Trước khi thả giống: Trước khi thả giống tháo cạn nước trong ao, dọn bùn đáy ao và sử dụng chế phẩm vi sinh để xử lý bùn đen ở đáy ao, phơi đáy 10-15 ngày, cày xới đáy ao để các khí độc NH3, H2S thoát ra khỏi đáy ao về tạo điều kiện thuận lợi cho hệ vi sinh vật phân giải ở đáy ao phát triển mạnh. Bón vôi cải tạo đáy và bờ ao, cấy nước và diệt khuẩn với các sản phẩm không độc cho tôm như Vikon hoặc ít độc cho tôm như Isodine. Chỉ diệt khuẩn bằng Chlorine chỉ khi thực sự cần thiết với những ao nuôi khi vụ trước bị bệnh hoặc ao nuôi nằm trong vùng có dịch bệnh, sau 5-6 ngày tiến hành diệt tạp và bón phân gây màu nước. Đối với những ao nuôi khó gây màu nước có thể sử dụng chế phẩm vi sinh probio để gây màu nước, với những ao nuôi có đáy bị nhiễm phèn nặng dùng chế phẩm vi sinh chuyên xử lý phèn có chủng vi sinh Thiobacillus spp để xử lý. Sử dụng chế phẩm vi sinh để gia tăng hàm lượng vi sinh vật có lợi trong ao nuôi. Kiểm tra thành phần vi sinh trong ao khi đạt yêu cầu thì tiến hành thả giống.
Trong quá trình nuôi: quá trình nuôi nên sử dụng chế phẩm vi sinh xử lý môi trường nước định kỳ trong suốt vụ nuôi để ổn định mật số vi khuẩn có lợi trong ao nuôi nhằm duy trì chất lượng nước trong suốt vụ nuôi và phòng trừ dịch bệnh. Sử dụng chế phẩm vi sinh trộn vào thức ăn trong suốt quá trình nuôi để ổn định hệ vi sinh vật trong đường ruột của tôm nhằm tăng cường sự bắt mồi của tôm, tăng khả năng tiêu hóa và hấp thu thức ăn, nâng cao hiệu suất sử dụng thức ăn đồng thời giúp phòng trị các bệnh về đường ruột của tôm.
Sau khi thu hoạch tôm thương phẩm: Để tiếp tục cho mùa vụ sau được an toàn sau khi thu hoạch sử dụng chế phẩm vi sinh để xử lý nước thải trước khi thải ra môi trường. Sử dụng chế phẩm vi sinh để xử lý chất thải sau khi kết thúc vụ nuôi.
Hiện nay trên thị trường có rất nhiều loại chế phẩm vi sinh với nhiều thương hiệu khác nhau. Tuy nhiên chế phẩm vi sinh được dùng phổ biến nhất, giá thành thấp, hiệu quả sử dụng cao và dễ áp dụng cho các hộ nuôi tôm theo mô hình VietGAP là chế phẩm EM (Efective Microorganism = Vi sinh vật hữu hiệu). Sử dụng EM sẽ làm tăng sức đề kháng và khả năng chống chịu của vật nuôi với các điều kiện ngoại cảnh bất lợi. Tăng cường khả năng tiêu hóa và hấp thụ các loại thức ăn của vật nuôi, kích thích sinh sản của vật nuôi. Tăng sản lượng và chất lượng vật nuôi và tiêu diệt các vi sinh vật có hại tiêu diệt các vi sinh vật gây thối (H2S, SO2, NH3,…) nên khi phun EM vào rác thải, cống rảnh, chuồng trại, ao nuôi,… sẽ khử mùi hôi nhanh chóng. Ngoài ra, dùng chế phẩm EM hạn chế ô nhiễm môi trường, giảm số lượng ruồi, muỗi, côn trùng trong môi trường, khử mùi rác hữu cơ và tăng tốc độ mùn hóa, ngăn chặn quá trình gây thối, mốc trong bảo quản nông sản. Hiệu quả cao, an toàn với môi trường và giá thành rẻ. Nhìn chung áp dụng CPSH trong nuôi tôm thương phẩm có thể quản lý được chất lượng nước trong suốt vụ nuôi, hạn chế được dịch bệnh, giảm thiểu rủi ro, tăng hiệu quả sử dụng thức ăn, hạ giá thành sản xuất, nâng cao chất lượng sản phẩm.