Phần lớn diện tích nuôi cá tra của tỉnh tập trung vùng nuôi doanh nghiệp (chiếm 64,5% diện tích) với 36 doanh nghiệp, trong đó những doanh nghiệp có vùng cá tra lớn nhất tỉnh là Công ty TNHH Hùng Cá có 187ha, Công ty Vĩnh Hoàn 116ha, Công ty Docifish 61ha, Công ty Tô Châu 47ha, Công ty Cửu Long 44ha. Số hộ nuôi cá tra đã giảm dần qua các năm chủ yếu là các hộ nuôi nhỏ lẻ, ngoài vùng quy hoạch. Năm 2012, tổng số 428 hộ nuôi, tập trung nhiều nhất là huyện Châu Thành, Thanh Bình.
Trong đó, qui mô diện tích lớn hơn 1ha có 105 hộ, chiếm 24,53% tổng số hộ sản xuất cá tra toàn tỉnh. Về khả năng liên kết dọc, có 84,2% các hộ nuôi có liên kết với doanh nghiệp tiêu thụ sản phẩm và 87,5% hộ nuôi có liên kết với các nhà máy chế biến thức ăn hoặc đại lý cung ứng thức ăn, vật tư thủy sản.
Nhìn chung, sản xuất cá tra đã từng bước vận hành theo cơ chế thị trường và chuyển sang sản xuất hàng hóa với qui mô lớn và tập trung. Điểm nổi bật về sản xuất cá tra trong thời gian qua là sự sắp xếp lại tổ chức sản xuất, xây dựng được các ngành hàng cá tra. Một số doanh nghiệp thủy sản lớn như Vĩnh Hoàn, Hùng Cá, Hoàng Long, Hùng Vương đã tổ chức liên kết các khâu chế biến xuất khẩu, sản xuất nguyên liệu, cung cấp thức ăn thủy sản, thuốc và vật tư nghề cá, từng bước hình thành mô hình tập đoàn kinh tế lớn.
Bên cạnh đó, các hộ nhỏ đã thực hiện các liên kết ngang và liên kết dọc trong cung ứng vật tư và tiêu thụ sản phẩm. Các hộ không đủ điều kiện đã chuyển nuôi gia công cho doanh nghiệp, từ đó mở rộng diện tích vùng nuôi khu vực doanh nghiệp lên 64,5% tổng diện tích. Sự chuyển biến này mở đầu cho một bước tiến mới trong sản xuất thủy sản, hướng đến sản xuất hàng hóa lớn vận hành theo cơ chế thị trường, đủ sức cạnh tranh và chấp nhận rủi ro nếu có xảy ra.