Hà Nội là một trong những địa phương có tiềm năng trong NTTS với diện tích mặt nước trên 30.000ha, trong đó diện tích thả nuôi khoảng 21.000ha, sản lượng nuôi ước đạt 80.000 tấn. Trên địa bàn đã và đang hình thành một số vùng NTTS lớn ở các huyện như Phú Xuyên, Ứng Hòa, Ba Vì, Thanh Trì, Thanh Oai… Tuy nhiên, năng suất và chất lượng còn thấp, bình quân 4-8 tấn/ha, trong khi nguồn nước ô nhiễm, tình trạng cá chết hàng loạt vẫn xảy ra. Trước thực trạng đó, năm 2009, UBND thành phố đã phê duyệt chương trình NTTS trên địa bàn. Thực hiện chương trình này, các huyện đã xây dựng 13 dự án, với diện tích trên 2.400ha, vốn đầu tư khái toán hơn 1.000 tỷ đồng. Tuy nhiên, 7 năm trôi qua, đến nay các dự án vẫn "án binh bất động" vì thiếu vốn. Một số dự án đã được thành phố hỗ trợ cũng dang dở chưa đi vào hoạt động, gây khó khăn cho sản xuất của nông dân.
Theo Chủ tịch UBND xã Trung Tú Ngô Văn Mạng, Trung Tú là "vựa" cá của huyện Ứng Hòa song sản xuất ở đây còn manh mún, nhỏ lẻ. Năm 2009, xã Trung Tú cùng với xã Đồng Tân được thành phố phê duyệt dự án NTTS tập trung với diện tích 200ha, kinh phí 140 tỷ đồng. Tuy nhiên, do thiếu vốn nên đến nay mới đầu tư đường bao xung quanh, đường dẫn nước vào và đường điện, còn hạng mục trạm bơm vẫn đang trong giai đoạn thi công khiến cho việc lấy nước của người dân khó khăn. Hiện nay, nguồn nước nuôi cá của người dân Trung Tú vẫn chủ yếu lấy từ Sông Nhuệ vốn đang ô nhiễm nặng. "Nông dân giải quyết bằng cách tự đào giếng khoan để lấy nước và bơm vào ao nuôi cá song cũng chưa bảo đảm" - ông Mạng nói.
Theo ông Hứa Bá Trình (Phòng Kinh tế huyện Ba Vì), cuối năm 2010, thành phố phê duyệt dự án NTTS thuộc 5 xã Cổ Đô, Vạn Thắng, Phong Vân, Phú Cường, Phú Đông, quy mô 340ha, với kinh phí 127 tỷ đồng, trong đó ngân sách thành phố hỗ trợ là 76 tỷ đồng. Năm 2011, huyện đã triển khai các bước xây dựng thiết kế, bản vẽ. Tuy nhiên, sau 5 năm từ khi được phê duyệt đến nay, dự án vẫn "nằm trên giấy" vì chưa bố trí được kinh phí. Mặc dù nông dân trên địa bàn 5 xã vẫn thả cá với diện tích 180ha, song hạ tầng chưa đồng bộ, nông dân tự kéo đường điện dẫn đến hiệu quả thấp. Đến nay, kinh phí huyện thuê thiết kế cũng chưa trả được vì không có nguồn. Không những thế, cơ chế, chính sách hỗ trợ cho đầu tư NTTS cũng bộc lộ những bất cập. Theo quy định ngoài phần hỗ trợ của Nhà nước làm các công trình ngoài hàng rào, nông dân phải đắp bờ ao, làm đường giao thông. Quy định này được cho là bất hợp lý vì trung bình mỗi hộ nếu quy hoạch bờ ao phải đầu tư từ 500-600 triệu đồng/ha, còn đổ bê tông quanh bờ lên tới hàng tỷ đồng, nông dân không thể kham nổi.
Trao đổi về vấn đề này, lãnh đạo Chi cục Thủy sản Hà Nội cho biết, các dự án NTTS quy hoạch ở các huyện đều có quy mô lớn từ vài chục đến vài trăm héc ta, liên quan đến nhiều xã với hàng trăm hộ dân. Khu vực NTTS đều nằm ở vùng trũng, cơ sở hạ tầng hạn chế trong khi yêu cầu hạ tầng kỹ thuật đồng bộ (từ hệ thống cấp thoát nước, điện, giao thông, xử lý môi trường, ao nuôi cá, chợ đầu mối...) phải cần nguồn vốn rất lớn trong khi khả năng cân đối vốn của thành phố, huyện, xã và các hộ dân có hạn. Để tháo gỡ những vướng mắc khi triển khai, các huyện đề nghị thành phố ưu tiên hỗ trợ các dự án NTTS đang triển khai có hiệu quả, giúp nông dân chuyển từ nuôi quảng canh sang thâm canh nhằm mang lại hiệu quả kinh tế cao.
Hiện nay, khó khăn nhất của người NTTS vẫn là đầu ra cho sản phẩm, vì vậy thành phố nên quan tâm hỗ trợ xây dựng một chợ đầu mối buôn bán thủy sản. Đồng thời, sớm có chương trình ưu đãi về vốn, hỗ trợ lãi suất cho các hộ đầu tư lớn để mở rộng quy mô bởi NTTS muốn có năng suất, hiệu quả cao phải có diện tích lớn, ứng dụng công nghệ cao vào sản xuất nuôi theo hướng thâm canh mới cho hiệu quả. Bên cạnh đó là hỗ trợ cho người dân một phần kinh phí xây dựng các tuyến đường nhánh trong khu NTTS để thuận lợi cho việc đi lại.