Diện tích nuôi tôm bị thiệt hại trong 8 tháng qua chủ yếu do môi trường và biến đổi khí hậu. Trong những tháng đầu năm, do tình hình xâm nhập mặn và hạn hán kéo dài đã làm cho diện tích nuôi tôm thiệt hại tăng cao (37.858,51 ha, chiếm 73,24% tổng diện tích nuôi tôm thiệt hại). Diện tích nuôi tôm thiệt hại tập trung chủ yếu tại các tỉnh Trà Vinh, Sóc Trăng, Bạc Liêu, Kiên Giang. Trong 8 tháng đầu năm 2016, tổng diện tích nuôi tôm bị thiệt hại tăng mạnh, tuy nhiên, diện tích thiệt hại do dịch bệnh trên tôm nuôi giảm so với cùng kỳ năm 2015 về cả phạm vi và diện tích. Trong đó, diện tích tôm nuôi bị bệnh là 6.746,74 (giảm 32,21% so với cùng kỳ năm ngoái), chủ yếu do bệnh đốm trắng và hoạt tử gan tụy cấp. Sóc Trăng là tỉnh có diện tích bị bệnh hoại tử gan tụy cấp lớn nhất (chiếm 28,15% tổng diện tích bị bệnh hoại tử gan tụy cấp của cả nước).
Trong thời gian qua, đã có 45 tỉnh/thành phố đã xây dựng kế hoạch và bố trí kinh phí để chủ động trong công tác phòng, chống dịch bệnh. Do đó, việc triển khai các biện pháp phòng, chống dịch bệnh đã từng bước có hiệu quả. Các địa phương đã tích cực trong công tác tuyên truyền, phổ biến kiến thức về phòng, chống dịch bệnh cho người nuôi từ đó đã hạn chế tối đa thiệt hại, từng bước phát huy được năng lực của hệ thống thú y trong việc kịp thời phát hiện và xử lý dịch bệnh. Tuy nhiên, theo nhận định của Cục Thú y, trong thời gian tới do điều kiện thời tiết, cũng như tình hình xâm nhập mặn ngày càng lan rộng, thiếu nước ngọt, độ mặn và nhiệt độ tăng cao sẽ làm cho tôm nuôi chậm lớn. Bên cạnh đó có thể tạo điều kiện cho một số loại mầm bệnh phát triển dẫn đến nguy cơ dịch bệnh và diện tích thiệt hại có thể tăng lên. Vì vậy, trong thời gian tới cần thực hiện đồng bộ các giải pháp khắc phục như quản lý mùa vụ nuôi, có ao lắng để trữ nước sử dụng khi cần thiết, thả giống khi đủ điều kiện nuôi. Nghiên cứu điều chỉnh quy trình nuôi phù hợp và áp dụng các biện pháp phòng, chống dịch bệnh. Tăng cường kiểm soát dịch bệnh, quan trắc môi trường, tổ chức theo dõi, kiểm soát và xử lý dịch bệnh.