Tuy vậy, trước tác động của việc phát triển kinh tế, sự thay đổi sinh kế của người dân, xói lở hàng năm, những bất cập trong quản lý khu bảo tồn... đã và đang làm suy giảm tính đa dạng sinh học, nhất là giảm diện tích của rừng ngập mặn nơi đây.
Hệ động, thực vật Vườn quốc gia Mũi Cà Mau tuy không đa dạng về loài, nhưng do vị trí địa lý đặc biệt đã tạo cho nơi đây một giá trị khoa học và sinh thái riêng biệt.
Các nhà khoa học đánh giá rất cao hệ thực vật rừng ngập mặn của Vườn, bởi nó mang lại hiệu quả kinh tế-xã hội to lớn, cũng như tác dụng ứng phó với biến đổi khí hậu trong chắn sóng và chống xói lở bờ biển. Riêng giá trị du lịch sinh thái rừng ngập mặn Mũi Cà Mau mỗi năm đã lên tới 19,83 tỷ đồng. Ước tính 1ha rừng ngập mặn tạo ra môi trường sống cho 0,7 tấn thủy sản khai thác.
Thạc sỹ Phạm Hạnh Nguyên thuộc Cục Bảo tồn đa dạng sinh học cho biết Vườn quốc gia Mũi Cà Mau được thành lập theo Quyết định số 142 ngày 14/7/2003 của Thủ tướng Chính phủ. Các thông tin điều tra, thu thập được về các yếu tố ảnh hưởng đến tài nguyên đa dạng sinh học của Vườn đã cho thấy hệ sinh thái của Vườn thuộc hạng nhạy cảm cao. Nguyên nhân là các hoạt động phát triển kinh tế, xã hội, khai thác tài nguyên thiên nhiên của người dân ngày càng gia tăng trong khu vực.
Tuy các xã tiếp giáp Vườn quốc gia Mũi Cà Mau có mật độ dân cư thưa thớt nhưng tỷ lệ hộ nghèo khá phổ biến, trong đó có tới 14,7% số hộ không có đất sản xuất nên phần lớn hành nghề lâm-ngư nghiệp, đánh bắt thủy sản ven bờ bằng nghề đáy, lưới rê, câu mồi ảnh hưởng lớn đến nguồn lợi thủy sản và sinh thái, môi trường; còn diện tích nuôi trồng thủy sản tập trung chủ yếu ở phân khu phục hồi sinh thái của Vườn theo hình thức quảng canh cải tiến.
Chính vì vậy, nguồn lợi thủy, hải sản tại Vườn quốc gia Mũi Cà Mau không những đang bị đe dọa nghiêm trọng bởi các hình thức khai thác hủy diệt, mà vấn đề tập trung quá nhiều cả người địa phương và người ngoại tỉnh vào khai thác ở những thời điểm xuất hiện con giống, cũng gây cạn kiệt dần nguồn lợi tại vùng đất ngập nước này.
Vùng bãi bồi thuộc Vườn rộng hàng chục nghìn km2, trong đó có nhiều khu vực là bãi đẻ, sinh trưởng của các giống, loài thủy sản có giá trị kinh tế cao. Lâu nay nơi đây là vùng cấm khai thác để bảo tồn tính đa dạng sinh học của các loài thủy sản có giá trị, trong đó có bãi nghêu giống với trữ lượng rất lớn nằm ở vùng bãi bồi ven biển, kéo dài gần 10km từ bãi Khai Long đến Đất Mũi, trong phạm vi quản lý của Vườn tại xã Đất Mũi, huyện Ngọc Hiển.
Song hiện nay ở bãi nghêu giống này có đến 4.000 người cùng hàng nghìn phương tiện khai thác, có khoảng 50% trong số đó khai thác tận diệt như dùng máy hút gắn sa quạt để bắt triệt để nghêu giống.
Ngoài ra còn có hàng nghìn miệng lưới, đáy với mắt lưới nhỏ như “mắt cua” vây bổ quanh năm để bắt con giống cua, cá kèo... và nghề khai thác giã cào, xung điện. Với những cách thức khai thác như vậy, nguồn lợi thủy sản ven bờ nơi đây bị tàn sát, hủy diệt nghiêm trọng. Đó là chưa kể người dân còn vào rừng khai thác mật ong, chặt cây lấy củi, khai thác dược liệu một cách bừa bãi.
Do đó, cần phải có các giải pháp quản lý tốt hơn đối với Vườn quốc gia Mũi Cà Mau, trong đó phải đặc biệt lưu ý đến sinh kế của người dân địa phương, vì các tác động đến tài nguyên đa dạng sinh học hầu hết là do các hoạt động của con người gây ra. Trước hết, cần ổn định và nâng cao đời sống cho dân cư trong vùng để giúp họ tránh được các hành vi phá rừng và đánh bắt thủy, hải sản bừa bãi.
Đồng thời cần nghiên cứu, thực hiện việc chi trả dịch vụ hệ sinh thái, xem đây là một chiến lược tạo cơ chế tài chính cho bảo tồn tài nguyên thiên nhiên, góp phần xóa đói giảm nghèo cho người dân trong vùng.
Việc tăng cường phối hợp giữa các nhà quản lý địa phương với các nhà khoa học và người dân trong việc xác định các giải pháp ứng phó nhằm bảo vệ đa dạng sinh học của Vườn quốc gia Mũi Cà Mau một cách bền vững cũng rất cần thiết./.