Ngoài ra, do các đơn vị sử dụng quy trình khép kín từ nuôi trồng đến chế biến, dẫn đến giá thành sản xuất của các doanh nghiệp này có sức cạnh tranh rất lớn trên thị trường, cộng với chi phí nuôi không tăng (giống, thức ăn, vốn, nhiên liệu...) nên giá cá tra thương phẩm năm qua luôn ở mức thấp, dao động 19.000 - 19.500 đồng/kg, góp phần cho doanh nghiệp xuất khẩu vẫn duy trì được lợi nhuận.
Đã qua 1 năm đầy sóng gió với cá tra nhưng theo các chuyên gia, năm 2016 ngành nuôi trồng và chế biến cá tra của tỉnh sẽ tiếp tục gặp nhiều trở ngại do cá tra, basa Việt Nam bị Hoa Kỳ áp rào cản thương mại và kỹ thuật mới. Cụ thể là chương trình giám sát cá da trơn đối với loài cá thuộc họ Siluriformes, bao gồm cá tra của Việt Nam. Theo đó, Cục Thanh tra An toàn thực phẩm (FSIS) của Bộ Nông nghiệp Mỹ (USDA) sẽ có thẩm quyền kiểm tra toàn bộ cá tra nhập khẩu và yêu cầu các sản phẩm xuất khẩu vào thị trường này phải bảo đảm chất lượng tương đồng quy chuẩn của USDA.
Theo các chuyên gia, điều này sẽ gây rất nhiều khó khăn cho các doanh nghiệp xuất khẩu cá tra Việt Nam. Nếu tình trạng này kéo dài quá lâu sẽ làm thiệt hại đến lợi ích doanh nghiệp và người nuôi trồng, đồng thời làm ảnh hưởng đến hình ảnh sản phẩm con cá tra Việt Nam trên thế giới.
Vấn đề khó khăn nhất vẫn là đầu ra của sản phẩm không thông, trước thực trạng đó, ông Nhị Văn Khải - Giám đốc Sở Công Thương chia sẻ: “Thời gian tới, sở Công Thương tiếp tục xúc tiến thương mại để tìm những thị trường tiềm năng khác nhằm mở rộng thị phần cho sản phẩm cá tra”.