Để hạn chế ảnh hưởng của môi trường nước đến cá rô phi thả nuôi, người nuôi cá rô phi nuôi bè cần tăng cường giám sát chất lượng môi trường nước và tình trạng sức khỏe cá nuôi. Dự phòng các tình huống dẫn tới chất lượng môi trường nước xuống cấp (mưa lớn kéo dài, lũ về bất thường…) để có biện pháp xử lý thích hợp.
Ngoài ra, theo Hội Nghề cá tỉnh Tiền Giang, người nuôi cá rô phi trên bè cần chăm sóc cá nuôi chặt chẽ hàng ngày để có biện pháp xử lý kịp thời khi có hiện tượng bất thường xảy ra. Trường hợp khu vực đặt lồng/bè nuôi cá có hàm lượng oxy hòa tan thấp dưới ngưỡng cho phép phải có giải pháp giúp tăng hàm lượng oxy hòa tan cho cá như bổ sung sục khí, quạt nước, máy đảo nước.
Người nuôi không thả cá giống khi môi trường chưa đảm bảo, thực hiện nuôi đúng mật độ, giãn thưa khoảng cách giữa các lồng/bè nuôi; không sử dụng thức ăn dư thừa, hạn chế sử dụng thức ăn tươi sống để tránh làm ô nhiễm môi trường vùng nuôi. Kiểm tra, rà soát các vùng nuôi tập trung có nguy cơ ô nhiễm, có phương án di dời lồng/bè từ nơi có nguy cơ bị ô nhiễm hoặc gây ô nhiễm đến vùng nuôi an toàn; người nuôi không tự phát sinh vùng nuôi mới không theo quy hoạch.
Đối với cá rô phi nuôi ao, cần hạn chế tối đa việc lấy nước trực tiếp từ sông/kênh vào ao nuôi. Khi cần cấp/thay nước thì lựa chọn thời điểm thích hợp và lấy nước đa qua xử lý hoặc đã được kiểm tra chất lượng. Theo dõi hàng ngày biến động môi trường nước và tình trạng sức khỏe của cá để kịp thời phát hiện dấu hiệu bất thường và có biện pháp xử lý phù hợp.