Tổng diện tích nuôi tôm biển thâm canh và bán thâm canh toàn huyện đến hết tháng 5-2013 là 1.466ha, trong đó tôm thẻ chân trắng (tôm thẻ) là 1.218ha, còn lại là tôm sú. Đặc biệt, cuối năm 2012 đầu 2013, tuy dịch bệnh bùng phát nhưng nhiều người vẫn thả giống ồ ạt, do giá tôm thẻ và tôm sú thương phẩm luôn tăng ở mức cao. Do chạy theo lợi ích trước mắt nên diện tích nuôi tôm tăng liên tục, nhất là tôm thẻ. Tôm thẻ nuôi chỉ khoảng từ 2-2,5 tháng là thu hoạch. Vì vậy, hộ dân ngoài vùng qui hoạch nuôi vẫn đào ao, khoan giếng lấy nước mặn nuôi tôm, làm ảnh hưởng nghiêm trọng đến cây trồng, vật nuôi và đời sống người dân trong vùng ngọt hóa. Hiện diện tích nuôi tôm ngoài vùng qui hoạch lên đến 563ha, tập trung tại các xã: Thạnh Trị (280ha), Phú Long (201ha), Thới Lai (2,2ha), Phú Vang (44ha), Lộc Thuận (27ha), Long Định (1,1ha), Vang Quới Đông (1,1ha). Kết quả khảo sát thực tế tại các xã cho thấy, đa số các giếng khoan là để phục vụ nuôi tôm. Các xã tiểu vùng I, II là vùng ngọt hóa nhưng vì lợi nhuận thu được từ tôm cao, nên nhiều hộ dân tự phát chuyển đất trồng lúa, mía, dừa sang nuôi tôm và khoan nhiều giếng nước mặn phục vụ nghề nuôi. Hiện Thạnh Trị có 265 giếng, Phú Long có 450 giếng, Phú Vang có 119 giếng, Lộc Thuận có 55 giếng, Thới Lai có 10 giếng… Tổng cộng toàn huyện có 1.153 giếng. Việc khoan giếng nuôi tôm không những làm ảnh hưởng đến tầng đất lâu dài, mà trước mắt làm ảnh hưởng đến vùng nước ngọt trên sông Ba Lai.
Theo Công văn số 166 ngày 21-5-2013 của Công ty TNHH Khai thác công trình thủy lợi gởi UBND huyện Bình Đại, Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn thì hiện nay có trên 200 giếng khoan lấy nước ngầm phục vụ cho trên 300ha nuôi tôm nước mặn, tập trung nhiều nhất tại khu vực Rạch Gừa - xã Phú Long; ấp Bình Thạnh 3 và ấp Bình Phú - xã Thạnh Trị. Qua kênh số 1 và số 2, nước thải từ các vuông tôm được xả thẳng ra sông Ba Lai không qua xử lý, gây ô nhiễm môi trường nước và làm mặn 2%o đến 3,5%o, đoạn sông Ba Lai từ thượng lưu cống đến Rạch Gừa. Vùng chịu ảnh hưởng mặn nhiều nhất là Nhà máy nước Tân Mỹ - Ba Tri (cấp nước sinh hoạt cho 10.000 hộ dân), Nhà máy nước Ba Lai - Thạnh Trị - Bình Đại (cấp nước sinh hoạt cho 1.200 hộ dân); Nhà máy nước Trung Thành - xã Thạnh Trị (cấp nước sinh hoạt cho 4.477 hộ dân). Tình hình sản xuất nông nghiệp các xã lân cận gặp khó khăn, năng suất lúa và các loại cây trồng khác, như: mía, dừa, cây ăn trái đều bị giảm.
Ngày 6-6-2013, Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đã phối hợp với UBND huyện Bình Đại tiến hành kiểm tra thực trạng khoan giếng nước mặn nuôi tôm tại 2 xã Thạnh Trị và Phú Long. Bước đầu ghi nhận, tại xã Thạnh Trị trước đây có khoảng 287 giếng khoan, nay còn 265 giếng, trong đó ấp Bình Phú có 185 giếng, còn lại tập trung ở ấp 3. Đầu năm 2003 đến nay, các giếng khoan trên chỉ sử dụng 50%, còn lại là sử dụng nước mặn từ các nhánh sông Tiền vào do năm nay mặn lên sâu, kéo dài.
Bà Bùi Thị Túy Phượng - Chủ tịch UBND xã Phú Long cho biết, hiện toàn xã có 450 giếng khoan (ấp Giồng Kiến có 190 giếng, ấp Giồng Tre có 28 giếng, ấp Ao Vuông có 61 giếng, ấp Rạch Rừa có 171 giếng). Trong đó, khoan giếng nước mặn ven sông Ba Lai là 17 giếng, trong vùng ngọt hóa Rạch Gừa là 43 giếng.
Thời gian qua, huyện có quan tâm chỉ đạo nhưng chưa kiên quyết xử lý. Việc xử lý nuôi tôm biển ngoài vùng qui hoạch chưa tổ chức thực hiện được vì chưa có chế tài xử lý, nhất là việc khoan giếng nước mặn trong vùng ngọt hóa để nuôi tôm biển. Ngày 5 - 6-2013, UBND huyện Bình Đại đã tổ chức cuộc họp với các ngành tỉnh, địa phương để tìm giải pháp khắc phục. Trước mắt, đối với các giếng khoan nằm ngoài đê, sát sông Ba Lai trực tiếp xả thải ra sông, thì tiến hành san lấp ngay, không cho tiếp tục nuôi tôm; rà soát các giếng nằm trong khu vực ngọt hóa, không để phát sinh khoan giếng mới, từng bước phối hợp xử lý, hỗ trợ chuyển đối tượng nuôi cho người dân.