Tuy nhiên, ngành cá ngừ Indonesia đang phải đối mặt với nhiều thách thức như sụt giảm về sản lượng, kích cỡ cá khai thác được ngày càng giảm và khó khăn trong việc tìm kiếm các quần thể cá ngừ ở vùng biển ngoài khơi.
Theo số liệu thống kê của Tổ chức Nông lương Liên Hợp Quốc (FAO), sản lượng khai thác của nước này cao nhất vào năm 2011, đạt gần 1 triệu tấn. Tuy nhiên sản lượng khai thác trong năm sau đó lại sụt giảm về mức đã khai thác trong năm 2010.
Cá ngừ albacore, cá ngừ vây vàng, cá ngừ mắt to và cá ngừ vây xanh trong khu vực quản lý nghề cá của Indonesia đang bị khai thác quá mức. Cá ngừ vằn là loài duy nhất còn duy trì trong mức cho phép theo MMAF. Xu hướng này sẽ ảnh hưởng xấu tới đời sống của ngư dân và ngành cá ngừ. MMAF cho rằng hợp tác với các tổ chức quản lý nghề cá khu vực (RFMOs) là cần thiết.
Việc nghiên cứu và quản lý của MMAF được thực hiện ở hơn 16 công ty chế biến cá ngừ nhằm tìm hiểu thêm về nguồn lợi cá ngừ của Indonesia. Và chỉ khi Indonesia có thể cung cấp được các dữ liệu khoa học đáng tin cậy cho RFMO, thì các tổ chức này mới có thể đưa ra các biện pháp quản lý hiệu quả.