Theo đó, đối với trường hợp phải đánh giá rủi ro, tổ chức, cá nhân gửi 1 bộ hồ sơ đến Tổng cục Thủy sản. Trong thời hạn 30 ngày kể từ khi nhận đủ hồ sơ hợp lệ, Tổng cục Thủy sản tổ chức thực hiện đánh giá rủi ro theo quy định, cấp Giấy phép nhập khẩu thủy sản sống kèm theo Kế hoạch kiểm soát thủy sản sống nhập khẩu được phê duyệt.
Trường hợp không cấp phép nhập khẩu, Tổng cục Thủy sản trả lời bằng văn bản, nêu rõ lý do. Đối với trường hợp không phải đánh giá rủi ro. Trong thời hạn 7 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ, Tổng cục Thủy sản cấp giấy phép theo quy định.
Hiệu lực của Giấy phép nhập khẩu thủy sản sống để làm thực phẩm, làm cảnh, giải trí, nghiên cứu khoa học căn cứ trên đề xuất của tổ chức, cá nhân nhập khẩu hoặc kết quả đánh giá rủi ro nhưng không quá 12 tháng kể từ ngày cấp.