Nhiều xã, thị trấn trong huyện đã khai thác phát huy tốt lợi thế này trong phát triển kinh tế. Phương thức nuôi thuỷ sản của huyện đã chuyển dần từ quảng canh sang thâm canh, bán thâm canh cải tiến, hình thành một số vùng nuôi tập trung chủ yếu là cá truyền thống và những đối tượng nuôi mới có giá trị kinh tế cao như ba ba, cá rô phi đầu vuông, cá diêu hồng.
Đến năm 2018, tổng diện tích nuôi thủy sản của huyện đạt 1.174ha, tổng sản lượng là 5.381 tấn. Toàn huyện có 6 vùng nuôi thủy sản tập trung với diện tích từ 10ha trở lên ở các xã: Yên Trung, Yên Thọ, Yên Khánh, Yên Hưng, Yên Phong, Yên Hồng, Yên Chính, Yên Nhân. Ngoài diện tích nuôi thủy sản nội đồng tập trung ở vùng ven đê thuộc các xã Yên Hưng, Yên Thành, Yên Chính, những năm gần đây, phương thức nuôi kết hợp cá - lúa cũng phát triển mạnh và đang là một sinh kế có tính bền vững của nông dân vùng đồng trũng. Phương thức sản xuất lúa - cá hiện có tổng diện tích vụ xuân 650ha, vụ mùa gần 730ha, tập trung ở các xã Yên Tân, Yên Quang, Yên Trị, Yên Phương, Yên Nghĩa, Yên Khang, Yên Thọ, Yên Khánh… Đối tượng nuôi chủ yếu là cá trắm, chép, mè, trôi, rô phi và cá chim trắng. Hiệu quả kinh tế từ kết hợp nuôi trồng lúa - cá so với sản xuất chuyên lúa trên cùng diện tích tăng hơn từ 2-3 lần.
Về cơ cấu giống thủy sản, trong những năm qua, ngoài các loại cá truyền thống đã có thêm một số giống mới được nuôi như: cá rô phi đầu vuông tại xã Yên Trung; ba ba, ếch tại các xã: Yên Bằng, Yên Dương bước đầu cho hiệu quả kinh tế khá. Không chỉ nuôi trong ao hồ đầm, tại xã Yên Phúc đã có một số hộ dân khai thác lợi thế "cận giang" phát triển nuôi cá lồng bè trên sông Đào. Tổ hợp tác nuôi thủy sản xã Yên Phúc có 6 hộ tham gia với gần 1.000m3 lồng bè nuôi các giống cá phổ biến và một số loại cá có giá trị kinh tế cao hơn như cá chép giòn, trắm đen, cá diêu hồng cho kết quả khả quan. Cá thương phẩm của các hộ nuôi quy mô lớn được thương lái về tận nơi thu mua để phân phối cho các thị trường lớn như Hà Nội, Thành phố Ninh Bình, Thành phố Nam Định. Đây là mô hình sản xuất hiệu quả, đang được Phòng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn huyện nghiên cứu, nhân rộng. Ngoài Tổ hợp tác nuôi thủy sản xã Yên Phúc, hiện nay huyện Ý Yên đã thành lập được 1 hợp tác xã chuyên ngành thủy sản là Hợp tác xã Nuôi trồng thủy sản Tây Chùa, xã Yên Trung. Hợp tác xã hiện có 22 hộ tham gia với diện tích nuôi thủy sản ở khu chuyển đổi gần 9ha chuyên nuôi các loại cá truyền thống như trắm, chép, mè, trôi. Từ năm 2017, một số hộ trong Hợp tác xã Tây Chùa đã thử nghiệm nuôi xen cá truyền thống với các loại cá rô phi đầu vuông, cá chép lai...
Theo thống kê của UBND xã Yên Trung, sản lượng thủy sản của xã đạt từ 32 tấn/năm trở lên; mỗi sào nuôi thủy sản lãi khoảng 5,6 triệu đồng (151 triệu đồng/ha/năm), cao hơn trồng lúa từ 7-8 lần. Một số hộ có diện tích nuôi lớn, đầu tư bài bản đã có thu nhập trên 200 triệu đồng/ha/năm như hộ các ông: Phạm Văn Đích, Phạm Văn Quý, Lê Văn Duy, Hoàng Văn Trung, Phạm Văn Sự... Ông Phạm Văn Quý cho biết: Với diện tích hơn 1ha, ông đã đầu tư hàng trăm triệu đồng cải tạo thành 2 ao nuôi; một ao dùng để ương cá bột, một ao nuôi cá thương phẩm. Trên bờ ông trồng 60 cây mít, 60 cây bưởi và các loại rau màu theo mùa vụ xung quanh ao. Diện tích còn lại ông dùng để trồng cỏ voi làm thức ăn cho cá, kết hợp chăn nuôi gà và 2 lứa vịt thả đồng (mỗi lứa từ 500-700 con, nuôi trong 2 tháng xuất bán). Cá được nuôi gối sóng, đánh tỉa thả bù, lại ương được cá giống, chủ động sản xuất nên mỗi năm ông thu hoạch được từ 2-2,3 tấn cá và trên 20 triệu đồng từ gà, vịt, tổng thu nhập cũng đạt từ 180-200 triệu đồng/năm.
Để tiếp tục phát triển kinh tế thủy sản, nâng cao thu nhập cho nhân dân, thời gian tới huyện Ý Yên chủ trương tiếp tục rà soát, điều chỉnh, bổ sung quy hoạch vùng sản xuất nông nghiệp để bố trí vùng nuôi trồng thủy sản theo quy định diện tích từ 10ha trở lên, được đầu tư xây dựng hạ tầng giao thông, điện, bảo đảm vệ sinh môi trường đồng bộ; chú trọng nghiên cứu sâu đặc điểm thực tế của từng xã để tiếp tục chỉ đạo việc mở rộng diện tích nuôi thủy sản nội đồng một cách hợp lý. Tạo điều kiện để người dân đầu tư cải tạo, nâng cấp hạ tầng kỹ thuật phát triển phương thức nuôi kết hợp lúa - cá, mô hình nuôi cá lồng trên sông, phát triển nuôi các loại cá được thị trường ưa chuộng; xây dựng mô hình thí điểm nuôi các đối tượng mới có giá trị hiệu quả cao như cá chép giòn, cá trạch sụn, mở rộng diện tích nuôi các loại cá có hiệu quả kinh tế cao như cá lăng, cá diêu hồng… Tăng cường công tác tập huấn nâng cao trình độ sản xuất của các hộ nuôi thủy sản, từng bước tăng diện tích nuôi thủy sản, nâng cấp từ quảng canh cải tiến sang bán thâm canh, thâm canh; phấn đấu diện tích nuôi thủy sản thâm canh đến năm 2020 đạt 15% tổng diện tích để đạt năng suất cao.