So với các văn bản đã ban hành trước đây, dự thảo thông tư quy định rõ ràng hơn về phạm vi áp dụng, đối tượng áp dụng, thay đổi quy trình, thủ tục, thời gian kiểm dịch theo hướng thuận lợi hơn cho doanh nghiệp (DN) thủy sản. Cục Thú y đã quy định chi tiết về các loại hồ sơ khai báo gồm: Hồ sơ khai báo kiểm dịch thủy sản xuất khẩu; Hồ sơ khai báo kiểm dịch sản phẩm thủy sản xuất khẩu không dùng làm thực phẩm; và Hồ sơ khai báo kiểm dịch thủy sản, sản phẩm thủy sản dùng làm thực phẩm; cũng như việc xác nhận khai báo kiểm dịch của cơ quan thẩm quyền ngay sau khi nhận được hồ sơ hợp lệ của doanh nghiệp. Dự thảo thông tư cũng đã mở rộng thêm quy định đối với sản phẩm thủy sản xuất khẩu bị triệu hồi hoặc trả về, sản phẩm thủy sản nhập khẩu từ tàu đánh bắt hải sản nước ngoài thì chủ hàng không phải đăng ký kiểm dịch nhập khẩu với cơ quan kiểm dịch động vật có thẩm quyền mà chỉ khai báo với cơ quan kiểm dịch động vật cửa khẩu....
Theo Phó Tổng thư ký VASEP Nguyễn Hoài Nam, để đơn giản hóa thủ tục hành chính, tránh kéo dài thời gian đăng ký, khai báo kiểm dịch thủy sản, sản phẩm thủy sản nhập khẩu, dự thảo Thông tư nên gộp thủ tục đăng ký với thủ tục khai báo đối với trường hợp thủy sản đông lạnh nhập khẩu dùng làm nguyên liệu sản xuất, gia công xuất khẩu.
Vasep cũng cho rằng, dự thảo cần quy định rõ, trường hợp sản phẩm thủy sản nhập khẩu dùng làm nguyên liệu để sản xuất, gia công xuất khẩu, chủ hàng phải đăng ký kiểm dịch nhập khẩu với cơ quan thú y vùng nơi làm thủ tục nhập khẩu chứ không phải chỉ quy định chung chung là thủy sản, sản phẩm thủy sản thuộc diện phải kiểm dịch gửi 01 bộ hồ sơ đăng ký kiểm dịch nhập khẩu tới cơ quan kiểm dịch động vật có thẩm quyền. Điều này tránh vướng mắc sau khi doanh nghiệp không xác định được đăng ký và khai báo với cơ quan nào.