Cá rô đồng thường bị mắc một số bệnh như ăn không tiêu, lở loét trên thân do nấm và ký sinh trùng, xuất huyết trên thân và các gốc vây do nhiễm vi khuẩn huyết, bệnh còi do thiếu dinh dưỡng, thiếu các loại khoáng và vitamin làm cá chậm lớn. Có một số nguyên nhân khác làm cá bị nhiễm bệnh như mật độ nuôi quá dày, thức ăn không đủ số lượng và chất lượng, nhất là hàm lượng đạm trong thức ăn không đủ so với nhu cầu dinh dưỡng của cá, thiếu các loại vitamin, muối khoáng. Ngoài ra cá có thể bị nhiễm bệnh khi môi trường nước ô nhiễm do thức ăn quá dư thừa, nước ao ít được thay, nhiệt độ nước ao quá nóng hoặc biến động thất thường hoặc do các vật nuôi trong nhà mang mầm bệnh và lây nhiễm cho cá trong ao. Vào các tháng cuối mùa mưa và thời điểm cuối năm do nhiệt độ môi trường hạ thấp cá dễ nhiễm bệnh hơn trong các tháng mùa khô.
Để phòng bệnh cho cá, trước hết người nuôi phải tuân thủ các khâu kỹ thuật (như chọn cá giống khỏe mạnh, đều cỡ, không thả nuôi mật độ quá dày) và quản lý chăm sóc đúng kỹ thuật. Trong quá trình nuôi, người nuôi phải giữ môi trường ao nuôi sạch, không để nước ao bị ô nhiễm. Điều tiết mực nước trong ao nuôi và sử dụng các chế phẩm sinh học hợp lý có tác dụng giữ môi trường nuôi ổn định, giảm nguy cơ nhiễm bệnh cho cá. Thức ăn phải đủ khẩu phần và chất lượng, nhất là hàm lượng đạm. Bổ sung các vitamin, quan trọng nhất là vitamin C vào thức ăn từ 10-20mg/kg thức ăn.
Hàng ngày, người nuôi cần phải rửa sạch các sàn ăn trước khi cho cá ăn bữa mới. Khi thấy cá ăn ít hoặc bỏ ăn là có nguy cơ cá đã bị nhiễm bệnh, cần phải kiểm tra ngay. Khi phát hiện và xác định được đúng loài ký sinh hay vi khuẩn gây bệnh mới sử dụng đúng thuốc để chữa trị. Trị bệnh cho cá phải theo đúng nguyên tắc: đúng thuốc, đúng bệnh và đủ liều lượng, đủ thời gian dùng thuốc. Tuyệt đối không sử dụng các loại hóa chất cấm và thuốc kháng sinh đã bị cấm.