Bên cạnh đó, tại Mỹ cũng đang có một cơn bão truyền thông phản đối chương trình này.
Đến thời điểm này, Cục Quản lý Thực phẩm và Dược phẩm Mỹ (FDA) vẫn là cơ quan duy nhất phụ trách thanh tra cá da trơn. Tuy nhiên, nếu chương trình này được thông qua, Mỹ sẽ có 3 cơ quan gồm FDA, Cơ quan Thanh tra An toàn thực phẩm (FSIS) và Bộ Nông nghiệp Mỹ (USDA) cùng tham gia quản lý cá da trơn. Khi đó, những quy định cấm đối với các nhà nhập khẩu cá da trơn vào Mỹ được áp dụng nhằm bảo vệ quyền lợi người sản xuất cá da trơn nội địa sẽ lập tức ảnh hưởng đến lợi ích các nhà nhập khẩu cá tra Mỹ và có khả năng gây mâu thuẫn thương mại với Việt Nam.
Các nhà phân tích chỉ ra rằng, trong vấn đề này chỉ có số ít các nhà sản xuất cá da trơn nội địa được hưởng lợi, trong khi toàn bộ ngành thủy sản và có thể cả ngành nông nghiệp của Mỹ sẽ gánh chịu hậu quả. Nhiều tờ báo thương mại, giới chính trị và Cơ quan Giải trình Chính phủ Mỹ (GAO) cho rằng chương trình thanh tra cá da trơn của USDA gây lãng phí khi tiêu tốn ngân sách tới 14 triệu USD, đồng thời gây chồng chéo, kém hiệu quả trong quản lý và lãng phí nguồn lực.
Theo FDA và Cục Nghề cá biển Quốc gia (NMFS), các chương trình thanh tra này đi ngược lại hệ thống quản lý HACCP của FDA mà không có tác dụng tăng cường an toàn thực phẩm. GAO nhấn mạnh, USDA và FSIS đưa ra lý do kiểm soát khuẩn Salmonella trong cá da trơn nhưng thực chất 2 cơ quan này đã sử dụng những dữ liệu hạn chế và quá cũ làm cơ sở xây dựng chương trình thanh tra, trong khi đó nhiều cơ quan báo chí cho biết cá tra là loài cá nước ngọt được kiểm soát chất lượng chặt chẽ nhất trên thế giới. NFI kết luận, mục tiêu thực sự ở đây xuất phát từ cạnh tranh thương mại chứ không phải là cá da trơn.