Bên cạnh, chất lượng nước mặt chịu tác động từ khu vực nuôi ao, hầm có hàm lượng DO trong nước ở tất cả các vị trí quan trắc đều thấp hơn ngưỡng quy chuẩn cho phép theo QCVN 08-MT:2015/BTNMT (cột A1) và đang trong tình trạng ô nhiễm bởi TSS, COD, BOD5, Phosphat (PO43- tính theo P), Amoni (NH4+ tính theo N) và Coliform. Khuyến cáo đến người dân cần có biện pháp xử lý nước phù hợp nhu cầu sử dụng, nhằm đảm bảo sức khỏe lâu dài.
Tại khu vực nuôi bè, chất lượng nước dao động từ mức ô nhiễm nặng đến mức dùng cho cấp nước sinh hoạt nhưng phải qua xử lý phù hợp, tốt nhất tại vị trí làng bè Long Hòa (Phú Tân) và tại khu vực nuôi bè xã Mỹ An (Chợ Mới), TP. Châu Đốc, chất lượng nước ở mức dùng cho tưới tiêu. Tại khu vực nuôi đăng quầng xã Mỹ Hòa Hưng (TP. Long Xuyên), chất lượng nước tại cả 2 vị trí quan trắc đều ở mức dùng cho tưới tiêu.
Tại khu vực nuôi ao, hầm, chất lượng nước dao động từ mức ô nhiễm nặng đến mức dùng cho cấp nước sinh hoạt nhưng phải qua xử lý phù hợp, tốt nhất tại khu vực Vĩnh Hòa (TX. Tân Châu). Tại khu vực Bình Thạnh (Châu Thành) và khu vực Vĩnh Hanh (Châu Thành), chất lượng nước ở mức dùng cho tưới tiêu. Ngoại trừ tại vị trí khu vực Vĩnh Thạnh Trung (Châu Phú), chất lượng nước ở mức dùng cho giao thông thủy, tại 6 vị trí quan trắc còn lại đều ở mức ô nhiễm nặng. So với cùng kỳ năm 2017, chất lượng nước chịu tác động từ các khu vực nuôi thủy sản có diễn biến xấu hơn, đặc biệt tại khu vực Mỹ Thới (TP. Long Xuyên), chất lượng nước giảm mạnh từ mức có thể cấp nước sinh hoạt nhưng cần xử lý, xuống mức ô nhiễm nặng.
Sở Tài nguyên và Môi trường khuyến cáo các ngành chức năng cần tăng cường quản lý ngành nuôi trồng thủy sản chặt chẽ hơn, bên cạnh việc bắt buộc các cơ sở nuôi trồng thủy sản cam kết bảo vệ môi trường, đánh giá tác động môi trường vùng nuôi thì công tác giám sát phải được đẩy mạnh. Cùng với đó, khuyến cáo các hình thức nuôi hợp tác xã, công ty cổ phần dành diện tích cho xử lý nước thải ở các ao nuôi cá. Cần xây dựng mô hình nuôi cá ao, hầm tuần hoàn nước đảm bảo sản xuất thủy sản sử dụng nguồn nước hiệu quả. Chi cục thủy sản cần tăng cường việc khuyến cáo người dân sử dụng giống cá chất lượng cao, có khả năng kháng bệnh tốt nhằm giảm nguy cơ dịch bệnh làm cá chết hàng loạt, góp phần giảm ô nhiễm nguồn nước. Ngoài ra, cần hỗ trợ các hộ nuôi về phòng và điều trị bệnh cho cá, thường xuyên mở các lớp tập huấn về kỹ thuật nuôi cá sạch đạt chất lượng cao, cũng như mở các trung tâm hoặc đại lý cung cấp giống cá chất lượng cao tại các huyện, thị xã, thành phố nhằm đáp ứng nhu cầu của người nuôi.
Đồng thời, Chi cục Thủy sản và Phòng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn cấp huyện phối hợp với ngành chức năng thực hiện hiệu quả việc quản lý và bảo vệ môi trường nước mặt nuôi trồng thủy sản trong lồng bè. Tăng cường phổ biến các văn bản liên quan trong quản lý dùng hóa chất, thuốc thú y trong nuôi trồng thủy sản. Khuyến cáo đơn vị sản xuất và chế biến thủy sản, hộ nuôi phối hợp xây dựng quy trình “Cá sạch từ ao nuôi đến bàn ăn”, xây dựng quy trình khép kín có sự kiểm soát chất lượng từ quá trình nuôi đến khi sản xuất và tiêu thụ. Chi cục Thủy sản phối hợp với Chi cục Bảo vệ môi trường xây dựng chương trình quan trắc thông số dư lượng thuốc bảo vệ thực vật trong nước phục vụ cho các vùng nuôi tôm, cá chân ruộng, tránh ngộ độc và dịch bệnh xảy ra.
Sở Tài nguyên và Môi trường tiếp tục phối hợp Sở Khoa học và Công nghệ, các ngành, viện, trường, các trung tâm nghiên cứu ứng dụng nghiên cứu và triển khai mô hình xử lý nước thải ao nuôi phù hợp thực tế từng địa phương cũng như hiện trạng của người nuôi để đảm bảo môi trường nuôi bền vững, giảm ô nhiễm nước mặt.
Hàm lượng DO trong nước tại tất cả các vị trí quan trắc đều thấp hơn ngưỡng giới hạn quy chuẩn, các thông số TSS, COD, BOD5 và Coliform tại hầu hết các vị trí quan trắc đều có giá trị không đạt quy chuẩn. Vì vậy, cần tiếp tục theo dõi để có biện pháp xử lý kịp thời.