Thiết lập bản đồ (hải đồ) đáy biển khó khăn hơn nhiều, vì không thể “nhìn” đo đạc xa, khảo sát, đối sánh, trực tiếp quan sát chỉnh sửa, mà chủ yếu thông qua số liệu đo đạc để “dựng” hải đồ.
Các nhà biên vẽ bản đồ đáy biển phải sử dụng định vị vệ tinh DGPS, RTK; hệ thống đo sâu hồi âm đa tia; hệ thống quét biển Side Scan Sonar; phần mềm biên tập bản đồ điện tử IHO; phần mềm biên tập bản đồ thủy âm...
Sonar là thiết bị đo âm thanh dưới nước được công nhận rộng rãi như là một phương tiện đáng tin cậy và hiệu quả để lập bản đồ đáy biển.
Hệ thống đo sâu đa tia vùng nước sâu có khả năng đo sâu tới 5.000m; hệ thống đo sâu đa tia vùng nước nông; hệ thống GPS RTK có độ chính xác bằng 10mm.
Hệ thống sonar có thể được sử dụng để lập bản đồ ở độ sâu từ 1m đến hàng ngàn mét, ở cả vùng biển trong hoặc đục.
Chuyên viên phân tích và giải đoán dữ liệu sonar đòi hỏi có trình độ tiếp cận đa ngành như vật lý, vật lý hải dương học, sinh học, thiết bị đo đạc, và kỹ năng xử lý dữ liệu.
Sonar đa tia có khả năng cung cấp số liệu địa hình đáy biển với dải quét rộng có độ phân giải và độ chính xác cao theo nguyên lý đo giao thoa pha tín hiệu. Có loại máy độ rộng góc quét tối thiểu tới 160 độ; độ rộng tối đa của dải quét ngang tới 780m .
Phần mềm của nó có khả năng thu nhận và xử lý tín hiệu sonar trên màn hình, từ phần mềm phân tích, phân loại, ghép mảnh và thành lập bản đồ cấu trúc đáy biển.
Những phần mềm đó biết lập kế hoạch khảo sát lập tuyến đo, lập khu vực khảo sát, xác định tuyến… Truyền số liệu sang hệ thống bên ngoài khi có yêu cầu.
Từ các số liệu đạc biển, căn cứ vào hải đồ có số liệu tọa độ định vị thống nhất, các kỹ thuật viên biên tập thành “dáng đáy, khe sâu” dòng hải lưu trên bản đồ biển, dạng giấy, dạng số hóa, tích hợp vào các phần mềm chuyên dùng. Nhờ đo đa kênh, lệch tia, nên bản đồ đáy biển có thể thiết lập dạng 3D, các máy dựng 3D có thể tái hiện địa hình dưới nước rất gập ghềnh khúc khuỷu, trung thực với thực địa.
Để sử dụng các thiết bị này hiệu quả, phải có tàu khảo sát đo đạc biển có lượng giãn nước từ nhỏ đến hàng ngàn tấn gắn máy đo sâu, chạy ổn định, đo liên tục một vùng biển rộng. Công việc phải tiến hành nhiều năm, có thể phải “quét” đi ,quét lại, vì đáy biển cũng thay đổi theo dòng chảy và hệ sinh vật, biến đổi địa chấn…
Có nhiều phương pháp chỉnh sửa bản đồ đáy biển, nhưng phương pháp cơ bản vẫn là so sánh, đối chứng, chỉnh chuẩn tọa độ…Có thể thiết lập bản đồ đáy biển với nhiều tỷ lệ khác nhau.
Với lực lượng tàu ngầm, người chỉ huy có bản đồ đáy biển sẽ giúp cho việc bố trí đội tàu phục kích, đón lõng tàu ngầm đối phương ở những vùng hiểm yếu, giữ kín lực lượng bất ngờ tiến công.
Mặt khác nhờ có bản đồ chính xác, phán đoán được luồng lạch đối phương sẽ di chuyển dưới nước. Bởi đáy biển cũng có khe sâu, mỏm ngầm, dòng chảy, nhiệt độ từng vùng đại dương khác nhau, như trên lục địa.