Việt Nam: Chủng vi khuẩn Vibrio harveyi là nguyên nhân gây EMS

Một chủng vi khuẩn Vibrio (KC13.17.5) gây bệnh hoại tử gan tụy cấp tính (AHPND) trên tôm nuôi ở miền Bắc Việt Nam đã bị cô lập. Thông thường, AHPND được gây ra bởi vi khuẩn Vibrio parahaemolyticus, nhưng trình tự bộ gen chỉ ra rằng đó là do chủng Vibrio harveyi. Dữ liệu trình tự giống như trình tự plasmid và gen độc lực giả định.

xác định bệnh trên tôm
Ảnh minh họa: tepbac.com

Nuôi tôm mang lại giá trị kinh tế cao. Sản lượng tôm gia tăng đều đặn cho đến năm 2011, trước khi có sự bùng nổ của một loại bệnh mới được gọi là hội chứng chết sớm (EMS) hay bệnh hoại tử gan tụy cấp tính (AHPND), gây thiệt hại nghiêm trọng cho ngành công nghiệp. Tỷ lệ chết bởi AHPND lên đến 100% và các tác nhân gây AHPND là một chủng vi khuẩn Vibrio parahaemolyticus. Trình tự bộ gen của các chủng từ Thái Lan và Mexico có một đoạn plasmid có thể chứa các gen độc lực giả định. Chủng độc lực cao có thể được xác định bằng phương pháp PCR sử dụng cặp mồi dựa trên các gen độc lực.

Bởi vì các gen độc lực nằm trên một plasmid, độc lực có thể được truyền không chỉ giữa các chủng V. parahaemolyticus mà còn đối với các loài vi khuẩn khác nhau. Ở Việt Nam, chủng AHPND gọi là KC13.17.5 được phân lập và xác định là vi khuẩn Vibrio sp..Nhưng trình tự gen 16S rRNA cho thấy rằng nó không phải là V. parahaemolyticus. Để mô tả thêm về đặc điểm của vi khuẩn, bộ gen của vi khuẩn được giải trình tự.

DNA của vi khuẩn được Sambrook và Russell chuẩn bị. Một bộ đôi được tạo ra từ DNA dùng để sử dụng chuẩn bị mẫu Illumina Nextera XT DNA với một bộ kit. Mẫu được giải trình tự bằng cách sử dụng Illumina MiSeq và MiSeq kit thuốc thử phiên bản 2 (300 chu kỳ). Dữ liệu trình tự đã được sắp xếp bởi CLC Genomics Workbench theo phiên bản 6.5.1 và sau đó được phân tích trên máy chủ Rast. BLASTn tìm gen đã được sử dụng để tìm ra các trình tự tương đồng với gen độc lực giống như plasmid và  được biết đến như giả định.

Bộ gen của các chủng đã được sắp xếp thành 42 đoạn ống. Máy chủ RAST ghi chú và xác định được 5.288 gen. Đi sâu vào đặc tính, láng giềng của V. parahaemolyticus được dự đoán là Vibrio harveyi  ATCC BAA-1116. Tìm kiếm tương đồng bằng cách sử dụng gen dự đoán cũng cho thấy sự tương đồng cao với các gen V. harveyiVibrio campbellii so với V. parahaemolyticus.

Chúng tôi tìm thấy trước đây Contig 4 của TUMSAT_D06_S3 (63 kbp) đã được lưu giữ trong số 3 chủng AHPND nhưng không được bảo toàn trong 3 chủng AHPND. Trình tự này có thể là một plasmid. Trong nghiên cứu này, một số các đoạn như đoạn 21 (29 kbp) và đoạn 27 (16 kbp), đã gần như giống hệt nhau đển Contig 4 TUMSAT_D06_S3. Các gen độc lực giả định đã được xác định và được sử dụng để chẩn đoán AHPND bằng PCR. Bởi vì đoạn 25 (3.8 kbp) giống với các gen độc lực, chúng tôi cho rằng dòng này đã được tạo ra độc lực bằng cách mua lại các plasmid.

Tại đây, chúng tôi nhìn nhận AHPND gây ra bởi nhóm Vibrio nhưng không phải là V. parahaemolyticus. Chủng này cũng sở hữu những gen độc tố protein và trình tự plasmid có liên quan. Sự căng thẳng nhất là với V. harveyi, có nghĩa là các gen độc tố có thể được truyền đến các loài Vibrio khác nhau. Nghiên cứu sâu hơn về cách các gen được truyền giữa các loài là cần thiết để ngăn chặn sự lây lan của AHPND.

Nghiên cứu được tài trợ bởi Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn (Bộ NN & PTNT) Việt Nam thuộc dự án "Nghiên cứu tác nhân gây AHPND ở miền Bắc Việt Nam", Tổ chức Heiwa Nakajima, Nhật Bản và được hỗ trợ bởi Cơ quan Khoa học và Công nghệ Nhật Bản/Cơ quan Hợp tác Quốc tế Nhật Bản, Khoa học và Hợp tác nghiên cứu công nghệ vì sự phát triển bền vững (JST/JICA, SATREPS).

Shrimpnews.com
Đăng ngày 24/09/2015
Lâm Nhất Phong
Dịch bệnh

Khắc phục bệnh ăn yếu và mềm vỏ ở tôm

Nuôi tôm siêu thâm canh, công nghệ cao, để tôm khoẻ mạnh, bà con cần quan tâm và chú trọng các yếu tố quan trọng.

Phòng ngừa bệnh ăn yếu và mềm vỏ ở tôm nuôi
• 10:45 05/07/2023

Chẩn đoán bệnh tôm thông qua máy học

Trí tuệ nhân tạo (artificial intelligence - AI), học máy (machine learning – ML) hay học sâu (deep learning - DL) là những thuật ngữ thường được sử dụng ngày nay.

Mô phỏng
• 10:20 03/07/2023

Giải pháp phòng ngừa EHP trong trại sản xuất tôm giống

EHP - bệnh vi bào từ trùng đang là mối quan tâm lớn đối với người nuôi tôm. EHP không gây chết cấp tính với tỉ lệ cao trong ao nuôi, tuy nhiên chúng ký sinh trong gan tụy tôm, sử dụng dinh dưỡng, năng lượng dự trữ trong gan tụy khiến tôm nuôi không đủ dinh dưỡng cho tăng trưởng và lột xác.

Elanco product
• 17:30 22/03/2023

"Điểm mặt" thủ phạm gây bệnh trên tôm

Nhóm sinh viên của, Trường Đại học Nha Trang vừa hoàn thành đề tài về gen độc và đánh giá tính kháng kháng sinh của vi khuẩn gây bệnh trên tôm nuôi tại Khánh Hòa. Qua đó, khuyến cáo việc sử dụng kháng sinh đối với nuôi tôm hiện nay.

Thí nghiệm
• 16:05 04/01/2023

Tình hình dịch bệnh mờ đục trên ấu trùng tôm thẻ tại Việt Nam

Theo Cục Thuỷ sản trong quá trình kiểm tra giám sát tình hình sản xuất tôm giống thực tế tại địa phương, tìm hiểu thông tin từ các nghiên cứu mới và tham vấn các nhà khoa học trong nước.

Tôm thẻ
• 15:20 02/10/2023

Một số mầm bệnh phổ biến trên lươn đồng

Lươn đồng là đối tượng nuôi có nhiều tiềm năng do thịt lươn có nhiều dinh dưỡng, thời gian nuôi ngắn, chi phí đầu tư thấp, dễ nuôi, giá cả ổn định đem lại hiệu quả kinh tế cao, giúp cải thiện đời sống cho người dân.

Lươn
• 12:06 22/09/2023

Ký sinh trùng, nấm và những tác hại gây ra trên cá nước ngọt nuôi thâm canh

Các loài cá nước ngọt bản địa như cá rô đồng, cá lóc, sặc rằn, cá tra…được nuôi nhiều tại các tỉnh Miền tây như Hậu Giang, Đồng Tháp, An Giang, Trà Vinh hay các tỉnh Miền Đông như Đồng Nai, Tây Ninh, Bình Dương, Bình Phước…

Cá lóc
• 15:28 28/08/2023

Các bệnh thường gặp trên cá chẽm

Cá chẽm (Lates calcarifer), là loài có giá trị kinh tế quan trọng ở các vùng nhiệt đới và cận nhiệt đới thuộc khu vực châu Á - Thái Bình Dương như Úc, Trung Quốc, Indonesia, Malaysia, Thái Lan, Việt Nam và Đài Loan.

Cá chẽm
• 10:30 24/08/2023

Thu nhập ổn định nhờ nuôi lươn không bùn

Anh Nguyễn Hữu Quân thôn Chánh Thuận, xã Mỹ Trinh, huyện Phù Mỹ, tỉnh Bình Định là tấm gương điển hình cho lớp thanh niên trẻ vươn lên làm giàu trên mảnh đất quê hương. Với tuổi đời chưa đến 40 nhưng anh đã sở hữu trang trại rộng hơn 2 ha, trong đó thu nhập nhờ nuôi lươn lên đến cả tỷ đồng/năm.

Nuôi lươn
• 12:10 03/10/2023

Chuyển đổi số nghề cá theo hướng bền vững còn nhiều hạn chế

Chuyển đổi số nghề cá theo hướng bền vững, thật sự rất cần thiết tại Việt Nam. Tuy nhiên, chúng ta lại chưa tận dụng hết những lợi ích này do tồn tại nhiều khoảng trống.

Giăng lưới cá
• 12:10 03/10/2023

Thịt cá koi ăn được không? Nên ăn hay không?

Câu hỏi về việc có nên ăn thịt cá Koi hay không và cá Koi có ăn được không đã thu hút sự chú ý của nhiều người. Chủ đề này đã gây ra nhiều tranh cãi và để trả lời một cách chính xác không phải là điều dễ dàng. Vậy thực hư ra sao?

Cá koi
• 12:10 03/10/2023

Tình hình dịch bệnh mờ đục trên ấu trùng tôm thẻ tại Việt Nam

Theo Cục Thuỷ sản trong quá trình kiểm tra giám sát tình hình sản xuất tôm giống thực tế tại địa phương, tìm hiểu thông tin từ các nghiên cứu mới và tham vấn các nhà khoa học trong nước.

Tôm thẻ
• 12:10 03/10/2023

Sản lượng tôm của Ecuador mang lại tín hiệu vui cho các nhà sản xuất Châu Á

6 tháng đầu năm 2023 thị trường tôm toàn cầu chứng kiến “bi kịch” chưa từng có khi giá trị xuất khẩu liên tiếp sụt giảm. Tuy nhiên, một điểm sáng từ Ecuador đã mang lại tín hiệu vui cho các nhà sản xuất châu Á với dự kiến đạt 1.5 triệu tấn trong năm 2023.

Tôm
• 12:10 03/10/2023