Dấu hiệu bệnh ở cá tra bị vàng da rất dễ nhận thấy, bên ngoài cơ thể cá có màu vàng nghệ, tập trung ở phần đầu, các vây và lườn bụng. Cá bệnh bơi lờ đờ, phản ứng chậm với tiếng động, tập trung nơi thay nước của ao vào buổi sáng. Bên trong xoang bụng cũng chuyển sang màu vàng có chứa dịch, mỡ vàng, gan thường sậm màu từ vàng nâu đến xanh, túi mật trương to chứa dịch mật xanh đen, thận sưng to mềm nhũn, tỳ tạng sưng to sậm đen. Ngoài ra, có một số trường hợp ruột cá bệnh thường lồng đoạn ruột trước vào đoạn ruột sau và không có thức ăn.
Quan sát tế bào hồng cầu trong máu cá tra có dạng hình oval hay elip và nhân hình tròn ở giữa nhưng đa số hồng cầu ở cá bệnh có hiện tượng thoái hoá mất cấu trúc không còn tế bào chất chỉ thấy nhân tế bào. Số lượng hồng cầu ở cá bệnh vàng da giảm còn 10-20% so với cá khoẻ. Số lượng tổng bạch cầu ở cá bệnh không khác ở các khoẻ tuy nhiên bạch cầu đơn nhân và bạch cầu trung tính ở cá bị vàng da tăng lên.
Nhìn chung, các biến đổi mô học ở cá bị vàng da khá giống với một số loại bệnh khác như bệnh mủ gan, bệnh xuất huyết, bệnh phù mắt trên cá tra. Cấu trúc vi thể của gan cá gồm tế bào hình đa giác có nhân hình cầu sắp xếp theo hướng lan toả từ tĩnh mạch trung tâm. Giữa những tế bào gan có xoang mao mạch chứa hồng cầu. Gan có các tĩnh mạch, động mạch, ống dẫn mật, các trung tâm đại thực bào sắc tố, các đảo tụy. Cá bị vàng da có hiện tượng xung huyết ở các mạch máu và xuất huyết trong tổ chức mô. Ngoài ra, còn tìm thấy nhiều vùng tế bào bị mất cấu trúc, hoại tử và xuất hiện dịch viêm. Các hiện tượng này làm cho tổ chức gan bị sưng to.
Thận là một trong những cơ quan nhạy cảm với tác nhân gây bệnh vì đây là cơ quan tạo máu và là cơ quan bài tiết chủ yếu của cá. Thận sau của cá tra có cấu tạo bởi tiểu cầu thận, các ống dẫn, ống thận, các mạch máu. Cấu trúc thận cá tra bị bệnh vàng da dưới kính hiển vi cho thấy có nhiều biến đổi trên các ống thận, tiểu cầu thận và mô kẽ. Hiện tượng xung huyết trong hệ thống mạch máu được tìm thấy rất thường xuyên. Ngoài ra, hiện tượng xuất huyết ống thận và các mô kẽ cũng xảy ra phổ biến. Các quản cầu thận cũng bị xung huyết làm cho hệ thống ống mạch bị sưng và tiểu cầu thận sưng to. Những biến đổi này làm ảnh hưởng đến chức năng của thận, làm thận suy giảm bài tiết các chất thải của quá trình trao đổi chất gây tích tụ các sản phẩm thải của quá trình biến dưỡng gây độc cho cơ thể, mô tạo máu cũng bị hủy hoại làm lượng máu trong cơ thể giảm sút do không có máu thay thế.
Tỳ tạng được bao bọc bởi lớp tế bào biểu mô lát đơn và mô liên kết. Thành phần chính của tỳ tạng là tủy trắng và tủy đỏ. Tủy đỏ bắt màu đậm hơn tủy trắng khi nhuộm hematoxyline và eosin. Tủy đỏ tạo thành mạng lưới bao quanh tủy trắng. Ngoài tủy đỏ và tủy trắng, tỳ tạng có sự hiện diện của trung tâm đại thực bào sắc tố có màu vàng nâu hoặc nâu đen. Cùng với gan và thận, tỳ tạng của cá tra bị bệnh vàng da cũng xuất hiện nhiều biến đổi. Trên tỳ tạng cũng tìm thấy xung huyết mạch máu và xuất huyết tổ chức mô. Tế bào trong mô liên kết có cấu trúc lỏng lẻo và rất khó phân biệt tủy đỏ và tủy trắng. Nguyên nhân này có thể do tế bào máu bị hoại tử kết hợp với hiện tượng xuất huyết tạo nên vùng bắt màu hồng của Eosin. Một điểm đáng chú ý trên tỳ tạng là sự xuất hiện của các trung tâm đại thực bào sắc tố nhiều hơn so với mức bình thường. Đây là điểm hoàn toàn trái ngược với một số bệnh khác như là bệnh phù mắt của cá tra và bệnh do vi khuẩn Aeromonas và Vibrio số lượng trung tâm đại thực bào giảm thấp.