Theo đó, các hoạt động khai thác thủy sản bất hợp pháp, không báo cáo và không theo quy định là một trong các trường hợp sau: Khai thác thủy sản mà không có giấy phép khai thác thủy sản hoặc khai thác không đúng nội dung quy định trong giấy phép khai thác thủy sản; Không ghi, nộp nhật ký hoặc báo cáo khai thác thủy sản theo quy định; Khai thác trong vùng cấm khai thác, trong thời gian cấm khai thác; khai thác, vận chuyển hoặc đưa lên tàu các loài thủy sản cấm khai thác; khai thác các loài có kích thước nhỏ hơn quy định vượt quá tỉ lệ cho phép; Sử dụng loại nghề, ngư cụ khai thác bị cấm hoặc không đúng quy định; Che giấu, giả mạo hoặc hủy chứng cứ vi phạm các quy định liên quan đến khai thác và bảo vệ nguồn lợi thủy sản; Ngăn cản, chống đối việc thực hiện kiểm tra, giám sát sự tuân thủ đối với các quy định về khai thác và bảo vệ nguồn lợi thủy sản của cán bộ được giao thực hiện nhiệm vụ; Chuyển tải trên biển, hỗ trợ, tiếp ứng, tham gia hoạt động khai thác cùng với tàu cá khai thác bất hợp pháp; Khai thác trong vùng biển thuộc quyền quản lý của tổ chức quản lý nghề cá khu vực và quốc gia khác mà không có giấy phép khai thác hợp lệ.
Về thủ tục xác nhận nguyên liệu thủy sản khai thác, chủ hàng có nhu cầu xác nhận nguyên liệu thủy sản khai thác nộp 2 giấy xác nhận nguyên liệu thủy sản khai thác trực tiếp hoặc theo đường bưu điện đến cơ quan thẩm quyền quy định nơi chủ hàng đã mua nguyên liệu. Trong thời gian không quá 2 ngày làm việc kể từ ngày nhận được đề nghị xác nhận nguyên liệu thủy sản khai thác, cơ quan thẩm quyền kiểm tra tính xác thực của thông tin đã khai trong giấy xác nhận nguyên liệu thủy sản khai thác và thực hiện: Xác nhận khi lô hàng có nội dung đúng với kê khai trong giấy xác nhận nguyên liệu thủy sản khai thác và trả 1 bản cho chủ hàng xuất khẩu, 1 bản lưu tại cơ quan thẩm quyền. Trong trường hợp nội dung không đúng với kê khai trong giấy xác nhận nguyên liệu thủy sản khai thác hoặc sử dụng nguyên liệu từ tàu cá nằm trong danh sách tàu cá khai thác bất hợp pháp sẽ không được xác nhận.
Về chứng nhận thủy sản khai thác, Thông tư quy định chủ hàng có nhu cầu chứng nhận thủy sản khai thác nộp 2 bộ hồ sơ đến cơ quan thẩm quyền quy định tại nơi đã xác nhận nguyên liệu thủy sản khai thác trực tiếp hoặc theo đường bưu điện để đề nghị chứng nhận thủy sản khai thác.
Thông tư này thay thế Thông tư số 28/2011/TT-BNNPTNT ngày 15/4/2011 của Bộ NN và PTNT quy định việc chứng nhận, xác nhận thủy sản khai thác xuất khẩu vào thị trường Châu Âu.