Hiện nay, quy trình VietGAP được áp dụng trên các lĩnh vực sản xuất nông nghiệp như chăn nuôi, trồng trọt và nuôi trồng thủy sản. Mỗi một lĩnh vực trên đều có một bộ quy phạm, quy chuẩn khác nhau và ngày càng chi tiết, đầy đủ hơn khi một loại cây, con, vật nuôi ra đời.
Yêu cầu sản xuất theo VietGAP được áp dụng khoảng từ năm 2011 lại đây, và lợi ích là khá rõ ràng. Tại địa bàn Nghệ An, ngoài một số mô hình chăn nuôi lớn đã được tập huấn và áp dụng VietGAP, các vùng rau lớn như Xuân Hòa (Nam Đàn), Diễn Thành (Diễn Châu), Quỳnh Lương (Quỳnh Lưu) hay vùng cam ở Quỳ Hợp, Yên Thành… đã bước đầu sản xuất theo quy trình VietGAP và số ít trong đó được cấp chứng nhận VietGAP cách đây vài năm.
Tương tự, lĩnh vực nuôi trồng thủy sản có 240 ha tôm các vùng Quỳnh Lưu, Hoàng Mai, Hưng Hòa (TP.Vinh), Diễn Châu được hướng dẫn sản xuất theo quy trình VietGAP, trong đó một số mô hình và vùng nuôi đã được cấp giấy chứng nhận hay chăn nuôi gà VietGAP ở Diễn Trung, lợn VietGAP ở Đô Lương...
Mặc dù sản xuất theo quy trình VietGAP có nhiều lợi ích, nhưng đến nay vẫn chưa được nhân rộng. Nguyên nhân chủ yếu dẫn đến thực trạng trên là do nông dân chưa được nâng cao về nhận thức vấn đề sản xuất sạch, thấy rằng sản xuất sạch và chưa sạch vẫn lẫn lộn về tiêu thụ trên thị trường, trong khi sản xuất VietGAP khó khăn, phức tạp. Thống kê cho thấy riêng trong lĩnh vực nuôi trồng thủy sản, mỗi vật nuôi có một bộ tiêu chuẩn riêng, trong đó con tôm nuôi có 104 điều kiện, và sắp tới theo khuyến cáo của một chuyên gia cao cấp trong lĩnh vực này, các điều kiện VietGAP sẽ được bổ sung theo hướng nhiều và đầy đủ hơn. Tương tự, lĩnh vực chăn nuôi và trồng trọt, một số chủ hộ nuôi cho biết có nhiều yêu cầu quá khó với nhận thức của người sản xuất theo hộ gia đình và gia trại.
Nguyên nhân thứ hai đó là hiệu quả kinh tế khi so sánh 2 mô hình nuôi theo VietGAP và không VietGAP. Có một thực tế là làm theo VietGAP, đầu tư ban đầu vào hạ tầng khá lớn đồng nghĩa với chi phí lớn, công lao động nhiều hơn nhưng khi thu hoạch thì năng suất theo VietGAP chỉ tăng 20- 30% so với không VietGAP. Thế nhưng, vì giá bán sản phẩm như nhau nên không khuyến khích được người nông dân làm VietGAP ngoài các vùng có sự hỗ trợ của nhà nước.
Bên cạnh đó, do khâu quản lý, lưu thông sản phẩm nông nghiệp ra thị trường của chúng ta còn nhiều yếu kém, không quản lý được nguồn gốc xuất xứ sản phẩm dẫn đến tình trạng cào bằng về chất lượng; sản xuất theo quy trình VietGAP cũng như không VietGAP, chưa có hệ thống hỗ trợ quảng bá, phân phối sản phẩm VietGAP.
Mô hình nuôi tôm theo VieGap của ông Ngô Xuân Đại, xóm 4 xã Diễn Trung được công nhận từ năm 2014.
Để tháo gỡ khó khăn, thúc đẩy mở rộng diện tích, quy mô làm theo VietGAP, một mặt chúng ta cùng với việc tiếp tục tuyên truyền, tập huấn cho các chủ hộ sản xuất chăn nuôi trực tiếp; mặt khác nhà nước cần có chính sách hỗ trợ, nhân rộng sản phẩm VietGAP. Nhân rộng cách làm của một số doanh nghiệp ở Đà Lạt (Lâm Đồng), Hà Nội và ở TP.Vinh đưa vào các siêu thị và bán giá gấp đôi, thậm chí gấp 3 so với sản xuất không VietGAP và sẵn sàng chịu trách nhiệm với sản phẩm của mình.
Về lâu dài, chúng ta đã hội nhập vào các tổ chức khu vực và quốc tế, các nước với trình độ sản xuất của mình đã có các tiêu chuẩn, hàng rào kỹ thuật an toàn vệ sinh thực phẩm khá đầy đủ. Nên chăng, quá trình xây dựng của quy phạm VietGAP mới, một mặt cần tiếp thu, chọn lọc các chuẩn mực, bãi bỏ những thủ tục, biểu mẫu giấy tờ không cần thiết để nông sản được tiếp cận với các thị trường lớn trên.