Mặc dù các đơn vị đã đầu tư khá bài bản, nuôi tôm theo hướng an toàn sinh học nhưng vẫn bị ảnh hưởng không nhỏ do hội chứng EMS gây ra. Ngoài khó khăn do dịch bệnh, các doanh nghiệp còn gặp khó khăn về tình hình nguồn nước mặn do chưa có hệ thống thủy lợi riêng biệt cho nuôi tôm. Một số diện tích nuôi cách xa biển nước mặn vào rất yếu, có khi buộc phải tái sử dụng nước của vụ trước để thả tiếp vụ sau.
Đại diện Công ty TNHH Thông Thuận cho biết, xí nghiệp 1 của Công ty nằm ở xã Hòa Điền (Kiên Lương), cách biển gần 10km nên việc lấy nước mặn rất khó khăn. Việc lấy nước quá xa, phải đi qua nhiều khu vực nuôi của người dân nên rất dễ lây lan dịch bệnh. Thêm vào đó, càng vào sâu, nước mặn càng kém nên nuôi tôm không hiệu quả. Điều này càng khiến cho nguồn nguyên liệu chế biến tôm xuất khẩu của công ty bị thiếu hụt trầm trọng.
Tương tự, Giám đốc Công ty Trung Sơn cho biết, Công ty đang đầu tư thả nuôi tôm tại khu vực Bãi Ớt (xã Dương Hòa, Kiên Lương) với diện tích 640ha, trong đó diện tích mặt nước là 400ha. Song cái khó hiện nay là hệ thống lấy nước chỉ là con kênh chung đã có từ lâu. Để tránh tình trạng nguồn nước bị ô nhiễm, dẫn đến dịch bệnh, Trung Sơn đang tiến hành đầu tư hệ thống mương nổi cấp nước mặn cho toàn khu. Nhưng chi phí đầu tư rất lớn, dự kiến trên 50 tỷ đồng nên công ty vẫn đang phân vân chưa dám đầu tư vì thiếu vốn…
Theo đánh giá của Sở Nông nghiệp và PTNT Kiên Giang, hiện nay vốn đầu tư cho thủy lợi hàng năm của tỉnh, kể cả nguồn trung ương và địa phương chỉ khoảng hơn 200 tỷ đồng (128 tỷ đồng cấp bù thủy lợi phí, các nguồn khác khoảng 100 tỷ đồng). Nếu chia đều cho 15 huyện, thị thì mỗi nơi chỉ được hơn chục tỷ đồng. Với nguồn vốn này, mới chỉ đáp ứng được khoảng 50 - 60% nhu cầu nạo vét hệ thống thủy lợi hàng năm, nên không có khả năng đầu tư hệ thống thủy lợi mới. Ngoài ra, hệ thống cống ngăn mặn đê biển của tỉnh vẫn còn nhiều nơi chưa có và hệ thống thủy lợi cho nuôi tôm công nghiệp.
Để làm hoàn thiện được hệ thống thủy lợi này phải cần nguồn vốn rất lớn, lên đến cả ngàn tỷ đồng nên địa phương không đủ khả năng. Vì vậy, các doanh nghiệp nuôi tôm công nghiệp vẫn phải chấp nhận dùng chung hệ thống kênh mương với nông nghiệp, dẫn đến tình trạng nguồn nước nặm bị hạn chế và dễ phát sinh dịch bệnh.