
Phát biểu tại cuộc họp, Thứ trưởng Vũ Văn Tám đã đánh giá cao kết quả nghiên cứu, đồng thời nhận định việc nghiên cứu nguồn lợi hải sản không chỉ là khó khăn đối với Việt Nam mà còn là khó khăn đối với các nước khác. Hoạt động này có ý nghĩa quan trọng trong việc giúp cơ quan quản lý từ trung ương tới địa phương có cơ sở làm căn cứ tổ chức lại khai thác hải sản (theo Đề án tái cơ cấu ngành thủy sản). Trong thời gian tới, Viện Nghiên cứu hải sản tiếp tục hoàn thiện và bổ sung phần đánh giá về hiện trạng, công tác điều tra nguồn lợi từ trước đến nay để có bức tranh về công tác điều tra. Đồng thời bổ sung thêm các dữ liệu điều tra trước đây, tham khảo các kết quả điều tra của quốc tế và khu vực có liên quan để bổ sung vào kết quả nghiên cứu. Tổng cục Thủy sản phối hợp chặt chẽ với Viện nghiên cứu để công bố các kết quả ngay sau khi nghiên cứu, từ đó làm cơ sở cho Bộ Nông nghiệp và PTNT đề xuất các chính sách phát triển khai thác, tổ chức lại các hoạt động khai thác, đặc biệt trong việc tổ chức lại sản xuất cá ngừ đại dương theo chuỗi.