Lòng hồ thuỷ điện với thế mạnh nuôi trồng, đánh bắt, khai thác thủy sản, du lịch, giao thông đang được quy hoạch, khai thác. Những năm qua, Nhà nước và tỉnh đã có nhiều chính sách giúp nhiều hộ dân chuyển đổi nghề nghiệp từ nông nghiệp sang phi nông nghiệp, đào tạo nghề, chuyển đổi cơ cấu kinh tế dựa trên các thế mạnh của địa phương để phát triển bền vững. Hiện tại, đồng bào các dân tộc ven sông chỉ quen với giăng lưới, quăng chài để đánh bắt thủy sản. Cố nhiên, còn nhiều người dân vẫn sử dụng chất nổ, điện, công cụ kích điện hoặc tạo xung điện, hóa chất; công cụ hoặc ngư cụ (lưới kích thước mắt nhỏ so với quy định) để đánh bắt thủy sản, thậm chí khai thác cả khu vực đã quy hoạch bảo vệ, cấm đánh bắt... Còn việc nuôi trồng thuỷ sản chủ yếu là nuôi cá lồng, song khâu lựa chọn giống cá, kỹ thuật nuôi, thị trường và phát triển ở quy mô nào đang là trăn trở của người dân ven vùng lòng hồ.
Do đó, việc quy hoạch nuôi trồng, khai thác đánh bắt và bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản là cần thiết vừa phục vụ phát triển kinh tế - xã hội, vừa góp phần nâng cao đời sống cho nhân dân tại địa bàn, gắn với bảo vệ môi trường bền vững. Vì vậy, các cấp, các ngành cần làm tốt hơn nữa công tác tuyên truyền vận động để nhân dân trong tỉnh nâng cao nhận thức về tiềm năng, thế mạnh, nguồn lợi thủy sản và trách nhiệm trong quản lý, nuôi trồng, bảo vệ, khai thác nguồn thủy sản. Mặt khác, việc xây dựng cơ bản quy hoạch hệ thống sản xuất thủy sản tại khu vực lòng hồ thủy điện tỉnh Sơn La phải dựa trên cơ sở khoa học phù hợp với thực tiễn sản xuất, khai thác hiệu quả tiềm năng và định hướng ngành thủy sản của tỉnh nhất là việc phát triển nuôi, khai thác thủy sản ổn định bền vững. Khai thác tối đa và có hiệu quả tiềm năng và lợi thế mặt nước ao, hồ, nhất là diện tích mặt nước hai hồ thủy điện Hòa Bình, thủy điện Sơn La làm tăng giá trị sản xuất của ngành thủy sản, chuyển từ tự cung tự cấp sang phát triển sản phẩm thủy sản hàng hóa để xóa đói, giảm nghèo, ổn định cuộc sống cho đồng bào các dân tộc.