Một đặc thù của ngành chế biến thủy sản là sử dụng nhiều nước trong các hoạt động nên chi phí sản xuất cao. Tại thời điểm khó khăn như hiện nay, khi các DN XK thủy sản đang phải đối mặt với bài toán cân đối chi phí đầu vào, sự ách tắc đầu ra, lo lắng về các vụ kiện chống bán phá giá, chống trợ cấp, rào cản thương mại, kỹ thuật..., thì việc tăng phí bảo vệ môi trường lại góp phần làm tăng chi phí sản xuất và làm giảm năng lực cạnh tranh của DN trong tương quan khu vực và thế giới.
Cách đây hơn 1 năm, ngày 15/5/2012, VASEP đã gửi công văn số 49/2012/CV-VASEP(CV49) đến Bộ trưởng Bộ TN và MT nêu 7 kiến nghị của DN thủy sản về việc này và mong muốn được hưởng quy định đặc thù đối với ngành sản xuất đặc thù.
Tiếp đó, ngày 12/10/2012, Bộ NN và PTNT cũng gửi công văn số 3502/BNN-KHCN đề nghị Bộ TN và MT tháo gỡ khó khăn cho DN chế biến thủy sản trong việc tuân thủ quy định bảo vệ môi trường, sớm chỉnh sửa 2 Quy chuẩn Kỹ thuật Quốc gia là: QCVN 11:2008/BTNMT (QCVN11) - Quy chuẩn Kỹ thuật Quốc gia về nước thải công nghiệp chế biến thủy sản, đặc biệt điều chỉnh chỉ tiêu phospho cho phù hợp với lĩnh vực chế biến thủy sản, và QCVN 40:2011/BTNMT (QCVN40) - Quy chuẩn Kỹ thuật Quốc gia về nước thải công nghiệp, đồng thời, ban hành Quy chuẩn Kỹ thuật Quốc gia về bùn thải của hệ thống xử lý nước thải. Tuy nhiên, cho đến nay, các khó khăn của DN thủy sản vẫn chưa được tháo gỡ và Quy chuẩn về bùn thải của hệ thống xử lý nước thải cũng chưa được ban hành.
Tại CV49, VASEP đã nêu ra 7 khó khăn lớn nhất của DN chế biến thủy sản trong việc thực hiện các quy định về quản lý môi trường trong và ngoài Khu công nghiệp (KCN), trong đó, QCVN40 chưa xem xét đến thực tế khách quan và đặc thù của ngành chế biến thủy sản khiến hoạt động sản xuất, kinh doanh của DN ngày càng thêm nhiều khó khăn.
Điển hình như việc các nhà máy chế biến thủy sản cùng sản xuất, kinh doanh một ngành nghề nhưng lại tuân thủ 2 quy chuẩn khác nhau. Nếu nhà máy nằm ngoài KCN thì được áp dụng theo QCVN11 và chỉ phải đóng phí bảo vệ môi trường đối với nước thải, nhưng nếu nhà máy nằm trong KCN thì áp dụng QCVN 24:2009/BTNMT (nay là QCVN40) theo yêu cầu của Ban Quản lý KCN với các thông số cho phép với mức C thấp hơn mức C trong QCVN11 và phải nộp phạt nếu vượt mức quy định. Ngoài ra, cách hiểu và áp dụng QCVN11 tại từng địa phương không nhất quán khiến các DN ngành đặc thù nhưng không được hưởng “ưu tiên” đặc thù, đặc biệt với chỉ tiêu phospho. Do công nghệ chế biến của các nhà máy thủy sản được phép sử dụng các hợp chất phosphat và non-phosphat để tạo cơ chế giữ nước cho sản phẩm, chưa kể tỷ lệ chất hữu cơ từ cơ thịt của thủy sản cao trong nước thải đã khiến hàm lượng phosphat hữu cơ cao. Điều này khiến nhiều DN bị phạt do vượt mức chỉ tiêu cho phép.
Hơn nữa, một số chỉ số quy định trong QCVN40 và QCVN11 quá thấp so với mức quy định của các nước và đặc biệt khó thực hiện đối với ngành chế biến thủy sản. Hoặc cùng theo một quy chuẩn nhưng tại các địa phương, các KCN lại có cách tính phí xử lý nước thải không giống nhau...
Sau khi nhận được kiến nghị của VASEP, ngày 27/6/2013 Bộ TN và MT đã gửi công văn số 2178/BTNMT-TCMT ghi nhận và chia sẻ những khó khăn, vướng mắc mà DN thủy sản đang gặp phải. Bộ TN và MT đã giao Tổng cục Môi trường chủ trì xây dựng dự thảo Quy chuẩn Kỹ thuật Quốc gia về bùn thải của hệ thống xử lý nước thải, dự kiến sẽ ban hành vào quý IV/2013. Quy chuẩn này sẽ quy định cụ thể cho từng loại bùn thải đặc trưng cho các loại hình sản xuất, trong đó có loại hình chế biến thủy sản.
Đến nay các DN thủy sản vẫn chờ đợi Bộ TN và MT tích cực tháo gỡ khó khăn cho DN và sớm có những sửa đổi phù hợp trong các quy chuẩn đang có hiệu lực thi hành.