Trifluralin
Đầu năm 2010, Nhật Bản cảnh báo 3 lô tôm Việt Nam có dư lượng Trifluralin với mức 0.002 ppm, 0.009 ppm, và 0.030 ppm vượt ngưỡng cho phép của Nhật Bản là 0.001 ppm. Trước đó, năm 2009, EU đã từng cảnh báo một số lô hàng thủy sản Việt Nam bị phát hiện dư lượng Trifluralin vượt giới hạn cho phép. Lúc đó, sản phẩm có chứa Trifluralin đã bị loại ra khỏi danh mục thuốc bảo vệ thực vật, cả kể danh mục sản phẩm xử lý, cải tạo môi trường nuôi trồng thủy sản. Bộ NN&PTNT đã rà soát và loại bỏ các sản phẩm có chứa Trifluralin. Tuy nhiên, sau đó vẫn phát hiện 38 sản phẩm xử lý, cải tạo môi trường thủy sản có chứa hàm lượng Trifluralin.
Vào tháng 10/2010, mặt hàng tôm xuất khẩu vào Nhật Bản bị nước này nâng mức kiểm tra Trifluralin đối với tôm nhập khẩu của Việt Nam từ 30% lên 100%. Đến tháng 11/2010, Bộ NN&PTNT có lệnh cấm sử dụng Trifluralin trong nuôi trồng thủy sản.
Enrofloxacin
Sau khi tăng cường kiểm tra 100% các lô hàng của Việt Nam về hóa chất Trifluralin, hiện Nhật Bản lại tiếp tục cảnh báo sẽ tăng cường kiểm tra chất kháng sinh Enrofloxacin trong thủy sản từ Việt Nam trên 30% các lô hàng. Ở Mỹ chất kháng sinh này cho phép dưới 0,6 ppb (0,6 phần tỉ) - nghĩa là gần như cấm hiện diện trong sản phẩm. Ở Nhật Bản chỉ cho phép tồn lưu trong thực phẩm dưới 10 ppb.
Enrofloxacin cùng Ciprpfloxacin là hai dẫn xuất của kháng sinh Quinolones dùng để tẩy trùng, diệt tảo, vi sinh vật, nấm trong cải tạo môi trường nuôi trồng thủy sản, thay cho hoạt chất Trifluralin đã bị cấm.
Ngày 7/3/2011, Bộ Y tế, Lao động và Phúc lợi Nhật Bản đã quyết định tăng cường kiểm tra thủy sản xuất khẩu từ Việt Nam đối với chất kháng sinh Enrofloxacin, nếu có thêm 1 lô hàng bị phát hiện có chất này vượt mức cho phép, Nhật sẽ nâng mức kiểm tra lên 100% lô hàng như kiểm hóa chất Trifluralin áp dụng trước đó.
Trước những rào cản do Enrofloxacin, ngày 16/1/2012, Bộ NN&PTNT đã ban hành Thông tư số 03/2012/TT-BNNPTNT bổ sung các chất Cypermethrin, Deltamethrin và Enrofloxacin vào Danh mục hóa chất, kháng sinh cấm sử dụng trong sản xuất, kinh doanh thủy sản tại Phụ lục 1 ban hành kèm theo Thông tư số 15/2009/TT-BNNPTNT ngày 17/3/2009 của Bộ NN&PTNT. Từ ngày 1/3/2012, Thông tư số 03 chính thức có hiệu lực thi hành.
Cypermethrin, Deltamethrin
Đầu năm 2012, Liên minh tôm miền Nam nước Mỹ (SSA) đã có ý kiến cho rằng, thủy sản Việt Nam xuất khẩu sang nước này không đạt tiêu chuẩn vệ sinh an toàn thực phẩm vì sản phẩm có chứa các chất Cypermethrim, Deltamethrin và Enrofloxacin.
Các thuốc bảo vệ thực vật có các hoạt chất Cypermethrin, Deltamethrin thuộc nhóm Pyrethroid rất độc với cá, tôm và các loài thủy sinh vật khác. Nhiều vùng nuôi tôm xảy ra dịch bệnh do phát hiện có dư lượng Cypermethrin trong bùn ao dao động từ 31- 603 ppb (một phần tỷ). Khi đó Cypermethrin gây hội chứng hoại tử gan tụy làm tôm chết ngay ở nồng độ 0,0001ppb. Cypermethrin rất ít tan trong nước, thường lắng và bị giữ lại trong lớp bùn đáy ao, tương đối bền trong môi trường trung tính và axid nhẹ, phân hủy nhanh trong môi trường kiềm (pH >= 9).
Để giữ uy tín cho sản phẩm tôm Việt Nam, bên cạnh Thông tư số 03/2012/TT-BNNPTNT, ngày 16/01/2012, Thứ trưởng Bộ NN&PTNT Vũ Văn Tám cũng đã ký Thông tư số 04/2012/TT-BNNPTNT đưa 28 sản phẩm có chứa Cypermethrin, Deltamethrin ra khỏi Danh mục sản phẩm xử lý, cải tạo môi trường nuôi trồng thuỷ sản; thuốc thú y thuỷ sản được phép lưu hành tại Việt Nam.
Ethoxyquin
Cùng với sự nỗ lực của cơ quan chức năng, doanh nghiệp và người nuôi, bước sang năm 2012, tình trạng tôm Việt Nam bị cảnh báo dư lượng Enrofloxacin tại thị trường Nhật Bản đã tạm lắng. Tuy nhiên, đến ngày 18/5/2012, Nhật Bản đột ngột quyết định kiểm tra Ethoxyquin đối với 30% số lô tôm xuất khẩu từ Việt Nam. Theo các chuyên gia ngành chăn nuôi, trong quá trình chế biến và bảo quản, thức ăn chăn nuôi rất dễ bị ôxy hóa vì có hàm lượng chất béo cao, thành phần chất béo lại chứa nhiều axit béo không no. Thức ăn chăn nuôi sẽ bị hôi dầu và mất đi các axit béo quan trọng nếu bị ôxy hóa. Giá trị dinh dưỡng của thức ăn chăn nuôi cũng giảm đi khi các vitamin tan trong dầu như A,D,E và carotenoids bị phá hủy. Vì thế, khi sản xuất thức ăn chăn nuôi, các doanh nghiệp đang phải sử dụng Ethoxyquin để chống ôxy hóa.
Nhiều ý kiến cho rằng, Nhật Bản đang xây dựng thêm một rào cản mới đối với tôm Việt Nam, bởi Ethoxyquin là chất được sử dụng để chống ôxy hóa phổ biến trong thức ăn chăn nuôi. Tại Nhật Bản, chất này được phép sử dụng trong thức ăn nuôi tôm với hàm lượng cho phép tối đa 150 ppm, trong khi mức giới hạn cho phép đối với tôm xuất khẩu từ Việt Nam chỉ là 0,01 ppm.
Mới đây, Bộ Y tế, Lao động và Phúc lợi Nhật Bản đã thông tin việc Nhật Bản quyết định bãi bỏ việc kiểm soát Ethoxyquin trong tôm Việt Nam với tần suất kiểm tra 30%. Tuy nhiên, việc Nhật Bản giữ nguyên mức MRL rất thấp là 0,01 ppm vẫn sẽ là trở ngại đối với tôm xuất khẩu của Việt Nam.