Theo đó, cùng với việc giám sát, thành phố chỉ đạo điều tra ổ dịch và xử lý dịch bệnh động vật thủy sản. Cụ thể, khi nhận thông tin thủy sản mắc bệnh, nghi mắc bệnh, cán bộ thủy sản kết hợp với cán bộ thú y xã, phường, thị trấn đến ngay cơ sở nuôi để xác nhận thông tin và báo cáo tình hình dịch bệnh. Điều tra ổ dịch phải được thực hiện trong vòng một ngày kể từ khi phát hiện hoặc nhận được thông tin thủy sản chết, có dấu hiệu mắc bệnh.
Thông tin về ổ dịch phải được thu thập chi tiết, đầy đủ, chính xác và kịp thời. Bên cạnh đó, thành phố chỉ đạo, không xả nước thải, chất thải chưa qua xử lý ra ngoài môi trường. Không vứt thủy sản mắc bệnh, chết, nghi mắc bệnh ra môi trường. Ngoài ra, thành phố chỉ đạo, kiểm soát chặt chẽ nguồn giống thủy sản bố mẹ nhập về ở các trại giống để sinh sản và kiểm dịch con giống thủy sản khi vận chuyển ra ngoài thành phố.
Kiểm tra xếp loại chất lượng vật tư thủy sản đối với các cơ sở sản xuất, kinh doanh giống thủy sản; cơ sở sản xuất, kinh doanh thức ăn chăn nuôi gia súc, gia cầm và thủy sản; cơ sở sản xuất, kinh doanh thuốc thú y, hóa chất, chế phẩm sinh học, vi sinh vật dừng trong thú y, thú y thủy sản thực hiện theo quy định.
Liên quan đến nhiệm vụ trên, các huyện, thị xã có vùng nuôi trồng thủy sản tập trung chủ động xác định địa điểm và diện tích hỗ trợ thuốc sát trùng, chế phẩm xử lý môi trường để phòng ngừa bệnh trong nuôi thủy sản. Việc triển khai hỗ trợ thuốc, hóa chất, chế phẩm xử lý môi trường thực hiện theo quy định của nhà nước về phòng, chống dịch bệnh thủy sản. Chuẩn bị sẵn sàng dụng cụ, vật tư, hóa chất phục vụ công tác phòng, chống dịch bệnh thủy sản. Tuyên truyền, tập huấn về phòng, chống dịch bệnh động vật thủy sản...