Cụ thể, tới tháng 3/2016 Bộ Nông nghiệp Mỹ sẽ áp dụng quy định mới đối với nhà cung cấp sản phẩm cá Tra, trong đó yêu cầu thanh tra, kiểm tra tại trang trại và xưởng chế biến của nhà cung cấp trong và ngoài nước mỹ. Việc kiểm tra sẽ tiến hành thực hiện tối thiểu hàng quý trong suốt 18 tháng thử nghiệm.
Như vậy, Bộ Nông nghiệp Mỹ lại đưa sản phẩm cá tra Việt Nam thuộc thẩm quyền quản lý của Cơ quan thanh tra và an toàn thực phẩm (FSIS) thay vì thuộc phạm vi quản lý của của Cục Quản lý Dược phẩm và Thực phẩm Mỹ (FDA) như trước đây.Theo đó, kể từ ngày 1/9/2017, sản phẩm cá tra của Việt Nam muốn thâm nhập vào thị trường Mỹ phải được chứng nhận Tiêu chuẩn tương đồng của Bộ Nông nghiệp Mỹ (USDA).FSIS sẽ giám sát chặt chẽ từ khâu tạo giống, thức ăn chăn nuôi, các loại kháng sinh sử dụng trong quá trình nuôi, các quy trình, hệ thống của nhà máy chế biến, đóng gói, dán nhãn, ghi rõ trọng lượng phi lê, trọng lượng nước, vận chuyển, kho nhập khẩu, phân phối ra thị trường Mỹ đến hệ thống các nhà hàng Mỹ sử dụng sản phẩm cá tra phục vụ thực khách tại Mỹ.Tất cả các khâu này phải được cơ quan ủy quyền của FSIS thực hiện, đánh giá và chứng nhận.Đồng thời, các quy trình này cũng phải nhận được chứng nhận phối hợp từ phía Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Việt Nam thì sản phẩm mới được thông qua.
Theo ông Trương Đình Hòe, Tổng thư ký Hiệp hội Chế biến và Xuất khẩu thủy sản Việt Nam, quy định này sẽ gây khó khăn cho con cá tra Việt Nam cũng như nhiều loại cá da trơn khác.Phía người tiêu dùng cũng như các nhà nhập khẩu của Mỹ sẽ không được quyền lựa chọn sản phẩm mà họ muốn. Thực chất việc ra quyết định này của Bộ Nông nghiệp Mỹ hoàn toàn trái với nguyên tắc của WTO. Phía Mỹ yêu cầu trước tháng 3/2016, Việt Nam phải cung cấp danh sách các cơ sở kinh doanh có mong muốn tiếp tục xuất khẩu cá tra, cá basa vào thị trường Mỹ, cũng như văn bản đã tuân thủ theo quy định nhập khẩu hiện hành của FDA.
Theo ông Nguyễn Phước Quang Bửu, Phó tổng giám đốc Công ty cổ phần Chế biến và xuất nhập khẩu thủy sản Cadovimex II cho biết, các DN phải tích cực mở rộng thị trường xuất khẩu để không thụ động với từng thị trường. Chính phủ Việt Nam cũng cần có giải pháp để Chính phủ Mỹ công nhận kinh tế Việt Nam là nền kinh tế thị trường, tránh sự áp đặt kinh tế quốc gia khác lên kinh tế Việt Nam của Mỹ.
Trước tình hình trên,Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn nhận định việc Mỹ thông qua “Quy định cuối cùng” về thay đổi quy trình, tiêu chuẩn giám sát chất lượng đối với cá tra, cá ba sa không chỉ áp dụng riêng cho Việt Nam mà đối với tất cả các nước khác. Thời gian Mỹ áp dụng quy định mới rất gấp nên sẽ gây khó khăn cho DN xuất khẩu cũng như hệ thống quản lý của Nhà nước. Do vậy, từ nay đến tháng 3/2016, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn cần tiến hành phối hợp với VASEP (Hiệp hội Chế biến và Xuất khẩu thủy sản Việt Nam) gửi cho Mỹ danh sách các DN có mong muốn tiếp tục xuất khẩu cá tra, cá ba sa vào Mỹ.Ngoài ra, Bộ cũng sẽ cung cấp các thông tin về các hệ thống luật pháp, quản lý Nhà nước về an toàn thực phẩm trong sản xuất chế biến cá tra, cá ba sa của Việt Nam theo như yêu cầu của phía Mỹ.Đồng thời, trong quá trình xem xét, điều chỉnh, nếu quy định, tiêu chuẩn nào còn vênh mà phù hợp với thông lệ quốc tế và có cơ sở khoa học thì phải có sự thay đổi. Tuy nhiên, thời gian tương đối gấp nên Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đã có những thảo luận trực tiếp với Bộ Nông nghiệp Mỹ, nhằm tránh ảnh hưởng xấu tới hoạt động sản xuất, xuất khẩu doanh nghiệp Việt Nam.
Theo Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, trong 10 tháng đầu năm, mặc dù giá trị xuất khẩu thủy sản sang Mỹ giảm hơn 25% nhưng vẫn đạt giá trị xuất khẩu hơn 1 tỉ đô la Mỹ. Trong những năm qua, xuất khẩu thủy sản của Việt Nam nói chung, cá tra nói riêng vào thị trường Mỹ luôn bị áp thuế bán phá giá đối với hai mặt hàng tôm và cá tra. Mặc dù vậy, kể từ năm 2011 đến nay, Mỹ vẫn là thị trường xuất khẩu thủy sản lớn nhất của Việt Nam khi sức mua của Mỹ đều dao động ở mức 20-22% tổng giá trị xuất khẩu thủy sản mỗi năm của ngành thủy sản. Hai mặt hàng xuất khẩu lớn nhất vẫn là tôm và cá tra.