Vấn đề kháng sinh luôn là một trở ngại vô cùng lớn cho xuất khẩu thủy sản nước ta trong những năm gần đây, đặc biệt là với cá tra. Để đáp ứng nhu cầu của thị trường và gia tăng lợi nhuận, việc thả nuôi ở mật độ dày là một sự lựa chọn bắt buộc. Tuy nhiên, vấn đề quản lí dịch bệnh ở những ao nuôi với mật độ dày sẽ trở nên khó khăn khi tốc độ lây lan nhanh của dịch bệnh (lây chéo từ cá bệnh sang cá khỏe). Một nghiên cứu được thực hiện năm 2016 phát hiện có đến 70-80% các mẫu cá xuất khẩu đến Ba Lan, Đức và Ukraine có vi khuẩn Vibrio spp.
Để giải quyết các vấn đề về dịch bệnh một cách ngắn hạn, đa số người nuôi sẽ chọn cách dùng kháng sinh, và một số thuốc hóa chất để điều trị. Tuy nhiên sử dụng kháng sinh quá liều, sai cách, không kiểm tra kháng sinh đồ… sẽ đẫn đến hiện tượng tồn dư kháng sinh trong cơ thể cá và đây là một trong những nguyên do phổ biến để các lô hang xuất khẩu của nước ta bị từ chối và trả về, nghiên cứu về các sản phẩm thủy sản xuất khẩu năm 2011 cho thấy, các sản phẩm thủy sản từ châu Á, bao gồm cả tôm cá da trơn, cua, cá rô phi, cá chình và cá hồi Chile thường xuyên vi phạm tiêu chuẩn dư lượng thuốc thú y, đáng buồn nhất, Việt Nam có số lượng vi phạm lớn nhất trong số các nước xuất khẩu. Ở thị trường Hòa Kỳ, hơn 38 ngàn tấn sản phẩm cá tra phi lê đã bị thu hồi do không đủ điều kiện của Mỹ về vấn đề tồn dư kháng sinh.
Ngay cả khi sử dụng kháng sinh theo khuyến cáo, có nghĩa là dùng đúng liều lượng và đúng loại, thì việc sử dụng loại kháng sinh đó thường xuyên cũng sẽ hình thành những chủng vi khuẩn kháng thuốc. Ngoài ra, kháng sinh đa số sẽ được thải trực tiếp ra hệ thống sông ngòi, và sẽ được vận chuyển một cách “tự nhiên” bởi Đồng bằng Sông Cửu Long là một khu vực có hệ thống sông ngòi chằng chịt, cuối cùng là hiện tượng kháng kháng sinh của một số loài vi khuẩn. Một số loại kháng sinh điều trị trong thủy sản cũng được sử dụng ở người, chính vì vậy khi hiện tượng kháng kháng sinh xảy ra thì khi những vi khuẩn này gây bệnh cho người, thì những phát đồ điều trị bằng kháng sinh đã từng hiệu quả sẽ trở nên kém đi.
Các vấn đề về sử dụng kháng sinh sai cách, tồn dư kháng sinh, kháng kháng sinh không phải là những vấn đề mới, chúng đã được thảo luận rất nhiều, những giải pháp thay thế cũng được đề xuất và thực thi trong những năm gần đây mà đơn cử là việc hạn chế sử dụng kháng sinh, thay vào đó là sử dụng vắc-xin để phòng bệnh. Covid-19 một phần nào cho chúng ta nhận thức nhiều hơn về tầm quan trọng của vắc-xin trong quản lí dịch bệnh.
Trong ngành thú y cũng tương tự, các vắc-xin trên động vật trên cạn như heo, gà, vịt… đã có và được sử dụng từ lâu. Trong thủy sản các sản phẩm vắc-xin cũng đã được nghiên cứu, phát triển, và đạt hiệu quả cao với cá tra. Việc kết hợp sử dụng vắc-xin và các biện pháp phòng bệnh tổng hợp có khoa học được xem là một giải pháp mang tính bền vững trong tương lai hướng đến những sản phẩm cá tra sạch, không tồn dư kháng sinh.